当前解析结果
SmilChr01G001393| 统一新 Gene ID | SmilChr01G001393 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr01G001393 |
| 描述 | protein MIZU-KUSSEI 1 |
| 染色体 / SeqID | Chr01 / NC_080387.1 |
| 坐标与链方向 | 27429273 - 27430251 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131017768 |
|---|---|
| GeneID | 131017768 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131017768 |
| 原始查询 | SmilChr01G001393 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | protein MIZU-KUSSEI 1 |
| 产物 | protein MIZU-KUSSEI 1 |
| Arabidopsis | AT5G06990 (AT5G06990)MIZU-KUSSEI-like protein (Protein of unknown function, DUF617) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830590] identity=64.5; qcov=0.969; evalue=1.37e-112; confidence=high |
| Rice | Os01g0806400 (OsEnS-19)- identity=52.8; qcov=0.892; evalue=9.43e-83; confidence=high |
| GO | GO:0010274 (hydrotropism) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF04759 (DUF617) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131017768 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.80000 | XP_057802474.1 |
| 2 | Cytosol | 细胞质基质 | 0.40000 | XP_057802474.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057802474.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057802474.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057802474.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr1:27429526 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B45,C34,C7,C72,D8 |
Chr1:27429535 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C35,C44 |
Chr1:27429585 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | A23 |
Chr1:27429756 |
A |
AG |
1bp_insertion | frameshift_variant | 1 | B83 |
Chr1:27429756 |
A |
AG |
1bp_insertion | CDS_variant | 1 | B83 |
Chr1:27429808 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C46 |
Chr1:27429845 |
AC |
A |
1bp_deletion | frameshift_variant | 1 | B32 |
Chr1:27429845 |
AC |
A |
1bp_deletion | CDS_variant | 1 | B32 |
Chr1:27429864 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B120,B82,C25,C34,C76 |
Chr1:27429869 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B136,B14 |
Chr1:27429923 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C46 |
Chr1:27429934 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B122,C46 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057802474.1PF04759
DUF617 105-258 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057802474.1 |
Pfam | PF04759 |
DUF617 | Family | 105 | 258 | 1.4e-69 | 233.9 | Protein of unknown function, DUF617 |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。