Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G001454`

染色体: Chr01 坐标: 28212973-28216042 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G001454`
名称	SmilChr01G001454
描述	guanosine nucleotide diphosphate dissociation inhibitor At5g09550-like
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	28212973 - 28216042 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131018254`
GeneID	`131018254`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131018254`
原始查询	`SmilChr01G001454`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	guanosine nucleotide diphosphate dissociation inhibitor At5g09550-like
产物	guanosine nucleotide diphosphate dissociation inhibitor At5g09550-like
Arabidopsis	`AT5G09550` (GDI) GDP dissociation inhibitor family protein / Rab GTPase activator family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830814] identity=82; qcov=1; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os05g0304400` (OsGDI2) - identity=78.2; qcov=1; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0005093 (Rab GDP-dissociation inhibitor activity); GO:0005737 (cytoplasm); GO:0007264 (small GTPase-mediated signal transduction); GO:0015031 (protein transport); GO:0016192 (vesicle-mediated transport)
KEGG	-
Pfam	PF00996 (GDI); PF01593 (Amino_oxidase)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131018254

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057802963.1`
2	Cytosol	细胞质基质	1.00000	`XP_057802963.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057802963.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057802963.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057802963.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:28213419`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B90,B92
`Chr1:28213676`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B30
`Chr1:28213703`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B101
`Chr1:28213852`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C60
`Chr1:28213993`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B103,B82
`Chr1:28214160`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B122,C50
`Chr1:28214558`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B138,B2,C2
`Chr1:28214692`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C71
`Chr1:28214763`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B40
`Chr1:28214991`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B4
`Chr1:28215039`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C44
`Chr1:28215051`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B42

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057802963.1

443 aa

222

443

GDI

Amino_oxidase

PF00996 GDI 1-432 aa PF01593 Amino_oxidase 87-282 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057802963.1`	Pfam	`PF00996`	GDI	Family	1	432	8.5e-220	730.5	GDP dissociation inhibitor
`XP_057802963.1`	Pfam	`PF01593`	Amino_oxidase	Domain	87	282	4.4e-05	23.7	Flavin containing amine oxidoreductase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057946980.1
GCGGGGACTCGCTCCTCTGCTAAATCTCCCGCTCTCTTCGATCTCCATTTGCGCGTTAATATCACTCTTTCCTCTCTCACAATTCTTCTCTTACATTCTTCCCCTTTTTTTCCAGATCTTCACCGCTCTCTCCTCTCCCTTCTTTTCTGTGTCTGAAAAAACATTAGTGTTTCCATCGGCATGGATGAAGAGTACGATGTCATTGTTCTCGGCACTGGTCTTAAAGAATGTATTCTCAGTGGCCTTCTCTCCGTCGATGG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131018254
ATGGATGAAGAGTACGATGTCATTGTTCTCGGCACTGGTCTTAAAGAATGTATTCTCAGTGGCCTTCTCTCCGTCGATGGCTTAAAAGTACTACACATGGACAAAAATGACTATTATGGAGGAGAGTCCAGCTCTCTCAATTTGAATCAGCTGTGGAAGCGGTTCAGGGGAGAGGAGCATCCGCCTGAGAGTTTAGGCGCGAGCAGAGAGTACAACGTTGATATGATCCCAAAGTTCATGATGGCGAATGGAACTTTGGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057802963.1
MDEEYDVIVLGTGLKECILSGLLSVDGLKVLHMDKNDYYGGESSSLNLNQLWKRFRGEEHPPESLGASREYNVDMIPKFMMANGTLVRVLIHANVTKYLNFKAVDGSFVYNKGKIHKVPATDVEALKSPLMGLFEKRRARKFFVFVQDFDESDPKTHHGMDLNTITARQLISKYELEDDTIDFIGHALALHFSDEYLDKPALTFVKRMKLYAESLARFQSGSPYIYPMYGLGELPQAFARLSAVYGGTYMLNKPDCKVEY...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器