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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G001455

染色体: Chr01 坐标: 28239037-28242801 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G001455
名称SmilChr01G001455
描述uncharacterized SmilChr01G001455
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向28239037 - 28242801 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131018266
GeneID131018266
locus_tag-
NCBI NameLOC131018266
原始查询SmilChr01G001455

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GOGO:0006508 (proteolysis); GO:0008234 (cysteine-type peptidase activity)
KEGG-
PfamPF02902 (Peptidase_C48)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131018266

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057802974.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.20000 XP_057802974.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057802981.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057802981.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057802981.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:28242280 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B129
Chr1:28242290 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C87
Chr1:28242295 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B42,B49,B58,C50
Chr1:28242312 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C80
Chr1:28242319 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A8,B80,B83,C32
Chr1:28242329 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A22
Chr1:28242344 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B55,B78,C20,C33,D4
Chr1:28242458 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B14,B21,B4
Chr1:28242473 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C20

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057802974.1
149 aa
N
1
74
149
Peptidase_C48
C
PF02902 Peptidase_C48 23-134 aa
XP_057802977.1
149 aa
N
1
74
149
Peptidase_C48
C
PF02902 Peptidase_C48 23-134 aa
XP_057802981.1
140 aa
N
1
70
140
Peptidase_C48
C
PF02902 Peptidase_C48 14-125 aa
XP_057802987.1
140 aa
N
1
70
140
Peptidase_C48
C
PF02902 Peptidase_C48 14-125 aa
XP_057802994.1
140 aa
N
1
70
140
Peptidase_C48
C
PF02902 Peptidase_C48 14-125 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057802974.1 Pfam PF02902 Peptidase_C48 Domain 23 134 1.4e-10 42.1 Ulp1 protease family, C-terminal catalytic domain
XP_057802977.1 Pfam PF02902 Peptidase_C48 Domain 23 134 1.4e-10 42.1 Ulp1 protease family, C-terminal catalytic domain
XP_057802981.1 Pfam PF02902 Peptidase_C48 Domain 14 125 1.6e-10 41.9 Ulp1 protease family, C-terminal catalytic domain
XP_057802987.1 Pfam PF02902 Peptidase_C48 Domain 14 125 1.6e-10 41.9 Ulp1 protease family, C-terminal catalytic domain
XP_057802994.1 Pfam PF02902 Peptidase_C48 Domain 14 125 1.6e-10 41.9 Ulp1 protease family, C-terminal catalytic domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

8 records

下载 cDNA FASTA
XR_009100069.1
TCATATTAAGATAAAACCCTTAGTTAAATTTCTTAAGCACTCCCATCCCAATTCATTCTTCCCTCATACACTGCTATCTCCCGCTATAGGAATTTTGAACCCGCCGCGCTCAGCCGTAGCTTCCGTTCTCGCTCGCCGCCCCTCTCCGTTGTTATCGCGCACTGCTGTAGTCTTGTCGTCTGTGCGGCTAGATTATTTCTTCTCATACCCACTCTCTGCCGCTCTAAATAATCGAACCCGCCGCCTCAAACCCTAGCCAC...
XR_009100071.1
CATATTAAGATAAAACCCTTAGTTAAATTTCTTAAGCACTCCCATCCCAATTCATTCTTCCCTCATACACTGCTATCTCCCGCTATAGGAATTTTGAACCCGCCGCGCTCAGCCGTAGCTTCCGTTCTCGCTCGCCGCCCCTCTCCGTTGTTATCGCGCACTGCTGTAGTCTTGTCGTCTGTGCGGCTAGATTATTTCTTCTCATACCCACTCTCTGCCGCTCTAAATAATCGAACCCGCCGCCTCAAACCCTAGCCACG...

CDS

5 records

下载 CDS FASTA
LOC131018266
ATGAGAGAAGATGCACAGCAAGGAGTTATGAGAAGGCACCGAGCCACTGCATTTCAGATGCTAGCTTATGTAATTTACAGTAAACATTGGATCTTAACAATTATTGAGCCTTACAAAGATTGTGTCTATGTGATGGATCCTTTGTCTCATCGGAATCGTGATGCCACTTGGAAATCCGTAGTTGACACCGCAATGACCATTTTCAATGCAACAAAGGAAAAGAATAAATTCAAGAAACCACCAAAATGGGAAATTGTTAA...
LOC131018266
ATGAGAGAAGATGCACAGCAAGGAGTTATGAGAAGGCACCGAGCCACTGCATTTCAGATGCTAGCTTATGTAATTTACAGTAAACATTGGATCTTAACAATTATTGAGCCTTACAAAGATTGTGTCTATGTGATGGATCCTTTGTCTCATCGGAATCGTGATGCCACTTGGAAATCCGTAGTTGACACCGCAATGACCATTTTCAATGCAACAAAGGAAAAGAATAAATTCAAGAAACCACCAAAATGGGAAATTGTTAA...

Protein

5 records

下载 Protein FASTA
XP_057802974.1
MREDAQQGVMRRHRATAFQMLAYVIYSKHWILTIIEPYKDCVYVMDPLSHRNRDATWKSVVDTAMTIFNATKEKNKFKKPPKWEIVKGPIQPDFKQCGFYVMRFMKEIVMACQDDDSVFVASMFKKREYSMSEINEVQEDWATSAINDL
XP_057802977.1
MREDAQQGVMRRHRATAFQMLAYVIYSKHWILTIIEPYKDCVYVMDPLSHRNRDATWKSVVDTAMTIFNATKEKNKFKKPPKWEIVKGPIQPDFKQCGFYVMRFMKEIVMACQDDDSVFVASMFKKREYSMSEINEVQEDWATSAINDL

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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