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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G001457

染色体: Chr01 坐标: 28268778-28269917 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G001457
名称SmilChr01G001457
描述uncharacterized SmilChr01G001457
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向28268778 - 28269917 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131005594
GeneID131005594
locus_tag-
NCBI NameLOC131005594
原始查询SmilChr01G001457

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述fold protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838919]; symbol=AT1G23110; hit=AT1G23110; species=arabidopsis; confidence=medium
产物fold protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838919]; symbol=AT1G23110; hit=AT1G23110; species=arabidopsis; confidence=medium
ArabidopsisAT1G23110 (AT1G23110)
fold protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838919]
identity=78.7; qcov=0.659; evalue=4.16e-45; confidence=medium
RiceOs08g0433200
-
identity=75.3; qcov=0.659; evalue=2.55e-42; confidence=medium
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131005594

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 0.80000 XP_057788590.1
2 Mitochondrion membrane 线粒体膜 0.60000 XP_057788590.1
3 Mitochondrion outer membrane 线粒体外膜 0.40000 XP_057788590.1
4 Endoplasmic reticulum 内质网 0.40000 XP_057788590.1
5 Endoplasmic reticulum membrane 内质网膜 0.20000 XP_057788590.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:28269331 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B82
Chr1:28269362 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C53
Chr1:28269392 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B80
Chr1:28269400 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A9,B25
Chr1:28269674 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B40
Chr1:28269679 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B136,B75,C58
Chr1:28269796 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B139,B27,C16,C36
Chr1:28269826 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B91
Chr1:28269880 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B107
Chr1:28269883 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B22
Chr1:28269911 AC A 1bp_deletion frameshift_variant 1 B35
Chr1:28269911 AC A 1bp_deletion CDS_variant 1 B35

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057932607.1
ATGAAGCAAGTTGGTCTAATGCTACCGTGTGCCTATCAAGAGCACTTAGGAAAGAGAACCCCAAGTTGTCAGCATAAGCTTTGTTTCTGCCCATACAACCCCTCATGGTTTCAGCAGTCCACACAGGAATTATGGAGGAAAAATGTGAATTGTAAAATATACGCAAATTCATTGATTGGAGTGGGAGTTGCTTCAAGTTTCTATCATGCTTCAAGAGGGAGATTGAGGAAGTATCTCAGATGGGCTGACTACACTATGAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131005594
ATGAAGCAAGTTGGTCTAATGCTACCGTGTGCCTATCAAGAGCACTTAGGAAAGAGAACCCCAAGTTGTCAGCATAAGCTTTGTTTCTGCCCATACAACCCCTCATGGTTTCAGCAGTCCACACAGGAATTATGGAGGAAAAATGTGAATTGTAAAATATACGCAAATTCATTGATTGGAGTGGGAGTTGCTTCAAGTTTCTATCATGCTTCAAGAGGGAGATTGAGGAAGTATCTCAGATGGGCTGACTACACTATGAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057788590.1
MKQVGLMLPCAYQEHLGKRTPSCQHKLCFCPYNPSWFQQSTQELWRKNVNCKIYANSLIGVGVASSFYHASRGRLRKYLRWADYTMIATATVCLSRALRKENPKLPASALFLPIQPLMVSAVHTGIMEVFFSLPL

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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