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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G001462

染色体: Chr01 坐标: 28428665-28432876 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G001462
名称SmilChr01G001462
描述protein LNK1
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向28428665 - 28432876 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131018341
GeneID131018341
locus_tag-
NCBI NameLOC131018341
原始查询SmilChr01G001462

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述protein LNK1
产物protein LNK1
ArabidopsisAT5G64170 (AT5G64170)
dentin sialophosphoprotein-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836538]
identity=56.8; qcov=0.226; evalue=9.99e-34; confidence=weak
RiceOs03g0387900
-
identity=35.8; qcov=0.325; evalue=5.82e-20; confidence=low
GOGO:0006355 (regulation of DNA-templated transcription); GO:0007623 (circadian rhythm)
KEGG-
PfamPF30476 (LNK)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131018341

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057803052.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057803052.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057803052.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057803052.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057803052.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:28429595 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B102,B16,B3,B37,C24
Chr1:28430208 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D5
Chr1:28430492 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 C32,C47,C68
Chr1:28430882 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B74,C18
Chr1:28430905 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B30
Chr1:28431217 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B24,B99,C44,C49,C85
Chr1:28431631 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A22,B136,B15,B20,B50
Chr1:28432106 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B74,C18
Chr1:28432174 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B102,B16,B3,B37,C24
Chr1:28432367 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C87
Chr1:28432369 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B15,C6
Chr1:28432397 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B102,B16,B3,B37,C24

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057803052.1
694 aa
N
1
347
694
LNK
C
PF30476 LNK 583-671 aa
XP_057803056.1
668 aa
N
1
334
668
LNK
C
PF30476 LNK 557-645 aa
XP_057803062.1
668 aa
N
1
334
668
LNK
C
PF30476 LNK 557-645 aa
XP_057803067.1
585 aa
N
1
292
585
LNK
C
PF30476 LNK 474-562 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057803052.1 Pfam PF30476 LNK Domain 583 671 5.3e-38 130.2 LNK
XP_057803056.1 Pfam PF30476 LNK Domain 557 645 5e-38 130.3 LNK
XP_057803062.1 Pfam PF30476 LNK Domain 557 645 5e-38 130.3 LNK
XP_057803067.1 Pfam PF30476 LNK Domain 474 562 5.7e-38 130.1 LNK

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

4 records

下载 cDNA FASTA
XM_057947069.1
TCCAACTTCCAGCCGCCCTTCCTCCGCCACGTGGCTGTTTATTGGCTCTCCGTTTTCTTTAATATAACCCAACTTGACATTAACAAACATTTTTTCCCCCAAAATTCAAAGCGACAAATTCTTCTTCTGTTCAAAAAGCCTCTTTTGCTCTCTCTCTAGAACTTCCTCGATTAAGAATCAGAGTTAGGGTTGCTGGACTGATTTTGTGGAGCCGAGATTTCTTCAGCGGTGGATTTTTCTACTCGATTTTGCGGTGAGTT...
XM_057947079.1
GACATTAACAAACATTTTTTCCCCCAAAATTCAAAGCGACAAATTCTTCTTCTGTTCAAAAAGCCTCTTTTGCTCTCTCTCTAGAACTTCCTCGATTAAGAATCAGAGTTAGGGTTGCTGGACTGATTTTGTGGAGCCGAGATTTCTTCAGCGGTGGATTTTTCTACTCGATTTTGCGGGAAAGGGAAGATTCGGAACTAAATATGAAGAAAACGACATACGGTCTGACTGCAGGCTGAGGATTCAAGGAATGTCGGACT...

CDS

4 records

下载 CDS FASTA
LOC131018341
ATGGACGGAAAGGGAAGATTCGGAACTAAATATGAAGAAAACGACATACGGTCTGACTGCAGGCTGAGGATTCAAGGAATGTCGGACTTGTTCGCTCATGAGTGTGTAGACATTGCTTGGGATGATTTCTTCCTGGATGATGATCGTACAGTGCCCCATCATGGTTCCAAGAGGCCCGCTGATCATTCCACTCTGGGAGAAAACAACAAGAGATGCCGCCGTGAATTATCTAGTATTTCGAATAATACTGGAGAATCTGC...
LOC131018341
ATGTCGGACTTGTTCGCTCATGAGTGTGTAGACATTGCTTGGGATGATTTCTTCCTGGATGATGATCGTACAGTGCCCCATCATGGTTCCAAGAGGCCCGCTGATCATTCCACTCTGGGAGAAAACAACAAGAGATGCCGCCGTGAATTATCTAGTATTTCGAATAATACTGGAGAATCTGCCACTAAATATGTTGATCACAGAAAGGAGAAAAGTGAAATTTCACCTCTGAGTAATACAAGGGATACTATGTTGGAGAA...

Protein

4 records

下载 Protein FASTA
XP_057803052.1
MDGKGRFGTKYEENDIRSDCRLRIQGMSDLFAHECVDIAWDDFFLDDDRTVPHHGSKRPADHSTLGENNKRCRRELSSISNNTGESATKYVDHRKEKSEISPLSNTRDTMLEKDSWSSKPSGPFTSGSDNELNKEASSLACDSAIPLPHGLKSKNRDLNISELRKHDAILNNNTSLVDDSPFSFPIGDVNHTGNDNSFFEHAQNKDSSDLLYCGWSEIENFDDIDRIFRSDSTLGLGVCKEDELSWLSSSLYIGGPGDDL...
XP_057803056.1
MSDLFAHECVDIAWDDFFLDDDRTVPHHGSKRPADHSTLGENNKRCRRELSSISNNTGESATKYVDHRKEKSEISPLSNTRDTMLEKDSWSSKPSGPFTSGSDNELNKEASSLACDSAIPLPHGLKSKNRDLNISELRKHDAILNNNTSLVDDSPFSFPIGDVNHTGNDNSFFEHAQNKDSSDLLYCGWSEIENFDDIDRIFRSDSTLGLGVCKEDELSWLSSSLYIGGPGDDLKSDAKFPLPDPCEVKTISGKHDFSNG...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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