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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G001464

染色体: Chr01 坐标: 28438186-28440622 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G001464
名称SmilChr01G001464
描述uncharacterized SmilChr01G001464
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向28438186 - 28440622 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131018361
GeneID131018361
locus_tag-
NCBI NameLOC131018361
原始查询SmilChr01G001464

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os02g0753200; species=rice; confidence=high
产物hit=Os02g0753200; species=rice; confidence=high
ArabidopsisAT5G64160 (AT5G64160)
plant/protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836537]
identity=53.2; qcov=0.943; evalue=9.51e-66; confidence=high
RiceOs02g0753200
-
identity=48.7; qcov=1; evalue=1.63e-68; confidence=high
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131018361

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057803074.1
2 Nucleoplasm 核质 0.20000 XP_057803074.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057803074.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057803074.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057803074.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:28438324 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D9
Chr1:28438465 TCG T 2bp_deletion frameshift_variant 1 C55
Chr1:28438465 TCG T 2bp_deletion CDS_variant 1 C55
Chr1:28438474 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B16,B3,B37,C24
Chr1:28438692 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B74,C18
Chr1:28440018 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B74,C18
Chr1:28440206 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A4,C19,C82
Chr1:28440216 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B53
Chr1:28440322 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B74,C18
Chr1:28440377 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C71,C9
Chr1:28440403 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C9

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057947091.1
TTAAAAATAGAAGGATAATATTATTCTTAGTGTGAATAAAAGGAATGAAAAGCGACGAAATTCTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTTTGTGAAGAATGAGGGAAAAAAAAAAGAATATTTAAAGGGAGAAAGTTTTGTTATATTAAACATAAATTATATGGTTTGGAAGTTGAAATCGGAAAATCTGGGAGCGACGGCCGTTGCAGACAGCCGCACCGCAACGATGAGCTTAGCTCT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131018361
ATGGTTTGGAAGTTGAAATCGGAAAATCTGGGAGCGACGGCCGTTGCAGACAGCCGCACCGCAACGATGAGCTTAGCTCTGCTACAAAGCTACTCCTCCGCCGACGAAGACGAAGAGGATGTCCGCCACCAATTGTCAGAAGATGAAATCTCCTCCGACGATGAGAGTGTGGACGCCGTTCCCCGCACCACCCGCTCCTACAAACCCTTGTTCGATTCCGATCCGCCCTCCTCTTCCTCTCTGCCCTCCGCTCTCGACGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057803074.1
MVWKLKSENLGATAVADSRTATMSLALLQSYSSADEDEEDVRHQLSEDEISSDDESVDAVPRTTRSYKPLFDSDPPSSSSLPSALDAFSEVEGPPQFLNNSVKEEAVKEDVQRWRHGGRRQRKEKKGAPSGAVLESKAQLVGIHERVRSDIVGKASEGQSSDSAIGTKVGKRVATVANPNAEDAAELLRMCLACGVPKTYSHTKGMVCPMCGDRPPPADSDKDTAKKKGSAIKDKEKSKRMKGQSSHATWKSETEMQLRQ...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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