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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G001470

染色体: Chr01 坐标: 28479235-28480794 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G001470
名称SmilChr01G001470
描述uncharacterized SmilChr01G001470
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向28479235 - 28480794 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131005654
GeneID131005654
locus_tag-
NCBI NameLOC131005654
原始查询SmilChr01G001470

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os11g0671600; species=rice; confidence=high
产物hit=Os11g0671600; species=rice; confidence=high
Arabidopsis-
-
RiceOs11g0671600
-
identity=46.1; qcov=0.841; evalue=8.62e-52; confidence=high
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131005654

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057788663.1
2 Chromosome 染色体 0.20000 XP_057788663.1
3 Telomere 端粒 0.20000 XP_057788663.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057788663.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057788663.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:28480095 G GAC 2bp_insertion frameshift_variant 2 A1,B2
Chr1:28480095 G GAC 2bp_insertion CDS_variant 2 A1,B2
Chr1:28480099 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 C1,C17,C31,C4,C49
Chr1:28480103 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C60
Chr1:28480111 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A8,B46,C27,C43
Chr1:28480155 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B94
Chr1:28480181 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B51
Chr1:28480357 C CAA 2bp_insertion frameshift_variant 7 A18,A7,B102,B134,B48,B64,C5
Chr1:28480385 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C81
Chr1:28480393 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A3,D3
Chr1:28480437 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B66,C33,C47,C73
Chr1:28480438 AAG A 2bp_deletion frameshift_variant 7 B101,B140,C28,C35,C67,C85,C86

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057932680.1
AAATAGATATTAAAAATAAAAGTTGTTCATATTATTCATATTATAATTGTTATTTTAAATTGTAATATATTTTGTCATTATTGTAATGTAGTGGTTGGAATTAGACCACAAAATCCCATCAGAGTTTCTGTACTGACGAATAAGAGGAGGAAACAAACTAAAACTACATGTGAAGGGAGTAGTCAGATTCCAGAAATAATTGATTTAACAGATGACGAACCATGTCCCAAAGAATCTTCTTCATTTGTGGATTGTGCAAG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131005654
ATGAAGAGTCAAATGACACAGATTATCTGTCAGATTTGGTTGCTACGGAAGAAGAACTATCATTTGATGGGCAGTTTGATACCGGCTGAAGGTACTACACCAAAGTTTGCTCAACTGTATATTTACGATACAGAAAACGAAGTTGCTAATAGGATGCAGTCTGTGAGGCAAAAAAGTGATAAAAACAATTTACATGCTGAAATTGTTTCTGATTTGAAGATAATGTTGGATGAAAATAATGTGTTAGTGAAGACATTTAG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057788663.1
MKSQMTQIICQIWLLRKKNYHLMGSLIPAEGTTPKFAQLYIYDTENEVANRMQSVRQKSDKNNLHAEIVSDLKIMLDENNVLVKTFRMAKEKIIDQGQSDVKIKLIGRRHGDARTYNLPTVSEVAALVVGDFDESMGDRDLIVETQTGELKRINELHAAYLGLQYPLLFPYGEDGFREDIPLNVPGSSSGNNARSNVTMKD

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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