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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G001475

染色体: Chr01 坐标: 28536059-28538387 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G001475
名称SmilChr01G001475
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At3g18020
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向28536059 - 28538387 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131018406
GeneID131018406
locus_tag-
NCBI NameLOC131018406
原始查询SmilChr01G001475

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At3g18020
产物pentatricopeptide repeat-containing protein At3g18020
ArabidopsisAT3G18020 (AT3G18020)
Pentatricopeptide repeat (PPR) superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:821326]
identity=54.9; qcov=0.912; evalue=0; confidence=high
RiceOs07g0674300
-
identity=45.3; qcov=0.883; evalue=1.01e-153; confidence=high
GOGO:0005515 (protein binding)
KEGG-
PfamPF01535 (PPR); PF12854 (PPR_1); PF13041 (PPR_2); PF13812 (PPR_3)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131018406

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057803115.1
2 Chloroplast 叶绿体 0.20000 XP_057803115.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057803115.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057803115.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057803115.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:28536505 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B117,B55
Chr1:28536568 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B99,C44,C49
Chr1:28536639 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B122
Chr1:28536766 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C87
Chr1:28536795 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B20,C23
Chr1:28536841 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C51
Chr1:28536871 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A22,B50
Chr1:28536902 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B47,B91,C12,C57
Chr1:28536917 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C60
Chr1:28537068 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 1 B82
Chr1:28537068 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B82
Chr1:28537457 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B47,B91,C12,C57

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057803115.1
683 aa
N
1
342
683
PPR_2
PPR
PPR_1
PPR_3
PPR_2
PPR
PPR
PPR_2
PPR
PPR_1
PPR_2
PPR
PPR_2
PPR_3
PPR_1
PPR
PPR_3
PPR_2
PPR
PPR_2
PPR
PPR
PPR
PPR_3
PPR_2
PPR
C
PF13041 PPR_2 163-211 aa PF01535 PPR 167-195 aa PF12854 PPR_1 194-227 aa PF13812 PPR_3 194-245 aa PF13041 PPR_2 198-242 aa PF01535 PPR 201-230 aa PF01535 PPR 277-301 aa PF13041 PPR_2 311-357 aa PF01535 PPR 312-341 aa PF12854 PPR_1 339-370 aa PF13041 PPR_2 343-392 aa PF01535 PPR 346-375 aa PF13041 PPR_2 417-461 aa PF13812 PPR_3 441-494 aa PF12854 PPR_1 445-476 aa PF01535 PPR 452-477 aa PF13812 PPR_3 484-529 aa PF13041 PPR_2 484-534 aa PF01535 PPR 487-509 aa PF13041 PPR_2 520-568 aa PF01535 PPR 523-552 aa PF01535 PPR 558-582 aa PF01535 PPR 594-623 aa PF13812 PPR_3 614-665 aa PF13041 PPR_2 626-668 aa PF01535 PPR 629-657 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057803115.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 163 211 4.3e-111 363.6 PPR repeat family
XP_057803115.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 167 195 1.3e-68 223.2 PPR repeat
XP_057803115.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 194 227 1.9e-83 274.6 PPR repeat
XP_057803115.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 194 245 1.2e-35 122.1 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057803115.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 198 242 4.3e-111 363.6 PPR repeat family
XP_057803115.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 201 230 1.3e-68 223.2 PPR repeat
XP_057803115.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 277 301 1.3e-68 223.2 PPR repeat
XP_057803115.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 311 357 4.3e-111 363.6 PPR repeat family
XP_057803115.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 312 341 1.3e-68 223.2 PPR repeat
XP_057803115.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 339 370 1.9e-83 274.6 PPR repeat
XP_057803115.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 343 392 4.3e-111 363.6 PPR repeat family
XP_057803115.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 346 375 1.3e-68 223.2 PPR repeat
XP_057803115.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 417 461 4.3e-111 363.6 PPR repeat family
XP_057803115.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 441 494 1.2e-35 122.1 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057803115.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 445 476 1.9e-83 274.6 PPR repeat
XP_057803115.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 452 477 1.3e-68 223.2 PPR repeat
XP_057803115.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 484 529 1.2e-35 122.1 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057803115.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 484 534 4.3e-111 363.6 PPR repeat family
XP_057803115.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 487 509 1.3e-68 223.2 PPR repeat
XP_057803115.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 520 568 4.3e-111 363.6 PPR repeat family
XP_057803115.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 523 552 1.3e-68 223.2 PPR repeat
XP_057803115.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 558 582 1.3e-68 223.2 PPR repeat
XP_057803115.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 594 623 1.3e-68 223.2 PPR repeat
XP_057803115.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 614 665 1.2e-35 122.1 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057803115.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 626 668 4.3e-111 363.6 PPR repeat family
XP_057803115.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 629 657 1.3e-68 223.2 PPR repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057947132.1
AATTTGTCGCTCAACAAACTTGAGAATGCATAGAGTAAGATAGAGTGATTATAGACTTAACAAATTGATTTGTGTTCATTATGAATTTGTGTTCAACATCAAAATGTATCTTTGGAGAATCCGGTCAGGGCGCCATTTTCCAAACCTCAAAATTCTTGCTTCATTTCACTCCCACCAAATCAAGATTTCTTCCCCACAGCCACAGTCACAGCCACAGCATGAAATCCCAGCAGCAGAGCCCAACGAAATTGAAATCATCG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131018406
ATGTATCTTTGGAGAATCCGGTCAGGGCGCCATTTTCCAAACCTCAAAATTCTTGCTTCATTTCACTCCCACCAAATCAAGATTTCTTCCCCACAGCCACAGTCACAGCCACAGCATGAAATCCCAGCAGCAGAGCCCAACGAAATTGAAATCATCGGTGTATCCAACACCTTCCATTGGACAAGATGCATCCACAAGCTATGCACGGTCGACGGCGACGCCGATGCCGCCCTCCGCCTCCTGCACCAGCTCCGCCGCCG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057803115.1
MYLWRIRSGRHFPNLKILASFHSHQIKISSPQPQSQPQHEIPAAEPNEIEIIGVSNTFHWTRCIHKLCTVDGDADAALRLLHQLRRRGFQPDSLNISSIIHALCHARRFEEAHDRFLAFISSNCAPDERTCNVLIARLLDGGDPHRTFGVINALVAEKPEFVPSLVNYNRLIDGLCKLRRLGSAHLMFYQMLMRGHCPTVVSYTTLINGYCAIGDMEAAQKLFDEMSERDVRPNALAYCALLGVVLKRREFEKGKVLIGK...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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