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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G001484`

染色体: Chr01 坐标: 28628902-28631945 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G001484`
名称	SmilChr01G001484
描述	protein RAE1-like
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	28628902 - 28631945 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131018461`
GeneID	`131018461`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131018461`
原始查询	`SmilChr01G001484`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	protein RAE1-like
产物	protein RAE1-like
Arabidopsis	`AT1G80670` (RAE1) Transducin/WD40 repeat-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:844406] identity=73.5; qcov=0.997; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os08g0176800` (OsWD40-156) - identity=75.3; qcov=0.965; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0000972 (transcription-dependent tethering of RNA polymerase II gene DNA at nuclear periphery); GO:0003723 (RNA binding); GO:0005643 (nuclear pore); GO:0006405 (RNA export from nucleus); GO:0043130 (ubiquitin binding)
KEGG	smil03013 (Nucleocytoplasmic transport - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF00400 (WD40)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131018461

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057803167.1`
2	Chromosome	染色体	0.60000	`XP_057803167.1`
3	Nuclear pore complex	核孔复合体	0.60000	`XP_057803167.1`
4	Nucleus membrane	核膜	0.60000	`XP_057803167.1`
5	Nucleoplasm	核质	0.40000	`XP_057803167.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:28629886`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B22
`Chr1:28629999`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	8	A22,B13,B50,B53,B58,C3,C55,C84
`Chr1:28630816`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A25,B32
`Chr1:28631203`	`GT`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	2	D10,D11
`Chr1:28631203`	`GT`	`G`	1bp_deletion	CDS_variant	2	D10,D11
`Chr1:28631379`	`GT`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	10	A11,A8,B106,B120,B95,C34,C45,C76,D10,D11

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057803167.1

344 aa

172

344

WD40

PF00400 WD40 26-53 aa PF00400 WD40 71-100 aa PF00400 WD40 113-143 aa PF00400 WD40 235-275 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057803167.1`	Pfam	`PF00400`	WD40	Repeat	26	53	5.5e-30	103.2	WD domain, G-beta repeat
`XP_057803167.1`	Pfam	`PF00400`	WD40	Repeat	71	100	5.5e-30	103.2	WD domain, G-beta repeat
`XP_057803167.1`	Pfam	`PF00400`	WD40	Repeat	113	143	5.5e-30	103.2	WD domain, G-beta repeat
`XP_057803167.1`	Pfam	`PF00400`	WD40	Repeat	235	275	5.5e-30	103.2	WD domain, G-beta repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057947184.1
ACTGCAAATGTCTGGCGCGCGTGGTTGCCGCAGGCGCAGGGACATTGTAGCTTTCTCCAAACGCTATGGCGTACACCGCGCAGCGTAAACCTCTGCCTCCAAATACCATATATATGTCACCTCTCACATGCCAGCCGCTGCTCTTCTTTTTCTCTCCTCAATTTTTTGTGCGTCAAAAGTTGCTGAAATTCTTCAATCTCCGTGGGATACTTTTCTGCTTCTCTTTTAGCCTCAAACTTAGTCATCTCGCTAATGGCTAG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131018461
ATGGCTAGATTTGACAAGGCGTCCGCGTCCACCAATGTAAATCCCAACGGTTCCACTGAGGTGGTTCAGCCTCCTAGTGATTCGGTATCGAGCCTAAGCTTCAGTCCCAAAGCAAATGTTTTCGTGGCTACTTCGTGGGATAATGAGGTTCGATGTTGGGAGGTAATCAAATCTGGAAGCAATCTCAACACTGTTCCTAAGGCATCAATATCACACGAGCAGCCGGTCTTGTGCTCTGCGTGGAAAGATGATGGCTCTAC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057803167.1
MARFDKASASTNVNPNGSTEVVQPPSDSVSSLSFSPKANVFVATSWDNEVRCWEVIKSGSNLNTVPKASISHEQPVLCSAWKDDGSTVFSGGCDRQVKMWPIASGGQPVTVAMHDAPVKELSWIPEMNLLVTGSWDKTLRYWDLRQQSPTWVQQLPERCYALSVQYPLMVVGTADRNMTVFNLQNPQTEYKRVLSPLIYQTRCLAAFPDKQGFVVGSIEGRVGVHYLDKSQKSKSFTFRCHRDGKDVYSVNSLNFHPTHH...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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