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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G001495

染色体: Chr01 坐标: 28804866-28805559 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G001495
名称SmilChr01G001495
描述uncharacterized SmilChr01G001495
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向28804866 - 28805559 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131018513
GeneID131018513
locus_tag-
NCBI NameLOC131018513
原始查询SmilChr01G001495

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131018513

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057803217.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057803217.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057803217.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057803217.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057803217.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:28804997 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C52
Chr1:28805017 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B104,B86
Chr1:28805020 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C56,C60
Chr1:28805021 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B32,C75
Chr1:28805037 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B104,B86
Chr1:28805038 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B104,B86
Chr1:28805043 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B63,C13,C7
Chr1:28805045 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B12
Chr1:28805054 A AC 1bp_insertion frameshift_variant 28 A1,A15,B120,B132,B136,B22,B34,B35,B41,B47,B50,B60,B63,B8,B80,B82,B85,B86,C18,C29,C37,C42,C67,C74,C9,D10,D3,D4
Chr1:28805058 C CA 1bp_insertion frameshift_variant 3 B104,B86,B89
Chr1:28805058 C CA 1bp_insertion CDS_variant 3 B104,B86,B89
Chr1:28805061 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 10 A3,B14,B25,B74,C16,C18,C61,C64,C66,C70

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057947234.1
CAGACTTGTTATTTGTTTTGACGACAAGTTTCGTTTGGTGGTTAAGTATAGTTAACAACAATGGGGCAAGTTCTTCGACCATCTCGCTAGGGGACGATGATTTTTCGCTGATGGATCTGGCAAATCCGAAATTCTTCATCGAGCTCACAAAAACAAACTTGAAGGAACCCTTCTACATTACGATGTCCAAAGAAATTTGGGAAAGTATTGACGAAAATGAACTTGTGGTGCATCTGACGAACAAGAGGAATAAGTGGGAG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131018513
ATGGATCTGGCAAATCCGAAATTCTTCATCGAGCTCACAAAAACAAACTTGAAGGAACCCTTCTACATTACGATGTCCAAAGAAATTTGGGAAAGTATTGACGAAAATGAACTTGTGGTGCATCTGACGAACAAGAGGAATAAGTGGGAGACGAGGTACATAAACCATCCGGGGAAGAAATACATCGAAGGCTTCGAGTTTTTGATGGACAACGATCTTGTGCACGGTGATATTCTGGGCTTTGAGCTGACCAACAAGAC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057803217.1
MDLANPKFFIELTKTNLKEPFYITMSKEIWESIDENELVVHLTNKRNKWETRYINHPGKKYIEGFEFLMDNDLVHGDILGFELTNKTPVEMSHSVYFNRKSRGVGNPDMAELTPSVRLSVEAAFRLTTPLISTDMYLFPLSNYCVICIVSL

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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