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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G001496

染色体: Chr01 坐标: 28809974-28814378 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G001496
名称SmilChr01G001496
描述probable WRKY transcription factor 19
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向28809974 - 28814378 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131018519
GeneID131018519
locus_tag-
NCBI NameLOC131018519
原始查询SmilChr01G001496

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述probable WRKY transcription factor 19
产物probable WRKY transcription factor 19
ArabidopsisAT5G64550 (AT5G64550)
loricrin-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836576]
identity=57.7; qcov=1.08; evalue=0; confidence=high
RiceOs04g0458200 (IIP4)
-
identity=56.5; qcov=1.04; evalue=0; confidence=high
GO-
KEGG-
PfamPF24906 (Zf_WRKY19)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131018519

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057803221.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057803221.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057803221.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057803221.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057803221.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:28812815 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C3
Chr1:28812844 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B100,B47,D7
Chr1:28812955 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A5,B32,C57,C75
Chr1:28813164 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B49
Chr1:28813225 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B9
Chr1:28813573 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C17
Chr1:28813678 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B38,B39,C54
Chr1:28813899 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B105
Chr1:28813971 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A19,B114,B42,B43,B62
Chr1:28813984 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr1:28814035 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C13,C7
Chr1:28814209 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C13

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057803221.1
609 aa
N
1
304
609
Zf_WRKY19
Zf_WRKY19
Zf_WRKY19
Zf_WRKY19
Zf_WRKY19
Zf_WRKY19
C
PF24906 Zf_WRKY19 243-267 aa PF24906 Zf_WRKY19 268-292 aa PF24906 Zf_WRKY19 293-318 aa PF24906 Zf_WRKY19 319-343 aa PF24906 Zf_WRKY19 422-446 aa PF24906 Zf_WRKY19 447-471 aa
XP_057803225.1
609 aa
N
1
304
609
Zf_WRKY19
Zf_WRKY19
Zf_WRKY19
Zf_WRKY19
Zf_WRKY19
Zf_WRKY19
C
PF24906 Zf_WRKY19 243-267 aa PF24906 Zf_WRKY19 268-292 aa PF24906 Zf_WRKY19 293-318 aa PF24906 Zf_WRKY19 319-343 aa PF24906 Zf_WRKY19 422-446 aa PF24906 Zf_WRKY19 447-471 aa
XP_057803228.1
579 aa
N
1
290
579
Zf_WRKY19
Zf_WRKY19
Zf_WRKY19
Zf_WRKY19
Zf_WRKY19
Zf_WRKY19
C
PF24906 Zf_WRKY19 213-237 aa PF24906 Zf_WRKY19 238-262 aa PF24906 Zf_WRKY19 263-288 aa PF24906 Zf_WRKY19 289-313 aa PF24906 Zf_WRKY19 392-416 aa PF24906 Zf_WRKY19 417-441 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057803221.1 Pfam PF24906 Zf_WRKY19 Domain 243 267 2.6e-72 238.8 WRKY19 zinc finger domain
XP_057803221.1 Pfam PF24906 Zf_WRKY19 Domain 268 292 2.6e-72 238.8 WRKY19 zinc finger domain
XP_057803221.1 Pfam PF24906 Zf_WRKY19 Domain 293 318 2.6e-72 238.8 WRKY19 zinc finger domain
XP_057803221.1 Pfam PF24906 Zf_WRKY19 Domain 319 343 2.6e-72 238.8 WRKY19 zinc finger domain
XP_057803221.1 Pfam PF24906 Zf_WRKY19 Domain 422 446 2.6e-72 238.8 WRKY19 zinc finger domain
XP_057803221.1 Pfam PF24906 Zf_WRKY19 Domain 447 471 2.6e-72 238.8 WRKY19 zinc finger domain
XP_057803225.1 Pfam PF24906 Zf_WRKY19 Domain 243 267 2.6e-72 238.8 WRKY19 zinc finger domain
XP_057803225.1 Pfam PF24906 Zf_WRKY19 Domain 268 292 2.6e-72 238.8 WRKY19 zinc finger domain
XP_057803225.1 Pfam PF24906 Zf_WRKY19 Domain 293 318 2.6e-72 238.8 WRKY19 zinc finger domain
XP_057803225.1 Pfam PF24906 Zf_WRKY19 Domain 319 343 2.6e-72 238.8 WRKY19 zinc finger domain
XP_057803225.1 Pfam PF24906 Zf_WRKY19 Domain 422 446 2.6e-72 238.8 WRKY19 zinc finger domain
XP_057803225.1 Pfam PF24906 Zf_WRKY19 Domain 447 471 2.6e-72 238.8 WRKY19 zinc finger domain
XP_057803228.1 Pfam PF24906 Zf_WRKY19 Domain 213 237 1.4e-72 239.7 WRKY19 zinc finger domain
XP_057803228.1 Pfam PF24906 Zf_WRKY19 Domain 238 262 1.4e-72 239.7 WRKY19 zinc finger domain
XP_057803228.1 Pfam PF24906 Zf_WRKY19 Domain 263 288 1.4e-72 239.7 WRKY19 zinc finger domain
XP_057803228.1 Pfam PF24906 Zf_WRKY19 Domain 289 313 1.4e-72 239.7 WRKY19 zinc finger domain
XP_057803228.1 Pfam PF24906 Zf_WRKY19 Domain 392 416 1.4e-72 239.7 WRKY19 zinc finger domain
XP_057803228.1 Pfam PF24906 Zf_WRKY19 Domain 417 441 1.4e-72 239.7 WRKY19 zinc finger domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA
XM_057947238.1
AGCTGCTGCCTATCATGGGCATTATCGTCAATTAATCTCCACTAATTAAGAATTAGGGTGCCCTAATCCAGATTTGAACTATTTAACTCTCCATTTCGCCTAATTAACTTTCTCTCTCTCTATAATTTTTGGTAGGATTATTCCACTTCTTGTTGCTCCCTCACCCTCCCCTTCTCTTGTTTCTCTCTCCATCCCTTGTATGTTTCTCTCTCTAACTGGATTGGTAAAATTGGGGGCCTTCTGCTACGGGTTGAGACTCG...
XM_057947245.1
CTGCTGCCTATCATGGGCATTATCGTCAATTAATCTCCACTAATTAAGAATTAGGGTGCCCTAATCCAGATTTGAACTATTTAACTCTCCATTTCGCCTAATTAACTTTCTCTCTCTCTATAATTTTTGGTAGGATTATTCCACTTCTTGTTGCTCCCTCACCCTCCCCTTCTCTTGTTTCTCTCTCCATCCCTTGTATGTTTCTCTCTCTAACTGGATTGGTAAAATTGGGGGCCTTCTGCTACGGGTTGAGACTCGAG...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA
LOC131018519
ATGTATCCCTCTATCTCTAGCGACTTCACAAAGATTGGTAATGCTGGAGATACTACTTTAAGGTTAGATGGCTTTGGATACGGGGCACGTGAGACTGTCACAATCGGTAACAGTCAAACCAGCAACAGTGTTCAGGTTGCTGCTCCGGATGATGGATGCAAGTTGGTTCTTGGTTTGGGCCCGACACCAAGTGCTTATTCTGATGAGTATTCACCCTCCGGAGGTAACAAATCTAGAGAAATGATTAATCGCAGCCTCTC...
LOC131018519
ATGTATCCCTCTATCTCTAGCGACTTCACAAAGATTGGTAATGCTGGAGATACTACTTTAAGGTTAGATGGCTTTGGATACGGGGCACGTGAGACTGTCACAATCGGTAACAGTCAAACCAGCAACAGTGTTCAGGTTGCTGCTCCGGATGATGGATGCAAGTTGGTTCTTGGTTTGGGCCCGACACCAAGTGCTTATTCTGATGAGTATTCACCCTCCGGAGGTAACAAATCTAGAGAAATGATTAATCGCAGCCTCTC...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA
XP_057803221.1
MYPSISSDFTKIGNAGDTTLRLDGFGYGARETVTIGNSQTSNSVQVAAPDDGCKLVLGLGPTPSAYSDEYSPSGGNKSREMINRSLSFQRDLMLKLGLCCGPDAVTNILEFSASNHSPRDATHQIPSDGSRFAVPIVDEGSTSAKKSGGYMTQLILAPRAENTEVLWSTSKSLERGSQSHHQTSQLTSEPSAISSYSLSAISEPDNAAVSSNSRGSNMKKCKFSGCTKGARGATGLCIGHGGGQRCQKPGCNKGAESKTA...
XP_057803225.1
MYPSISSDFTKIGNAGDTTLRLDGFGYGARETVTIGNSQTSNSVQVAAPDDGCKLVLGLGPTPSAYSDEYSPSGGNKSREMINRSLSFQRDLMLKLGLCCGPDAVTNILEFSASNHSPRDATHQIPSDGSRFAVPIVDEGSTSAKKSGGYMTQLILAPRAENTEVLWSTSKSLERGSQSHHQTSQLTSEPSAISSYSLSAISEPDNAAVSSNSRGSNMKKCKFSGCTKGARGATGLCIGHGGGQRCQKPGCNKGAESKTA...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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