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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G001509

染色体: Chr01 坐标: 28925783-28929363 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G001509
名称SmilChr01G001509
描述uncharacterized SmilChr01G001509
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向28925783 - 28929363 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131005804
GeneID131005804
locus_tag-
NCBI NameLOC131005804
原始查询SmilChr01G001509

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GOGO:0003676 (nucleic acid binding)
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131005804

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057788877.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057788877.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057788877.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057788877.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057788877.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:28925810 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 1 C20
Chr1:28925810 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C20
Chr1:28925812 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B26,B40,B80,B93,C39
Chr1:28925813 A AGT 2bp_insertion frameshift_variant 2 B27,C29
Chr1:28925813 A AGT 2bp_insertion CDS_variant 2 B27,C29
Chr1:28925815 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B1
Chr1:28925822 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B60,B72,C20,C29
Chr1:28925823 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B1,B82,C16,C68
Chr1:28925824 C CAA 2bp_insertion frameshift_variant 2 B56,B96
Chr1:28925824 C CAA 2bp_insertion CDS_variant 2 B56,B96
Chr1:28925829 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B102,B132,B26,B80,C39
Chr1:28925837 G GT 1bp_insertion frameshift_variant 6 A21,B32,B60,B64,B72,D7

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057932894.1
ATGCCAGAGCAGAGCTGCCCGCCTTGCCAGAGCAGAGCTGCCCGCCCTGCCAGAGCCGGAGTTCAACCAGAGACAGCTCTGCCGAGAGTCAGCTTTACCACCAAGTTGGGCTTCATGGGCTTTAGGATCATTCCAGCAATTAAAGCCAAGTGGCCGCGTGGTGCAAACATGAATATCAAGTTACAATGGGATAATGCAAATTCCCACATGAAGTTACAAACAGACCCTGATTTCATAGCAGCTGCCACGTCAGATGGATT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131005804
ATGCCAGAGCAGAGCTGCCCGCCTTGCCAGAGCAGAGCTGCCCGCCCTGCCAGAGCCGGAGTTCAACCAGAGACAGCTCTGCCGAGAGTCAGCTTTACCACCAAGTTGGGCTTCATGGGCTTTAGGATCATTCCAGCAATTAAAGCCAAGTGGCCGCGTGGTGCAAACATGAATATCAAGTTACAATGGGATAATGCAAATTCCCACATGAAGTTACAAACAGACCCTGATTTCATAGCAGCTGCCACGTCAGATGGATT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057788877.1
MPEQSCPPCQSRAARPARAGVQPETALPRVSFTTKLGFMGFRIIPAIKAKWPRGANMNIKLQWDNANSHMKLQTDPDFIAAATSDGFNIQLICQPPNSPDTNVNDLGFFRAIQSLQDDKLANGVDDLLNNVKEAFEELDPMKLNNVFLTLQGCYHEIIKCRGNNNYKIPHINKERLLRLGILPECLEVEEQLVRDCLEELRQQQMEQGTIYNLDSLVHSLEQVALMD

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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