Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G001512`

染色体: Chr01 坐标: 28946670-28948463 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G001512`
名称	SmilChr01G001512
描述	protein HYPER-SENSITIVITY-RELATED 4-like
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	28946670 - 28948463 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131005829`
GeneID	`131005829`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131005829`
原始查询	`SmilChr01G001512`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	protein HYPER-SENSITIVITY-RELATED 4-like
产物	protein HYPER-SENSITIVITY-RELATED 4-like
Arabidopsis	`AT3G50930` (BCS1) cytochrome BC1 synthesi [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824257] identity=60.9; qcov=0.57; evalue=6.66e-71; confidence=medium
Rice	`Os01g0605100` - identity=56.6; qcov=0.544; evalue=1.3e-62; confidence=medium
GO	GO:0005524 (ATP binding); GO:0016887 (ATP hydrolysis activity)
KEGG	-
Pfam	PF00004 (AAA)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131005829

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	0.80000	`XP_057788912.1`
2	Nucleus	细胞核	0.40000	`XP_057788912.1`
3	Cytosol	细胞质基质	0.20000	`XP_057788912.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057788912.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057788912.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:28946733`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B33,B53
`Chr1:28946741`	`GAA`	`G`	2bp_deletion	frameshift_variant	4	B4,B69,B70,C22
`Chr1:28946741`	`GAA`	`G`	2bp_deletion	CDS_variant	4	B4,B69,B70,C22
`Chr1:28946748`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B125,B3,B51,B59,C56
`Chr1:28946753`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B4,B70,C22
`Chr1:28946754`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B4,B70,C22
`Chr1:28946758`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B33,B53
`Chr1:28946764`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B33,B53,C77
`Chr1:28946773`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	C33,C40,C48
`Chr1:28946794`	`GA`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	13	A6,B107,B111,B112,B120,B38,B44,B93,C11,C37,C51,C55,C87
`Chr1:28946821`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C1
`Chr1:28946822`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B17,B95

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057788912.1

305 aa

152

305

AAA

PF00004 AAA 112-171 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057788912.1`	Pfam	`PF00004`	AAA	Domain	112	171	2.1e-07	32.2	ATPase family associated with various cellular activities (AAA)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057932929.1
TACAAGGGCCACAAATTCAAATGGGTGTGGGTTTGCCGACGAATCGAATCCCACGGTTTCTACAACCCCAGAGACATGAACTCCACGCTAGGATCGGAGGTCAGATCCTTCGAGCTCACCTTCCACAAGACAAACAGAGAAATGGTGATCCATTCCTACCTTCCCCACATCGCAAACCTGGCCAAGATGAGGAAACAAGAAAACAAAACCATCAAGATCTTCACAGTGGATTACGAGAATATGTACAACATCAATGATAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131005829
ATGAACTCCACGCTAGGATCGGAGGTCAGATCCTTCGAGCTCACCTTCCACAAGACAAACAGAGAAATGGTGATCCATTCCTACCTTCCCCACATCGCAAACCTGGCCAAGATGAGGAAACAAGAAAACAAAACCATCAAGATCTTCACAGTGGATTACGAGAATATGTACAACATCAATGATATGTGGAAGCCCGTGATGCTGGATCACCCTGCTACATTCGCCACTCTGGCCATGGATGCCCATCAGAAAGATGTGAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057788912.1
MNSTLGSEVRSFELTFHKTNREMVIHSYLPHIANLAKMRKQENKTIKIFTVDYENMYNINDMWKPVMLDHPATFATLAMDAHQKDVILKDVDRFLQRIEYYRKVGKAWKRGYLLYGLPGTGKSSFIAAMTNYLNFDVYDLELTELRQNSDLQKLLLATANKSVLVVEDIDCTIWTPACCCLPLFSTLRRLPPPSLYPLAALPPSHLCPLASRRLCRLPTDLRRLRRPPTSIHPAPLPSFPLCKSASPFPALFRRHRLRLS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器