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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G001519

染色体: Chr01 坐标: 29104984-29107913 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G001519
名称SmilChr01G001519
描述protein KTI12 homolog
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向29104984 - 29107913 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131018650
GeneID131018650
locus_tag-
NCBI NameLOC131018650
原始查询SmilChr01G001519

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述protein KTI12 homolog
产物protein KTI12 homolog
ArabidopsisAT1G13870 (DRL1)
KTI12-like, chromatin associated protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837946]
identity=70.9; qcov=1; evalue=1.45e-161; confidence=high
RiceOs11g0312340
-
identity=73.3; qcov=0.285; evalue=1.08e-30; confidence=weak
GO-
KEGG-
PfamPF01583 (APS_kinase); PF08433 (KTI12); PF13671 (AAA_33)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131018650

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057803351.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.80000 XP_057803351.1
3 Nucleus 细胞核 0.60000 XP_057803351.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057803351.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057803351.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:29105361 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B127,B32,C20,C49,C50
Chr1:29105494 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B139
Chr1:29105503 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C65
Chr1:29105539 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B136,B139
Chr1:29105560 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B127,B31,B82,B99
Chr1:29105574 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B102,B20,C29,D1
Chr1:29105585 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C60
Chr1:29105587 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B99
Chr1:29105598 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C74
Chr1:29105611 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr1:29105615 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A16,B29,C64,C66,D10
Chr1:29105621 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A22

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057803351.1
302 aa
N
1
151
302
KTI12
APS_kinase
AAA_33
C
PF08433 KTI12 1-296 aa PF01583 APS_kinase 3-117 aa PF13671 AAA_33 3-145 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057803351.1 Pfam PF08433 KTI12 Domain 1 296 8.6e-82 275.4 Chromatin associated protein KTI12
XP_057803351.1 Pfam PF01583 APS_kinase Domain 3 117 0.00017 22.4 Adenylylsulphate kinase
XP_057803351.1 Pfam PF13671 AAA_33 Domain 3 145 2.3e-14 54.6 AAA domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057947368.1
ACACCCATACACACAAACACACGCACCCAGCAGCTGCGCCGCCCAGCCTCCCTCTTCCTCCTTCTCTCTTCCGGCAGACGACGGCAGCCACCGCCGGACACGCCGCCGCCCCCTGACTCTCCTCTCCCTCGTCTCTACTCTCTCTTCCTCTGAATCTCCGGTGCACAGCAGCAACAAGCCACTGTCACCATCAAATTCTCAACCCTCCGGACTCCCTCTGTTTCCAAGCAACGACGATGAGACCGCCGCCGGTCTGAGCC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131018650
ATGGCTCTAGTTGTTATTTGTGGTCAGCCTTGCAGTGGGAAGTCAACAGCCGCGGCCTGCCTGGTTGAAGCCCTTCAAGAAACAGAATCTAAGCCATCAGTTCGGATCGTTGACGAATCTTCATTTCACCTTACACGGAACGAAGGCTATGCTAACATGCCATCAGAAAAGAATTTAAGGGGAGTATTGAGATCCGAAGTTGATAGGTCGCTGTCTAGAGACAATATTATTATAGTGGATTCTTTGAACAGCATAAAGGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057803351.1
MALVVICGQPCSGKSTAAACLVEALQETESKPSVRIVDESSFHLTRNEGYANMPSEKNLRGVLRSEVDRSLSRDNIIIVDSLNSIKGYRYELWCLARAAGTRYCVVHCDIEETYCRKWNEERREKSEANYDDKIFEDLVRRFERPDSRNRWDSPLFDLWPSRDGIEISSAAIVDAVTYLTKRVDSKTKDVKVLQPTIATQGARLTEANSLYELDRATLEVMNMIVEAQSRAVGGPLNGVTLGPGLPSVDISRHVGLPELR...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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