Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G001520

染色体: Chr01 坐标: 29114737-29116205 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G001520
名称SmilChr01G001520
描述protein KTI12 homolog
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向29114737 - 29116205 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131005838
GeneID131005838
locus_tag-
NCBI NameLOC131005838
原始查询SmilChr01G001520

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述protein KTI12 homolog
产物protein KTI12 homolog
ArabidopsisAT1G13870 (DRL1)
KTI12-like, chromatin associated protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837946]
identity=70.5; qcov=0.973; evalue=4.3e-115; confidence=high
RiceOs11g0312340
-
identity=70.9; qcov=0.386; evalue=3.89e-31; confidence=low
GO-
KEGG-
PfamPF08433 (KTI12); PF13671 (AAA_33)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131005838

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057788925.1
2 Nucleus 细胞核 0.80000 XP_057788925.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057788925.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057788925.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057788925.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:29114738 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 D1,D10
Chr1:29114741 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr1:29114800 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B104,C65
Chr1:29114813 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C65
Chr1:29114830 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A16
Chr1:29114883 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C25,C74
Chr1:29114901 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B99,C56,C71
Chr1:29114913 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C25,C74
Chr1:29114951 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr1:29114955 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C25,C74
Chr1:29114961 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B126
Chr1:29114973 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B120,C71

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057788925.1
223 aa
N
1
112
223
KTI12
AAA_33
C
PF08433 KTI12 1-217 aa PF13671 AAA_33 3-145 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057788925.1 Pfam PF08433 KTI12 Domain 1 217 2.1e-64 218.4 Chromatin associated protein KTI12
XP_057788925.1 Pfam PF13671 AAA_33 Domain 3 145 1.8e-11 45.3 AAA domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057932942.1
GAAGATGTTGGCGAGAGACTGAGAATCAGTATTTGTTGTATTGGTATATATCTGTGTTTGGTTGTAGTGGCACTGATTCGAAATATCATGTGTTGAATTAACTTTGATATATGTAGAAAACCTAGTTATTTCGAATCATGCGGACTTGATTGAAGAGCTTTCTACGCTATAGGATTTTCTTATCCTAGGATTTGCAGACTGCAGTATATGTAACTTCAGCTGGGGTTTCAGTTTGATGAAGAAGTTTGCTATTAATCTGT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131005838
ATGGCTCTAGTTGTTATTTGTGGTCAGCCTTGCAGTGGGATCACAGCCGCGGCCTGCTTGGTTGAAGCCCTTCAAGAAACAGAATCTAAGCCATCAGCTCGGATTGTTGATGAATCTTCATTTCACCTTACACGGAACGAAGACTATGCTAACATGCCATCAGAAAAGAATTTAAGGGGAGTATTGAGATCCGAAGTTGATAGGTCGTTGTCTAGAGACAATATTATTATAGTGGATTCTTTGAACAGCATAAAGGGGTA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057788925.1
MALVVICGQPCSGKXTAAACLVEALQETESKPSARIVDESSFHLTRNEDYANMPSEKNLRGVLRSEVDRSLSRDNIIIVDSLNSIKGYKYELWCLARAAGTRYCVVHCDIEETYYRKWNEERREKSEANYDDKIFEDLVRRFERPDNRNRWDSPLFELRPSRDGIEISYAAIVDAVTYLTKRVDSKTKDVKVLQPTMATQGARLTEANSLYELDRATLSHPNS

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器