Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G001521`

染色体: Chr01 坐标: 29132698-29133306 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G001521`
名称	SmilChr01G001521
描述	uncharacterized SmilChr01G001521
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	29132698 - 29133306 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131005848`
GeneID	`131005848`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131005848`
原始查询	`SmilChr01G001521`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	Ribonuclease H-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:822121]; symbol=AT3G25270; hit=AT3G25270; species=arabidopsis; confidence=low
产物	Ribonuclease H-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:822121]; symbol=AT3G25270; hit=AT3G25270; species=arabidopsis; confidence=low
Arabidopsis	`AT3G25270` (AT3G25270) Ribonuclease H-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:822121] identity=26.1; qcov=1.1; evalue=2.96e-15; confidence=low
Rice	`Os01g0930300` - identity=24.8; qcov=1.14; evalue=7.15e-13; confidence=weak
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF13966 (zf-RVT)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131005848

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytosol	细胞质基质	0.80000	`XP_057788935.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.60000	`XP_057788935.1`
3	Endoplasmic reticulum	内质网	0.20000	`XP_057788935.1`
4	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057788935.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057788935.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:29132711`	`TA`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	D10
`Chr1:29132711`	`TA`	`T`	1bp_deletion	CDS_variant	1	D10
`Chr1:29132737`	`GC`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	17	A1,A2,A25,A4,A9,B10,B17,B3,B40,B78,B86,C15,C32,C47,C72,C80,D5
`Chr1:29132742`	`T`	`TC`	1bp_insertion	frameshift_variant	169	A11,A14,A15,A18,A19,A20,A21,A22,A23,A24,A3,A5,A8,B1,B100,B102,B103,B104,B105,B107,B108,B110,B111,B112,B115,B118,B119,B12,B121,B124,B126,B127,B128,B131,B132,B133,B134,B135,B136,B139,B14,B140,B15,B16,B18,B19,B2,B25,B26,B29,B30,B34,B35,B37,B4,B42,B43,B44,B45,B46,B47,B48,B49,B5,B50,B51,B53,B54,B56,B57,B59,B60,B61,B62,B63,B64,B66,B67,B69,B7,B70,B71,B73,B74,B75,B76,B77,B79,B80,B81,B83,B84,B88,B9,B90,B92,B94,B96,B97,B98,B99,C1,C10,C11,C13,C16,C17,C18,C19,C2,C20,C22,C23,C24,C26,C27,C29,C3,C31,C33,C35,C36,C37,C39,C4,C40,C43,C44,C45,C46,C48,C49,C5,C50,C51,C52,C53,C54,C55,C56,C59,C61,C62,C63,C64,C65,C66,C67,C69,C7,C70,C73,C74,C75,C76,C77,C78,C79,C84,C86,C87,C9,D1,D11,D2,D4,D7,D8,D9
`Chr1:29132779`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C65
`Chr1:29132827`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A22
`Chr1:29132832`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	5	B136,B4,B49,C26,C36
`Chr1:29132832`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B136,B4,B49,C26,C36
`Chr1:29132868`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104
`Chr1:29133173`	`GAA`	`G`	2bp_deletion	frameshift_variant	13	B106,B115,B120,B127,B20,B31,B32,B99,C34,C43,C56,C71,C76
`Chr1:29133190`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B28
`Chr1:29133243`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057788935.1

202 aa

101

202

zf-RVT

PF13966 zf-RVT 1-50 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057788935.1`	Pfam	`PF13966`	zf-RVT	Domain	1	50	2.5e-09	38.4	zinc-binding in reverse transcriptase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057932952.1
ATGTGGAGATGTTTATCGGGTGCAACTCCAACGTCTGTGGCCCTTCGACGCCGCTCGATCGAGGTTGATCCTATGTGTAGACGGTGTGGAGAGAAGGAAGAGACGGTTGAACACGCTCTGCGCGACTGCCTGTGGGCTGTTTTCTTATGGTCCATTTCGCCCCTGCGATTGGAGCCTATTCTGAAGGGAACATTGTGCTCAATCTCTCCATGGTTCCAAAGTATCCAAAGCTGCCCCCAACGTGAAACACATGCGATGTT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131005848
ATGTGGAGATGTTTATCGGGTGCAACTCCAACGTCTGTGGCCCTTCGACGCCGCTCGATCGAGGTTGATCCTATGTGTAGACGGTGTGGAGAGAAGGAAGAGACGGTTGAACACGCTCTGCGCGACTGCCTGTGGGCTGTTTTCTTATGGTCCATTTCGCCCCTGCGATTGGAGCCTATTCTGAAGGGAACATTGTGCTCAATCTCTCCATGGTTCCAAAGTATCCAAAGCTGCCCCCAACGTGAAACACATGCGATGTT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057788935.1
MWRCLSGATPTSVALRRRSIEVDPMCRRCGEKEETVEHALRDCLWAVFLWSISPLRLEPILKGTLCSISPWFQSIQSCPQRETHAMFATVLWSIWFARNLLVFQQKAMTHLDCLNVANRARWTSQPCAFSPSPVASTLMCSRSGQVKFSCDAAIEEGRGMGMGVVKRDANGSLLDCTFGFVPGAFSAIEGEAFVVLEAIKWC

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器