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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G001550`

染色体: Chr01 坐标: 29480136-29483075 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G001550`
名称	SmilChr01G001550
描述	60S ribosomal protein L3-1-like
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	29480136 - 29483075 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131018801`
GeneID	`131018801`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131018801`
原始查询	`SmilChr01G001550`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	60S ribosomal protein L3-1-like
产物	60S ribosomal protein L3-1-like
Arabidopsis	`AT1G43170` (RP1) ribosomal protein 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:840916] identity=86.6; qcov=0.995; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os12g0167900` (RPL3A) - identity=84.6; qcov=1; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0000027 (ribosomal large subunit assembly); GO:0003723 (RNA binding); GO:0003735 (structural constituent of ribosome); GO:0005840 (ribosome); GO:0006412 (translation); GO:0022625 (cytosolic large ribosomal subunit)
KEGG	smil03010 (Ribosome - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF00297 (Ribosomal_L3)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131018801

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057803494.1`
2	Cytosol	细胞质基质	0.60000	`XP_057803494.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057803494.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057803494.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057803494.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:29481168`	`G`	`GC`	1bp_insertion	frameshift_variant	2	B75,C71
`Chr1:29481168`	`G`	`GC`	1bp_insertion	CDS_variant	2	B75,C71
`Chr1:29481577`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A22
`Chr1:29481579`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104
`Chr1:29481837`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B112
`Chr1:29482018`	`TG`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	2	B55,C50
`Chr1:29482018`	`TG`	`T`	1bp_deletion	CDS_variant	2	B55,C50
`Chr1:29482310`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C35,C36
`Chr1:29482661`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B13
`Chr1:29482685`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B127,B20,C43,C71
`Chr1:29482709`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C35
`Chr1:29482737`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B56,B96

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057803494.1

389 aa

194

389

Ribosomal_L3

PF00297 Ribosomal_L3 1-370 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057803494.1`	Pfam	`PF00297`	Ribosomal_L3	Family	1	370	1.5e-194	646.8	Ribosomal protein L3

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057947511.1
TGAAGTAGGGTTTTTAGCTCAGGGGTGAAGCCTCATTCTCCATCGCAGCAGCGTTCAGAGCAAGGGAGGCGAAAAATGTCGCATAGGAAGTTTGAGCATCCAAGGCACGGGTCACTCGGTTTCCTGCCCAGGAAGCGGGCTGCTCGCCACAAGGGAAAGGTGAAGGCTTTCCCCAAGGATGACCCAACCAAGCCCTGCAGTCTAACAGCCTTTTTGGGATACAAGGCTGGAATGACCCACATTGTTCGAGATGTGGAAAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131018801
ATGTCGCATAGGAAGTTTGAGCATCCAAGGCACGGGTCACTCGGTTTCCTGCCCAGGAAGCGGGCTGCTCGCCACAAGGGAAAGGTGAAGGCTTTCCCCAAGGATGACCCAACCAAGCCCTGCAGTCTAACAGCCTTTTTGGGATACAAGGCTGGAATGACCCACATTGTTCGAGATGTGGAAAAGCCTGGATCAAAACTTCACAAGAAGGAGACTTGTGAGGCTGTTACCATCATTGAAACACCACCCATGGTAATTGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057803494.1
MSHRKFEHPRHGSLGFLPRKRAARHKGKVKAFPKDDPTKPCSLTAFLGYKAGMTHIVRDVEKPGSKLHKKETCEAVTIIETPPMVIVGVVGYVKTPRGLRCLNTVWAQHLSEEIRRRFYKNWCKSKKRAFSKYSKRLETDEGKKDIQSQLEKLKKYSSVIRVLAHTQIRKMKGLKQKKAHLMEIQVNGGTIAQKVDFAYGFFEKQVPVDAVFQKDEMIDIIGVTKGKGYEGVVTRWGVTRLPRKTHRGLRKVACIGAWHP...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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