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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G001568

染色体: Chr01 坐标: 29683500-29685237 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G001568
名称SmilChr01G001568
描述uncharacterized SmilChr01G001568
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向29683500 - 29685237 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131018911
GeneID131018911
locus_tag-
NCBI NameLOC131018911
原始查询SmilChr01G001568

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os04g0590366; species=rice; confidence=low
产物hit=Os04g0590366; species=rice; confidence=low
Arabidopsis-
-
RiceOs04g0590366
-
identity=28.9; qcov=0.764; evalue=2.4e-19; confidence=low
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131018911

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057803585.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057803585.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057803585.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057803585.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057803585.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:29684053 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B44
Chr1:29684068 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C2
Chr1:29684069 CTG C 2bp_deletion frameshift_variant 22 A19,A3,B122,B42,B51,B52,B54,B57,B77,B81,B88,B90,C17,C19,C20,C24,C44,C48,C52,C55,C58,C62
Chr1:29684071 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 24 A1,B10,B105,B113,B117,B121,B129,B139,B14,B21,B25,B4,B41,B58,B74,B93,C18,C20,C27,C41,C66,C74,C9,D10
Chr1:29684072 C CTT 2bp_insertion frameshift_variant 19 A19,A3,B122,B42,B51,B52,B54,B57,B77,B88,C17,C19,C20,C24,C44,C52,C55,C58,C62
Chr1:29684081 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr1:29684098 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B104,B74
Chr1:29684099 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B30
Chr1:29684111 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C35,C56
Chr1:29684116 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B38,B80,C10,C16,C38
Chr1:29684125 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B40,C28
Chr1:29684128 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A11,B103,B12,B22,B66

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057947602.1
AGGAGCCCCCCAAAAGTTTATGACACTAGTGTGTCTTCTTCTTTGATTCATTTTCGCTCGCTCCTTACCTATTGCAGATTTGTAATGGTCTGAATTTTTCAGACCTCCTTGCGTCCTTGAACCCTTCGACGCAACAGAAATTGAAACACTATGAGTACCTTCCAAAAAAACTCTGCGAGTGATGAAATGGCACATTGTAAGTCCAACAAACCCGATAAGACACGACGTAGTTGGTCAATGAGAGAAGATGAGGCGCTACT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131018911
ATGAGTACCTTCCAAAAAAACTCTGCGAGTGATGAAATGGCACATTGTAAGTCCAACAAACCCGATAAGACACGACGTAGTTGGTCAATGAGAGAAGATGAGGCGCTACTTGCTGCTTTGAAAGAACTTGTAGTGCAGGGTTGGAGGTCGGATAACGGCTTCCGAGCTGGATATCTTGCAAAGTTAGAAGAGTCGGTAGAGAACATGTTTCCAGGGACGGATCTCAAAGGCATACCACATATCCACTTGAAAATCTCAAC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057803585.1
MSTFQKNSASDEMAHCKSNKPDKTRRSWSMREDEALLAALKELVVQGWRSDNGFRAGYLAKLEESVENMFPGTDLKGIPHIHLKISTWKKNYNSLLFILGKTGVGFNVDGKYMIDCDSIQWAEIMQGDPNARNMRTKSWPYLEDWKEIFRNDRATGLAAEDVADAVNDMQHVDAFDNDGMQGDYHPHFDTVAEND

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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