Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G001583`

染色体: Chr01 坐标: 29846602-29847591 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G001583`
名称	SmilChr01G001583
描述	uncharacterized SmilChr01G001583
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	29846602 - 29847591 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131006012`
GeneID	`131006012`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131006012`
原始查询	`SmilChr01G001583`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	zinc ion binding / nucleic acid binding protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:814629]; symbol=AT2G01050; hit=AT2G01050; species=arabidopsis; confidence=low
产物	zinc ion binding / nucleic acid binding protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:814629]; symbol=AT2G01050; hit=AT2G01050; species=arabidopsis; confidence=low
Arabidopsis	`AT2G01050` (AT2G01050) zinc ion binding / nucleic acid binding protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:814629] identity=31.3; qcov=0.447; evalue=1.54e-20; confidence=low
Rice	`Os09g0268800` - identity=28.2; qcov=0.377; evalue=4e-07; confidence=low
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF14392 (zf-CCHC_4)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131006012

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057789149.1`
2	Cytosol	细胞质基质	0.60000	`XP_057789149.1`
3	Cytoplasmic granule	细胞质颗粒	0.20000	`XP_057789149.1`
4	Cytoplasmic ribonucleoprotein granule	Cytoplasmic ribonucleoprotein granule	0.20000	`XP_057789149.1`
5	P-body	P-body	0.20000	`XP_057789149.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:29846653`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C14
`Chr1:29846727`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B122
`Chr1:29846834`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B103,B128,C48
`Chr1:29847137`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A10,B23,B40,C18,C58
`Chr1:29847162`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B4,C36
`Chr1:29847199`	`A`	`AG`	1bp_insertion	frameshift_variant	1	C29
`Chr1:29847199`	`A`	`AG`	1bp_insertion	CDS_variant	1	C29
`Chr1:29847228`	`T`	`TA`	1bp_insertion	frameshift_variant	4	B137,B5,C25,D9
`Chr1:29847228`	`T`	`TA`	1bp_insertion	CDS_variant	4	B137,B5,C25,D9
`Chr1:29847447`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B122

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057789149.1

329 aa

164

329

zf-CCHC_4

PF14392 zf-CCHC_4 102-148 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057789149.1`	Pfam	`PF14392`	zf-CCHC_4	Domain	102	148	2.3e-06	27.8	Zinc knuckle

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057933166.1
ATGGGAAGAGGATTCTATACTTTAAAGTTCATCGACAAGGAAGATAAAGCTACCGCTAAACGACATGTGATCTGGGATCTTCCTGCCGGTTCGATACGTCTTCGTGATTGGGTTCGCTATTTTAACCCCTATAAAGAATCGTCCCCCTTGGCTCAAGTTTGGGTGAGAGTCTATTACCTGCCGGTGGAGTTCTGGCATCCGGAGGTTCTTTCGGGCATAGGTCGATGGTTGGGACAACCTTTGAAGATTGATGGAATGTC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131006012
ATGGGAAGAGGATTCTATACTTTAAAGTTCATCGACAAGGAAGATAAAGCTACCGCTAAACGACATGTGATCTGGGATCTTCCTGCCGGTTCGATACGTCTTCGTGATTGGGTTCGCTATTTTAACCCCTATAAAGAATCGTCCCCCTTGGCTCAAGTTTGGGTGAGAGTCTATTACCTGCCGGTGGAGTTCTGGCATCCGGAGGTTCTTTCGGGCATAGGTCGATGGTTGGGACAACCTTTGAAGATTGATGGAATGTC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057789149.1
MGRGFYTLKFIDKEDKATAKRHVIWDLPAGSIRLRDWVRYFNPYKESSPLAQVWVRVYYLPVEFWHPEVLSGIGRWLGQPLKIDGMSIDDEVAHFARILVEIDLSQPLPEFMTIDGGEYFFNIEFSYEYIPLYCTICKITGHSPDKCRRGKTGKNVEPEAKIIRGPEWQAVVEAKSKQPLDGEVTSDSESEDGAKEVSVSAHKEFTGPDLLENLCNRSSGSNHNQLGSQDGNRFAILENSSIQEDLVTNKQDTILKNTAG...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器