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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G001594

染色体: Chr01 坐标: 30008967-30010165 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G001594
名称SmilChr01G001594
描述uncharacterized SmilChr01G001594
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向30008967 - 30010165 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131006021
GeneID131006021
locus_tag-
NCBI NameLOC131006021
原始查询SmilChr01G001594

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os06g0523701; species=rice; confidence=low
产物hit=Os06g0523701; species=rice; confidence=low
Arabidopsis-
-
RiceOs06g0523701
-
identity=41.5; qcov=0.332; evalue=6.8e-25; confidence=low
GOGO:0003676 (nucleic acid binding)
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131006021

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057789161.1
2 Chromosome 染色体 0.20000 XP_057789161.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057789161.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057789161.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057789161.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:30008979 A AG 1bp_insertion frameshift_variant 9 A13,A9,B108,B115,B127,B133,B95,C11,C74
Chr1:30008981 G GC 1bp_insertion frameshift_variant 7 A20,A4,A5,B115,B26,B61,C45
Chr1:30009003 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B67
Chr1:30009004 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B115,B125,B38,C56,C64
Chr1:30009009 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 4 B106,B67,C71,D2
Chr1:30009009 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B106,B67,C71,D2
Chr1:30009024 GC G 1bp_deletion frameshift_variant 3 C5,D1,D6
Chr1:30009024 GC G 1bp_deletion CDS_variant 3 C5,D1,D6
Chr1:30009027 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B132,B17,C45,C70,C74
Chr1:30009036 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A20,B102,B29,B58,B79
Chr1:30009042 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B96
Chr1:30009043 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B107,B88

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057933178.1
ATGGATATCAAGAGGCTGATCAGAGCTCATTCAAGTGCTATCCGACCTGATTTGACAGCCCCCAACAAGCTATTACGGCTTAAGTTCTCTCTTGAACAGATTGAGTATGATAGAATATGCATGGCCCTAAAGTTTAAGCCTATGCACAATGTAGTGCATATTGATGAGAAGTGGTTCTATATCACCAAGACAAACCACAGATTTTACTTAACACCACAAGAAACTGAACCACATCGCACATGTAAGAGTAAGAAGTTCAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131006021
ATGGATATCAAGAGGCTGATCAGAGCTCATTCAAGTGCTATCCGACCTGATTTGACAGCCCCCAACAAGCTATTACGGCTTAAGTTCTCTCTTGAACAGATTGAGTATGATAGAATATGCATGGCCCTAAAGTTTAAGCCTATGCACAATGTAGTGCATATTGATGAGAAGTGGTTCTATATCACCAAGACAAACCACAGATTTTACTTAACACCACAAGAAACTGAACCACATCGCACATGTAAGAGTAAGAAGTTCAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057789161.1
MDIKRLIRAHSSAIRPDLTAPNKLLRLKFSLEQIEYDRICMALKFKPMHNVVHIDEKWFYITKTNHRFYLTPQETEPHRTCKSKKFITKVMFMCAVCRPIFDTDGSVLFDGKIGIFPFTEMVPAKRSSKNRQAGTLEEKTIQSITKEVIKDCIINKIIPAIKAKWPANASKTIFIQQDNAKPHIKDSDPDFRAAATADGFDIRIVHQPPNSPDTNINDLGWFRAIQSLQVQSVCSNVEDLVKAVQVSFNELSPNTLNAVF...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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