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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G001601

染色体: Chr01 坐标: 30183154-30186704 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G001601
名称SmilChr01G001601
描述uncharacterized SmilChr01G001601
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向30183154 - 30186704 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131019349
GeneID131019349
locus_tag-
NCBI NameLOC131019349
原始查询SmilChr01G001601

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131019349

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057803868.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057803868.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057803868.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057803868.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057803868.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:30185262 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B10,B104,B57,B84
Chr1:30185284 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B10,B57,B84
Chr1:30185428 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B26,B8,C83
Chr1:30185445 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C43
Chr1:30185454 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 3 B101,B26,B8
Chr1:30185454 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B101,B26,B8
Chr1:30185464 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B79,C62,D1
Chr1:30185476 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B71
Chr1:30185482 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr1:30185496 GT G 1bp_deletion frameshift_variant 122 A10,A13,A14,A16,A18,A19,A22,A24,A5,A6,A7,B102,B104,B105,B107,B108,B109,B110,B112,B113,B114,B117,B118,B12,B120,B121,B122,B125,B126,B128,B129,B13,B131,B137,B138,B16,B2,B22,B26,B27,B28,B3,B30,B31,B33,B35,B37,B38,B39,B4,B44,B46,B47,B48,B49,B53,B55,B58,B6,B60,B62,B63,B64,B65,B66,B68,B7,B70,B75,B8,B80,B81,B82,B83,B84,B85,B87,B88,B90,B92,B93,B94,B95,B96,B97,C10,C12,C2,C20,C22,C23,C24,C26,C29,C30,C32,C35,C36,C38,C39,C42,C43,C45,C46,C51,C54,C56,C59,C6,C64,C66,C67,C68,C81,C85,C9,D1,D11,D4,D5,D6,D7
Chr1:30185500 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C19
Chr1:30185532 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A6,B84,B98,C82

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057947885.1
AAATTGGGTTTGGGCGTTAGTGGATGATCTTGATGCATTTAACCAATTTCCGTGGGGGGAGTATAGTTATAATTTGTTGTGTCATAACACAACAAAGTGCATGTCCAAAAAAAAATTATAAATTCTATGGACCTGTTTGGGCGTTGCACGTGTGGTCGCTTGAGATCATGCCCGACTTTGGTAATGTGGTTGGCAAGTGTGTTGCTGAGTTTGCTCACCCTCGATGTTTGAAGTGGAAGTTTCGGAGTAGACCGGGTAGG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131019349
ATGAGAGCATGTTTTGATTACATGGGAGAGGAGATGGTTAGTTTTGGAGAGCCCTCCCAATGCATTGAGACGCCGGTATTGCCCCGTAGAAGTACACGTCAGAGATTCCCATCTCAACAGTTGGAGTCCCCGTATGATGCATCGGGAGAACCCAGACTAGTTTCAACAAAGGAGTTGGATAACTTCAGGTCCTTCCTTAATGGAAACGATTCTGGGGCAACCGTGCTGGAAAGTAACCATAAGCTATCGAAGAATTGGTT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057803868.1
MRACFDYMGEEMVSFGEPSQCIETPVLPRRSTRQRFPSQQLESPYDASGEPRLVSTKELDNFRSFLNGNDSGATVLESNHKLSKNWFKSILKPDASLHQDVLELFILSLQSKLMHRVSLLPFVKPENTMISSFDLYRVCEQYWGRCFFSTKLNHAIPGSYESFHDWVVPQSIIAMIQGVNGSSTAQNWFGATQIVVPCRIKAHYVVVRICPGPWEAELHDPLFYGMDDTRKQERVAEIQSLLSLFGKILEDVGYWTSNVY...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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