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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G001608

染色体: Chr01 坐标: 30242182-30250484 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G001608
名称SmilChr01G001608
描述uncharacterized SmilChr01G001608
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向30242182 - 30250484 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131018971
GeneID131018971
locus_tag-
NCBI NameLOC131018971
原始查询SmilChr01G001608

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os01g0967100; species=rice; confidence=low
产物hit=Os01g0967100; species=rice; confidence=low
ArabidopsisAT5G22450 (AT5G22450)
spectrin beta chain, brain [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832306]
identity=33.3; qcov=1; evalue=7.62e-148; confidence=low
RiceOs01g0967100
-
identity=34.9; qcov=1.03; evalue=2.45e-162; confidence=low
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131018971

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057803641.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057803641.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057803641.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057803641.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057803641.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:30243398 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr1:30243408 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr1:30243568 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr1:30244145 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B139
Chr1:30245065 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B104,D9
Chr1:30245221 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B104,D9
Chr1:30245300 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A4,B13,B139,C21
Chr1:30245313 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A14,B65,B8,D6
Chr1:30245530 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr1:30245614 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B62,B66,C26,C35,C45
Chr1:30245940 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B123,B30,C56
Chr1:30245957 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B38

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057947658.1
AATCCAGCTAGCAGGCCAATATTTCAGTGAATCGGAGAAACGCGGAAGTAAAAAAAAGAAATAGCGAAAACAAATATAGGAGCGCACAAATTTATTACGGTCGCCGTCTCTCTTTCTCTCTCTACTAGCGCCTTTTTCTTTCTATCTCTGCGTTTCCCCCCTTCTGTAGAGCTCTTCGATCCCGCTCGATCGATGAATGCAGTTTTTTGCTGCATAGGTCGCGTGAACTTTTATAGAGAAAGGACTTAAAGACATGAGTT...
XM_057947664.1
TCCAGCTAGCAGGCCAATATTTCAGTGAATCGGAGAAACGCGGAAGTAAAAAAAAGAAATAGCGAAAACAAATATAGGAGCGCACAAATTTATTACGGTCGCCGTCTCTCTTTCTCTCTCTACTAGCGCCTTTTTCTTTCTATCTCTGCGTTTCCCCCCTTCTGTAGAGCTCTTCGATCCCGCTCGATCGATGAATGCAGTTTTTTGCTGCATAGGTCGCGTGAACTTTTATAGAGAAAGGACTTAAAGACATGAGTTAT...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC131018971
ATGGATGGAAGCTCAAGATTTGAGTTGATGTCAGCCAGTCCAGATACTAATTTTGCTGGTAACTACCAGAGTAGTCAGAGGGGATACTCTTCTCCCTCTTTGGGTCGGTCTTCAAGTTTCAGAGAAGGTTCAGAAAGTAGGAATATTAGTTCTGGGAAGGCTAATTCTAGGGGTAGTGCTATTTCACCGGGAGATGTGCCCTCATTATCTCAATGCCTAATCTTGGAGCCAATTGTTATGGGTGATCCAAGACATGCTCG...
LOC131018971
ATGGATGGAAGCTCAAGATTTGAGTTGATGTCAGCCAGTCCAGATACTAATTTTGCTGGTAACTACCAGAGTAGTCAGAGGGGATACTCTTCTCCCTCTTTGGGTCGGTCTTCAAGTTTCAGAGAAGGTTCAGAAAGTAGGAATATTAGTTCTGGGAAGGCTAATTCTAGGGGTAGTGCTATTTCACCGGGAGATGTGCCCTCATTATCTCAATGCCTAATCTTGGAGCCAATTGTTATGGGTGATCCAAGACATGCTCG...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057803641.1
MDGSSRFELMSASPDTNFAGNYQSSQRGYSSPSLGRSSSFREGSESRNISSGKANSRGSAISPGDVPSLSQCLILEPIVMGDPRHARFGELRRVLANSVGSNSEENTFGSAHLKNSPPAAVEELKRLRASVADTCVKASGRAKKFDEHLSKLNKYVEALPSKKPQQLRNELLTNERSSGATLKISQIHRNSSELGSQKFDDRSKNVGLSKRSRTSTTEPRAECRNNAVLRQPMTVTKERDILKDNNADSDMVEEKTRRLP...
XP_057803647.1
MDGSSRFELMSASPDTNFAGNYQSSQRGYSSPSLGRSSSFREGSESRNISSGKANSRGSAISPGDVPSLSQCLILEPIVMGDPRHARFGELRRVLANSVGSNSEENTFGSAHLKNSPPAAVEELKRLRASVADTCVKASGRAKKFDEHLSKLNKYVEALPSKKPQQLRNELLTNERSSGATLKISQIHRNSSELGSQKFDDRSKNVGLSKRSRTSTTEPRAECRNNAVLRQPMTVTKERDILKDNNADSDMVEEKTRRLP...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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