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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G001612`

染色体: Chr01 坐标: 30256853-30259134 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G001612`
名称	SmilChr01G001612
描述	ferredoxin-like
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	30256853 - 30259134 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131019426`
GeneID	`131019426`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131019426`
原始查询	`SmilChr01G001612`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	ferredoxin-like
产物	ferredoxin-like
Arabidopsis	`AT2G27510` (FD3) ferredoxin 3 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817297] identity=53.9; qcov=1.06; evalue=9.46e-53; confidence=high
Rice	`Os01g0860601` - identity=78.6; qcov=0.71; evalue=3.44e-56; confidence=high
GO	GO:0009055 (electron transfer activity); GO:0009536 (plastid); GO:0022900 (electron transport chain); GO:0051537 (2 iron, 2 sulfur cluster binding)
KEGG	smil00195 (Photosynthesis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF00111 (Fer2)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131019426

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Chloroplast	叶绿体	1.00000	`XP_057803953.1`
2	Chloroplast stroma	叶绿体基质	0.60000	`XP_057803953.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057803953.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057803953.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057803953.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:30256996`	`C`	`CA`	1bp_insertion	frameshift_variant	9	B140,B22,B24,B82,C25,C3,C51,C82,C85
`Chr1:30257017`	`CTT`	`C`	2bp_deletion	frameshift_variant	8	A16,A4,B115,B127,B20,B31,C33,C46
`Chr1:30257076`	`T`	`TC`	1bp_insertion	frameshift_variant	104	A10,A14,A19,A22,A23,A3,A6,A8,A9,B100,B101,B104,B105,B107,B111,B117,B119,B120,B121,B128,B129,B13,B133,B134,B135,B136,B139,B140,B15,B18,B19,B21,B22,B23,B27,B31,B32,B34,B39,B4,B40,B41,B45,B5,B52,B53,B54,B57,B59,B60,B61,B62,B68,B72,B73,B75,B77,B79,B80,B82,B83,B84,B90,B92,B93,B94,B98,C11,C18,C22,C25,C26,C27,C28,C3,C33,C36,C38,C4,C40,C44,C49,C55,C57,C58,C59,C62,C63,C69,C70,C72,C75,C76,C77,C79,C80,C82,C83,C84,C86,D10,D11,D5,D7
`Chr1:30257078`	`C`	`CT`	1bp_insertion	frameshift_variant	20	A3,A9,B110,B119,B124,B138,B34,B74,B76,B89,B94,C13,C22,C26,C28,C29,C51,C57,C7,C70
`Chr1:30258607`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B104,B68,C10,C79,C83
`Chr1:30258626`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	C16,C19,C86
`Chr1:30258639`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B100,B47,D7
`Chr1:30258645`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr1:30258669`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	C16,C19,C86
`Chr1:30258673`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B136,C11,C69,D11
`Chr1:30258677`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A1,B3,C15,C80
`Chr1:30258705`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B68,B72,C10,C79,C83

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057803953.1

184 aa

184

Fer2

PF00111 Fer2 97-170 aa

XP_057803962.1

145 aa

145

Fer2

PF00111 Fer2 58-131 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057803953.1`	Pfam	`PF00111`	Fer2	Domain	97	170	2.2e-23	82.7	2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain
`XP_057803962.1`	Pfam	`PF00111`	Fer2	Domain	58	131	1.3e-23	83.5	2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA

XM_057947970.1
ATTCAAGGAAGATTCTATACATTTCTAAATTATTACAAATGGACGTCTCCCAACTGTGAGGAGATGTTAGCCTTCTAACTGGGATGGGACCCACACCTCATCCCTCTCTCATGATCTTGCCACCGCAGTATAAATGCATCACACCTTATGCTTACATTTAATCTCTTCACTTTCTACATTCTATTTTAAATTACGCTTCTTTTCCTCTCTAGGAGCTGCTTCATCCCTCTTGCTGTCTAGAGGTGCTAAAATGTCGACCA...

XM_057947979.1
AATCTCTTCACTTTCTACATTCTATTTTAAATTACGCTTCTTTTCCTCTCTAGGAGCTGCTTCATCCCTCTTGCTGTCTAGAGGTCTCTCTCTCTCTCTCTCTGTTATTATTTTGGGAATGAGTAAATGGTTTCTACGAAATTGCCTGCAGCACTACGATTCAGCTGAGTTTGAGCTAAGCCCCCTGGTTAGCTGAGTTGTGCACTAATCCCGTTTATGTGATGTACTTGTTGTTCCTCGCCTTTGTTTTCATAAATTGT...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA

LOC131019426
ATGCATCACACCTTATGCTTACATTTAATCTCTTCACTTTCTACATTCTATTTTAAATTACGCTTCTTTTCCTCTCTAGGAGCTGCTTCATCCCTCTTGCTGTCTAGAGGTGCTAAAATGTCGACCATCACCATTCCTTCACCTTCCCTACTCATCAAATCACCATCGCCAAAACGCCAAAACTCTGCCTCATTAGGCTCCGTGAAGGGCGTTTCAAGCGCCTTTGGCCTGAAGCCGCGGCCTTCTTTCAGAGCCCGTGC...

LOC131019426
ATGTCGACCATCACCATTCCTTCACCTTCCCTACTCATCAAATCACCATCGCCAAAACGCCAAAACTCTGCCTCATTAGGCTCCGTGAAGGGCGTTTCAAGCGCCTTTGGCCTGAAGCCGCGGCCTTCTTTCAGAGCCCGTGCAATGGCCGTGTACAAAGTGAAGCTAATAACGCCCGAAGGCGAGCAGGAAATCGAGGCCCCCGATGACCAATACCTTCTCGATGCTGCAGAGGGAGCAGGCATTGAGTTGCCTTACTC...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA

XP_057803953.1
MHHTLCLHLISSLSTFYFKLRFFSSLGAASSLLLSRGAKMSTITIPSPSLLIKSPSPKRQNSASLGSVKGVSSAFGLKPRPSFRARAMAVYKVKLITPEGEQEIEAPDDQYLLDAAEGAGIELPYSCRAGSCSTCAGKLASGSVDQSEGSFLSDEQMEEGYVLTCVSYPKSDCVVYTHKEEDVH

XP_057803962.1
MSTITIPSPSLLIKSPSPKRQNSASLGSVKGVSSAFGLKPRPSFRARAMAVYKVKLITPEGEQEIEAPDDQYLLDAAEGAGIELPYSCRAGSCSTCAGKLASGSVDQSEGSFLSDEQMEEGYVLTCVSYPKSDCVVYTHKEEDVH

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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