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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G001614

染色体: Chr01 坐标: 30274491-30275147 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G001614
名称SmilChr01G001614
描述uncharacterized SmilChr01G001614
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向30274491 - 30275147 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131006070
GeneID131006070
locus_tag-
NCBI NameLOC131006070
原始查询SmilChr01G001614

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os11g0303800; species=rice; confidence=low
产物hit=Os11g0303800; species=rice; confidence=low
ArabidopsisAT5G41220 (GSTT3)
glutathione S-transferase THETA 3 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834124]
identity=25.3; qcov=0.706; evalue=1.83e-10; confidence=low
RiceOs11g0303800
-
identity=26.2; qcov=0.771; evalue=4.93e-13; confidence=low
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131006070

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057789198.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057789198.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057789198.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057789198.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057789198.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:30274521 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 8 A13,B109,B138,C24,C59,C6,C67,D4
Chr1:30274602 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B124,B131,C24
Chr1:30274606 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A15,B89
Chr1:30274607 CA C 1bp_deletion frameshift_variant 1 B68
Chr1:30274607 CA C 1bp_deletion CDS_variant 1 B68
Chr1:30274611 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C33
Chr1:30274612 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B131,C24
Chr1:30274618 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A19,C22,C47,D3
Chr1:30274619 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C26,C45
Chr1:30274622 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B120,B92
Chr1:30274624 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C69
Chr1:30274629 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B54,C50,C51,D5

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057933215.1
ATGGATCGCGAATTCAATGAATACCTCGAGCAACAAGGCAGCGGTTCGAGGCTTTCGATGATGGGGTTTGCTATATTTTCGCAAGCCTCCAATGTCTTGGCTACGGGAAATCTTCCCACGCCGGCGGCGCACGCCAACGTCCAAGAAGAGCCGGAGGCGGCGAGGCCGAAAGCCAAGGGCACCCGCGCTTCATATTCTAGCGAGGAGTTCGAGCTCGTGGCAATCTTTTGGGCGGAGGCAACCCACAATCCAATTTTGAG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131006070
ATGGATCGCGAATTCAATGAATACCTCGAGCAACAAGGCAGCGGTTCGAGGCTTTCGATGATGGGGTTTGCTATATTTTCGCAAGCCTCCAATGTCTTGGCTACGGGAAATCTTCCCACGCCGGCGGCGCACGCCAACGTCCAAGAAGAGCCGGAGGCGGCGAGGCCGAAAGCCAAGGGCACCCGCGCTTCATATTCTAGCGAGGAGTTCGAGCTCGTGGCAATCTTTTGGGCGGAGGCAACCCACAATCCAATTTTGAG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057789198.1
MDREFNEYLEQQGSGSRLSMMGFAIFSQASNVLATGNLPTPAAHANVQEEPEAARPKAKGTRASYSSEEFELVAIFWAEATHNPILRTSQRLLQYWGAIAEKFNALNESRAPTRKPEHLKSHFARVQKEMKFFEGFYNTCKENWGSGMSDDQITQQAQTMFEANFKKQFSYIKAWKVLRVCEKFMSQAGDVHSAKKSKGSDGGATTTSSEPSVTTSCV

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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