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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G001642

染色体: Chr01 坐标: 30457814-30464973 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G001642
名称SmilChr01G001642
描述transcription factor TFIIIB component B''
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向30457814 - 30464973 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131019554
GeneID131019554
locus_tag-
NCBI NameLOC131019554
原始查询SmilChr01G001642

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述transcription factor TFIIIB component B''
产物transcription factor TFIIIB component B''
ArabidopsisAT4G39160 (AT4G39160)
Homeodomain-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830071]
identity=34.3; qcov=0.402; evalue=2.8e-37; confidence=low
Rice-
-
GOGO:0000126 (transcription factor TFIIIB complex); GO:0001156 (TFIIIC-class transcription factor complex binding); GO:0070898 (RNA polymerase III preinitiation complex assembly)
KEGG-
PfamPF00249 (Myb_DNA-binding); PF13921 (Myb_DNA-bind_6); PF15963 (Myb_DNA-bind_7)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131019554

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057804110.1
2 Nucleoplasm 核质 0.80000 XP_057804110.1
3 Nuclear body 核内小体 0.20000 XP_057804110.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057804110.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057804110.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:30459199 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B139
Chr1:30459382 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C10,C79
Chr1:30459408 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B4,D5
Chr1:30459451 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A19,B53,C4,C82
Chr1:30459824 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr1:30459873 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B100,B47,D7
Chr1:30459903 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A16
Chr1:30459978 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A19,B53,C4,C82
Chr1:30460611 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 C71,C77,D3
Chr1:30460649 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C71
Chr1:30460818 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B28,C39
Chr1:30460952 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057804110.1
682 aa
N
1
341
682
Myb_DNA-bind_7
Myb_DNA-binding
Myb_DNA-bind_6
C
PF15963 Myb_DNA-bind_7 519-599 aa PF00249 Myb_DNA-binding 523-566 aa PF13921 Myb_DNA-bind_6 526-566 aa
XP_057804119.1
682 aa
N
1
341
682
Myb_DNA-bind_7
Myb_DNA-binding
Myb_DNA-bind_6
C
PF15963 Myb_DNA-bind_7 519-599 aa PF00249 Myb_DNA-binding 523-566 aa PF13921 Myb_DNA-bind_6 526-566 aa
XP_057804125.1
682 aa
N
1
341
682
Myb_DNA-bind_7
Myb_DNA-binding
Myb_DNA-bind_6
C
PF15963 Myb_DNA-bind_7 519-599 aa PF00249 Myb_DNA-binding 523-566 aa PF13921 Myb_DNA-bind_6 526-566 aa
XP_057804130.1
682 aa
N
1
341
682
Myb_DNA-bind_7
Myb_DNA-binding
Myb_DNA-bind_6
C
PF15963 Myb_DNA-bind_7 519-599 aa PF00249 Myb_DNA-binding 523-566 aa PF13921 Myb_DNA-bind_6 526-566 aa
XP_057804134.1
681 aa
N
1
340
681
Myb_DNA-bind_7
Myb_DNA-binding
Myb_DNA-bind_6
C
PF15963 Myb_DNA-bind_7 518-598 aa PF00249 Myb_DNA-binding 522-565 aa PF13921 Myb_DNA-bind_6 525-565 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057804110.1 Pfam PF15963 Myb_DNA-bind_7 Domain 519 599 4.6e-26 91.2 Myb DNA-binding like
XP_057804110.1 Pfam PF00249 Myb_DNA-binding Domain 523 566 2.5e-12 47.4 Myb-like DNA-binding domain
XP_057804110.1 Pfam PF13921 Myb_DNA-bind_6 Domain 526 566 2.9e-05 24.9 Myb-like DNA-binding domain
XP_057804119.1 Pfam PF15963 Myb_DNA-bind_7 Domain 519 599 4.6e-26 91.2 Myb DNA-binding like
XP_057804119.1 Pfam PF00249 Myb_DNA-binding Domain 523 566 2.5e-12 47.4 Myb-like DNA-binding domain
XP_057804119.1 Pfam PF13921 Myb_DNA-bind_6 Domain 526 566 2.9e-05 24.9 Myb-like DNA-binding domain
XP_057804125.1 Pfam PF15963 Myb_DNA-bind_7 Domain 519 599 4.6e-26 91.2 Myb DNA-binding like
XP_057804125.1 Pfam PF00249 Myb_DNA-binding Domain 523 566 2.5e-12 47.4 Myb-like DNA-binding domain
XP_057804125.1 Pfam PF13921 Myb_DNA-bind_6 Domain 526 566 2.9e-05 24.9 Myb-like DNA-binding domain
XP_057804130.1 Pfam PF15963 Myb_DNA-bind_7 Domain 519 599 4.6e-26 91.2 Myb DNA-binding like
XP_057804130.1 Pfam PF00249 Myb_DNA-binding Domain 523 566 2.5e-12 47.4 Myb-like DNA-binding domain
XP_057804130.1 Pfam PF13921 Myb_DNA-bind_6 Domain 526 566 2.9e-05 24.9 Myb-like DNA-binding domain
XP_057804134.1 Pfam PF15963 Myb_DNA-bind_7 Domain 518 598 4.6e-26 91.2 Myb DNA-binding like
XP_057804134.1 Pfam PF00249 Myb_DNA-binding Domain 522 565 2.5e-12 47.4 Myb-like DNA-binding domain
XP_057804134.1 Pfam PF13921 Myb_DNA-bind_6 Domain 525 565 3e-05 24.8 Myb-like DNA-binding domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

5 records

下载 cDNA FASTA
XM_057948151.1
AATTTATCAACCCAATAAAATCTTTTTCTTTTTCTTTTTCATTTTTCCCTTTTCTTTTCTTTTGTATCCTGTATCTCTCGATTCCACTCTCTCACGCACCGGTTCTCGCCCTTCCTAAGATCCGGCGTCTCTTCGCCGTCGACCACCACGACGACCACCCTCATCTCTCTATCCAATTTCTCTCTCTCAAAACCCCCGCTCCGTCCCAGCTCTGCAAGCAGCAGTGCGCGACTGCGCCGCGCCACCGCCCTCGCCTAGCC...
XM_057948142.1
TTTTTCCCTTTTCTTTTCTTTTGTATCCTGTATCTCTCGATTCCACTCTCTCACGCACCGGTTCTCGCCCTTCCTAAGATCCGGCGTCTCTTCGCCGTCGACCACCACGACGACCACCCTCATCTCTCTATCCAATTTCTCTCTCTCAAAACCCCCGCTCCGTCCCAGCTCTGCAAGCAGCAGTGCGCGACTGCGCCGCGCCACCGCCCTCGCCTAGCCTTCCCTGTCGCCCCGCCCCCGCCTCCTTCGGCCTCGGCGTC...

CDS

5 records

下载 CDS FASTA
LOC131019554
ATGGCTGATGATTTCGATCCATTTGATGATATATTTGGTGATGAACCAGTGAAGAATGCAGCTAGGGTAGTAGGAAAGTTTCGTCCCAAGCCAAAGTTCCAACCACAGAGGAAGGTCTCAGCAAAAAGTTCAGTTGCTACCTCACTGTCAGTCCAAACTGTTCATTCTGCACCGCTTGACTCAAGTGAACCTATCCACACTGTGAAGCCGTTGGAGCAATGTTCGAATGTTCTGCCTACTGACAATGCAAAACGGGCAGG...
LOC131019554
ATGGCTGATGATTTCGATCCATTTGATGATATATTTGGTGATGAACCAGTGAAGAATGCAGCTAGGGTAGTAGGAAAGTTTCGTCCCAAGCCAAAGTTCCAACCACAGAGGAAGGTCTCAGCAAAAAGTTCAGTTGCTACCTCACTGTCAGTCCAAACTGTTCATTCTGCACCGCTTGACTCAAGTGAACCTATCCACACTGTGAAGCCGTTGGAGCAATGTTCGAATGTTCTGCCTACTGACAATGCAAAACGGGCAGG...

Protein

5 records

下载 Protein FASTA
XP_057804110.1
MADDFDPFDDIFGDEPVKNAARVVGKFRPKPKFQPQRKVSAKSSVATSLSVQTVHSAPLDSSEPIHTVKPLEQCSNVLPTDNAKRAGQTIDSAPRELSQPIMNAELLEHGSDAVPNDKSDSTNTCKVADVTKDSDVAAEVDALAAGERIVSSADVHDDIDGRGVIEGMDSINMTELTTKSEQGTGKFQPGPNLQMQKNMYEPSNSTSYSLDFQAGSLQPDSAENNFIPTSQNDDAVDLSSPGFTHTLPTESTSELPLDEE...
XP_057804119.1
MADDFDPFDDIFGDEPVKNAARVVGKFRPKPKFQPQRKVSAKSSVATSLSVQTVHSAPLDSSEPIHTVKPLEQCSNVLPTDNAKRAGQTIDSAPRELSQPIMNAELLEHGSDAVPNDKSDSTNTCKVADVTKDSDVAAEVDALAAGERIVSSADVHDDIDGRGVIEGMDSINMTELTTKSEQGTGKFQPGPNLQMQKNMYEPSNSTSYSLDFQAGSLQPDSAENNFIPTSQNDDAVDLSSPGFTHTLPTESTSELPLDEE...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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