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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G001653

染色体: Chr01 坐标: 30587450-30600951 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G001653
名称SmilChr01G001653
描述uncharacterized SmilChr01G001653
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向30587450 - 30600951 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131019679
GeneID131019679
locus_tag-
NCBI NameLOC131019679
原始查询SmilChr01G001653

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述DNA mismatch repair protein MutS, type 2 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835495]; symbol=AT5G54090; hit=AT5G54090; species=arabidopsis; confidence=high
产物DNA mismatch repair protein MutS, type 2 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835495]; symbol=AT5G54090; hit=AT5G54090; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT5G54090 (AT5G54090)
DNA mismatch repair protein MutS, type 2 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835495]
identity=50.8; qcov=0.939; evalue=0; confidence=high
RiceOs10g0509000
-
identity=50.5; qcov=0.65; evalue=6.48e-173; confidence=high
GOGO:0004519 (endonuclease activity); GO:0005524 (ATP binding); GO:0006298 (mismatch repair); GO:0016887 (ATP hydrolysis activity); GO:0030983 (mismatched DNA binding); GO:0045910 (negative regulation of DNA recombination); GO:0140664 (ATP-dependent DNA damage sensor activity)
KEGG-
PfamPF00488 (MutS_V); PF20297 (MSSS)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131019679

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Chloroplast 叶绿体 1.00000 XP_057804253.1
2 Chloroplast stroma 叶绿体基质 1.00000 XP_057804253.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057804253.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057804253.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057804253.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:30587535 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr1:30587561 CGG C 2bp_deletion frameshift_variant 79 A1,A10,A11,A20,A22,A24,A5,A6,A7,A8,B102,B103,B12,B121,B122,B125,B128,B13,B134,B137,B138,B16,B17,B18,B19,B23,B24,B26,B27,B29,B3,B33,B35,B41,B47,B52,B56,B6,B61,B65,B76,B78,B79,B8,B89,B9,C10,C11,C12,C15,C16,C19,C20,C21,C23,C24,C25,C27,C35,C39,C4,C44,C5,C50,C55,C56,C59,C64,C66,C67,C69,C73,C79,C81,C86,C9,D1,D2,D8
Chr1:30587612 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B30,D10
Chr1:30587668 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C35
Chr1:30587753 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B46,C1
Chr1:30587792 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B4
Chr1:30594600 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B30,D10
Chr1:30594809 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr1:30595335 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B30,D10
Chr1:30595352 ACT A 2bp_deletion frameshift_variant 4 B13,B37,B39,C20
Chr1:30595352 ACT A 2bp_deletion CDS_variant 4 B13,B37,B39,C20
Chr1:30596150 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B13,D11

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057804253.1
857 aa
N
1
428
857
MutS_V
MSSS
C
PF00488 MutS_V 487-668 aa PF20297 MSSS 813-854 aa
XP_057804258.1
835 aa
N
1
418
835
MutS_V
MSSS
C
PF00488 MutS_V 465-646 aa PF20297 MSSS 791-832 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057804253.1 Pfam PF00488 MutS_V Domain 487 668 1.7e-31 110.4 MutS domain V
XP_057804253.1 Pfam PF20297 MSSS Domain 813 854 7.4e-13 48.6 MutS2 and Smr-associated SH3 domain
XP_057804258.1 Pfam PF00488 MutS_V Domain 465 646 1.6e-31 110.5 MutS domain V
XP_057804258.1 Pfam PF20297 MSSS Domain 791 832 7e-13 48.7 MutS2 and Smr-associated SH3 domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA
XR_009100383.1
ATTTCCCTCCATCTTCACATGCACCATGCCTCCACTCCCACTTCTGCACAACTTCTACCGCTCTCCATTTCGCGCCACACCTTTCGGAATCTCCACCGCCGCCGCCGCCGGCGGCGGCGGCGCAATCACCACCGCCGCGACTGCTAAATTTATTCAATTTCAGCTCAGGATAACTCCTCTTAATCTCCGCGGCAAAGCTTTAGTAGCAGCGGCTGCTTCCGGAGATAGCAGCGTGAACGGCGACCATCCGTCTATAGTTC...
XM_057948270.1
ATTTCCCTCCATCTTCACATGCACCATGCCTCCACTCCCACTTCTGCACAACTTCTACCGCTCTCCATTTCGCGCCACACCTTTCGGAATCTCCACCGCCGCCGCCGCCGGCGGCGGCGGCGCAATCACCACCGCCGCGACTGCTAAATTTATTCAATTTCAGCTCAGGATAACTCCTCTTAATCTCCGCGGCAAAGCTTTAGTAGCAGCGGCTGCTTCCGGAGATAGCAGCGTGAACGGCGACCATCCGTCTATAGTTC...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC131019679
ATGCCTCCACTCCCACTTCTGCACAACTTCTACCGCTCTCCATTTCGCGCCACACCTTTCGGAATCTCCACCGCCGCCGCCGCCGGCGGCGGCGGCGCAATCACCACCGCCGCGACTGCTAAATTTATTCAATTTCAGCTCAGGATAACTCCTCTTAATCTCCGCGGCAAAGCTTTAGTAGCAGCGGCTGCTTCCGGAGATAGCAGCGTGAACGGCGACCATCCGTCTATAGTTCTGGACAGCCTCAGACTTCTGCAGTG...
LOC131019679
ATGCCTCCACTCCCACTTCTGCACAACTTCTACCGCTCTCCATTTCGCGCCACACCTTTCGGAATCTCCACCGCCGCCGCCGCCGGCGGCGGCGGCGCAATCACCACCGCCGCGACTGCTAAATTTATTCAATTTCAGCTCAGGATAACTCCTCTTAATCTCCGCGGCAAAGCTTTAGTAGCAGCGGCTGCTTCCGGAGATAGCAGCGTGAACGGCGACCATCCGTCTATAGTTCTGGACAGCCTCAGACTTCTGCAGTG...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057804253.1
MPPLPLLHNFYRSPFRATPFGISTAAAAGGGGAITTAATAKFIQFQLRITPLNLRGKALVAAAASGDSSVNGDHPSIVLDSLRLLQWDQLCDCVASFAGTTLGKQATKEQLWNLNKSYERSIRLLDETKAAVEMHKYGAMTDFNGIDVALVETGIKCVRRGLPVSGSEAIALVVLLRLAETLQFNVIAAIKEDSDWFMRFMPLSELIVELVISQSLIKFIEQLVDEDGSVKDSASSNLRHSRDRVRLLERKLYLLMESVI...
XP_057804258.1
MPPLPLLHNFYRSPFRATPFGISTAAAAGGGGAITTAATAKFIQFQLRITPLNLRGKALVAAAASGDSSVNGDHPSIVLDSLRLLQWDQLCDCVASFAGTTLGKQATKEQLWNLNKSYERSIRLLDETKAAVEMHKYGAMTDFNGIDVALVETGIKCVRRGLPVSGSEAIALVVLLRLAETLQFNVIAAIKEDSDWFMRFMPLSELIVELVISQSLIKFIEQLVDEDGSVKDSASSNLRHSRDRVRLLERKLYLLMESVI...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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