Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G001655`

染色体: Chr01 坐标: 30608354-30613727 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G001655`
名称	SmilChr01G001655
描述	uncharacterized SmilChr01G001655
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	30608354 - 30613727 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131019716`
GeneID	`131019716`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131019716`
原始查询	`SmilChr01G001655`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=Os10g0509000; species=rice; confidence=weak
产物	hit=Os10g0509000; species=rice; confidence=weak
Arabidopsis	`AT5G54090` (AT5G54090) DNA mismatch repair protein MutS, type 2 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835495] identity=68.6; qcov=0.297; evalue=7.06e-08; confidence=weak
Rice	`Os10g0509000` - identity=68.6; qcov=0.297; evalue=4.81e-08; confidence=weak
GO	-
KEGG	-
Pfam	-
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131019716

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Chloroplast	叶绿体	0.60000	`XP_057804292.1`
2	Nucleus	细胞核	0.40000	`XP_057804292.1`
3	Cytoplasm	细胞质	0.20000	`XP_057804292.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057804292.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057804292.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:30608651`	`A`	`AC`	1bp_insertion	frameshift_variant	2	B114,D11
`Chr1:30608651`	`A`	`AC`	1bp_insertion	CDS_variant	2	B114,D11
`Chr1:30608679`	`T`	`TG`	1bp_insertion	frameshift_variant	1	B114
`Chr1:30608679`	`T`	`TG`	1bp_insertion	CDS_variant	1	B114
`Chr1:30608711`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B40
`Chr1:30608726`	`AC`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	4	A11,C60,D4,D9
`Chr1:30608726`	`AC`	`A`	1bp_deletion	CDS_variant	4	A11,C60,D4,D9
`Chr1:30609284`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	23	A1,A23,A7,B101,B11,B119,B124,B130,B67,B69,B72,B91,B98,C12,C14,C29,C3,C41,C42,C48,C57,C61,C75

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中，此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA

XR_009100394.1
TCAATGTAGTCGGAATCGCGCCAAAAAGTTAGTGCAACGATGTCAACTTGCAGACGCAATTTCGACCACCGGTGGTCCAATGACGATGGGCTACCTATCGTTGAAAATCTCATTTAATGTAAAATACATTAATTATAATCTGATTTCATGACAATCGGTCATCGTTTCATATGTAATTTCGATAAAAAAGAGCTAATATCATAATTTTGGTGTGATTGTGGCTATAATTAAACATTTTCTCAAACATTTCCCTCAATTTA...

XM_057948309.1
TCAATGTAGTCGGAATCGCGCCAAAAAGTTAGTGCAACGATGTCAACTTGCAGACGCAATTTCGACCACCGGTGGTCCAATGACGATGGGCTACCTATCGTTGAAAATCTCATTTAATGTAAAATACATTAATTATAATCTGATTTCATGACAATCGGTCATCGTTTCATATGTAATTTCGATAAAAAAGAGCTAATATCATAATTTTGGTGTGATTGTGGCTATAATTAAACATTTTCTCAAACATTTCCCTCAATTTA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131019716
ATGCCTCCACTTCCACTTCTTCACAACTTCCACCGCGATCCTTTTCGCGCCGCAGCTATCGGAATCTCCACCGACACCATCACGACTGCTAAATTTATTCAATTTCAGTTCAGCTCTCCTCTCAATTTCCGCGGCAAAGCTTTGATAGCAACGGCTGTTTCCGGACGCGTGAACGGCGATCATCCGTCTACAGTTGCATTTTCGTTGATGCAGGACAAATCCTCTCTGGAGGGAGCTGCCTCGGTAATGTCACTGCTGGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057804292.1
MPPLPLLHNFHRDPFRAAAIGISTDTITTAKFIQFQFSSPLNFRGKALIATAVSGRVNGDHPSTVAFSLMQDKSSLEGAASVMSLLESFSDSGSLLTISSTHLGELKNLKCRYSDRKI

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器