Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G001671

染色体: Chr01 坐标: 30819665-30820468 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G001671
名称SmilChr01G001671
描述uncharacterized SmilChr01G001671
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向30819665 - 30820468 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131006169
GeneID131006169
locus_tag-
NCBI NameLOC131006169
原始查询SmilChr01G001671

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os08g0225900; species=rice; confidence=low
产物hit=Os08g0225900; species=rice; confidence=low
ArabidopsisAT5G41220 (GSTT3)
glutathione S-transferase THETA 3 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834124]
identity=30.3; qcov=0.693; evalue=3.96e-14; confidence=low
RiceOs08g0225900
-
identity=30.6; qcov=1.1; evalue=6.84e-26; confidence=low
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131006169

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057789331.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057789331.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057789331.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057789331.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057789331.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:30819677 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 2 B103,C1
Chr1:30819677 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B103,C1
Chr1:30819701 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 7 B123,B64,B71,C47,C60,C86,D11
Chr1:30819707 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A16,C10,C14,C5,C55
Chr1:30819726 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C24
Chr1:30819737 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B89
Chr1:30819740 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B132,D6
Chr1:30819746 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 88 A11,A18,A21,A3,A5,A6,A9,B103,B104,B110,B12,B120,B124,B130,B134,B136,B16,B18,B2,B21,B24,B29,B31,B34,B35,B37,B40,B41,B44,B5,B51,B52,B53,B55,B63,B69,B72,B73,B74,B75,B76,B83,B85,B86,B87,B91,B92,B93,B94,B95,C1,C10,C11,C12,C16,C18,C2,C21,C22,C24,C28,C29,C33,C35,C36,C39,C44,C46,C52,C55,C56,C59,C63,C64,C67,C69,C7,C70,C72,C75,C79,C80,C82,C83,D1,D2,D6,D8
Chr1:30819757 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr1:30819774 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B99
Chr1:30819803 CTG C 2bp_deletion frameshift_variant 124 A11,A16,A18,A21,A24,A3,A5,A6,A9,B100,B101,B103,B104,B106,B110,B113,B12,B120,B124,B127,B130,B131,B134,B135,B136,B139,B16,B18,B19,B2,B21,B24,B27,B29,B3,B31,B34,B35,B37,B40,B41,B44,B5,B51,B53,B55,B56,B59,B63,B65,B68,B72,B73,B74,B75,B76,B77,B80,B81,B83,B84,B85,B87,B90,B91,B92,B93,B94,B95,C1,C10,C11,C12,C13,C14,C16,C18,C19,C2,C20,C21,C22,C24,C28,C29,C32,C33,C35,C36,C37,C39,C4,C44,C46,C48,C52,C53,C55,C56,C59,C62,C63,C64,C65,C69,C7,C70,C71,C72,C74,C75,C79,C80,C82,C83,C84,C85,C86,D1,D11,D2,D3,D6,D8
Chr1:30819806 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 4 B103,B115,C1,C45

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057933348.1
ATGTCTAATCCTCAAGTATATCCCAATCCCATTAGTCAATCAGCCCCTTCATTTCAATTTTCATCCCAAGGGCATCCGTCTCAAGGGTTTCAGCCATACGGATATCCCCCGCAATGGTATCCCCCTCCAGGATTTTCCCTGCAAGGATATCCTTCGCAGGGGTATATGTTCTCTGAGTCCTCTAGGAGGACAAGTGTAGATGGGAGTTGTACTGATGGAGGCACACCATCTTCAAGAAGGGCAGTTCAAGGTTTGGAGAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131006169
ATGTCTAATCCTCAAGTATATCCCAATCCCATTAGTCAATCAGCCCCTTCATTTCAATTTTCATCCCAAGGGCATCCGTCTCAAGGGTTTCAGCCATACGGATATCCCCCGCAATGGTATCCCCCTCCAGGATTTTCCCTGCAAGGATATCCTTCGCAGGGGTATATGTTCTCTGAGTCCTCTAGGAGGACAAGTGTAGATGGGAGTTGTACTGATGGAGGCACACCATCTTCAAGAAGGGCAGTTCAAGGTTTGGAGAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057789331.1
MSNPQVYPNPISQSAPSFQFSSQGHPSQGFQPYGYPPQWYPPPGFSLQGYPSQGYMFSESSRRTSVDGSCTDGGTPSSRRAVQGLENINLSIEPKSDDDEQNANKHRVFYSDAECEVLAQCWIDITINSVVENDQKLEKIWKRIAEAYNKNRPTNTPRREPTQLKAHFYKLQKHVKLFFECYKRIASIWRSGTNDADIIETTQTKYKQHHGTNGFKYVGVWRILSNVPKFVEVEGNVQASKRTKNTEEGAYTSSSTAEET...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器