当前解析结果
SmilChr01G001672| 统一新 Gene ID | SmilChr01G001672 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr01G001672 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr01G001672 |
| 染色体 / SeqID | Chr01 / NC_080387.1 |
| 坐标与链方向 | 30849307 - 30850327 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131019869 |
|---|---|
| GeneID | 131019869 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131019869 |
| 原始查询 | SmilChr01G001672 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | enabled-like protein (DUF1635) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832357]; symbol=AT5G22930; hit=AT5G22930; species=arabidopsis; confidence=medium |
| 产物 | enabled-like protein (DUF1635) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832357]; symbol=AT5G22930; hit=AT5G22930; species=arabidopsis; confidence=medium |
| Arabidopsis | AT5G22930 (AT5G22930)enabled-like protein (DUF1635) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832357] identity=44.7; qcov=0.849; evalue=5.7e-46; confidence=medium |
| Rice | Os05g0115100 (OJ1654_B10.11-2)- identity=34.9; qcov=0.741; evalue=7.16e-17; confidence=low |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF07795 (DUF1635) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131019869 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057804460.1 |
| 2 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.20000 | XP_057804460.1 |
| 3 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057804460.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057804460.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057804460.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr1:30849900 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A25,C83,D7 |
Chr1:30849933 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B10 |
Chr1:30850007 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B117,B138,C17,C46,D5 |
Chr1:30850038 |
G |
GC |
1bp_insertion | frameshift_variant | 1 | B55 |
Chr1:30850038 |
G |
GC |
1bp_insertion | CDS_variant | 1 | B55 |
Chr1:30850050 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B104 |
Chr1:30850072 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A6,B137,D1 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057804460.1PF07795
DUF1635 17-227 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057804460.1 |
Pfam | PF07795 |
DUF1635 | Family | 17 | 227 | 9e-56 | 190.0 | Protein of unknown function (DUF1635) |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。