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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G001690`

染色体: Chr01 坐标: 31115878-31119003 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G001690`
名称	SmilChr01G001690
描述	pheophorbide a oxygenase, chloroplastic
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	31115878 - 31119003 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131020025`
GeneID	`131020025`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131020025`
原始查询	`SmilChr01G001690`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	pheophorbide a oxygenase, chloroplastic
产物	pheophorbide a oxygenase%2C chloroplastic
Arabidopsis	`AT3G44880` (ACD1) Pheophorbide a oxygenase family protein with Rieske 2Fe-2S domain-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:823622] identity=69.6; qcov=1.01; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os03g0146400` (OsPAO) - identity=72.8; qcov=0.92; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0009534 (chloroplast thylakoid); GO:0010277 (chlorophyllide a oxygenase activity); GO:0032441 (pheophorbide a oxygenase activity); GO:0051537 (2 iron, 2 sulfur cluster binding)
KEGG	smil00860 (Porphyrin metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01110 (Biosynthesis of secondary metabolites - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF00355 (Rieske); PF08417 (PaO)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131020025

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Chloroplast	叶绿体	1.00000	`XP_057804637.1`
2	Chloroplast membrane	叶绿体膜	0.80000	`XP_057804637.1`
3	Chloroplast thylakoid	类囊体	0.80000	`XP_057804637.1`
4	Chloroplast thylakoid membrane	类囊体膜	0.20000	`XP_057804637.1`
5	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057804637.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:31116031`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B117,C13,D5
`Chr1:31116045`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B40,C46
`Chr1:31116066`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11
`Chr1:31116067`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C71
`Chr1:31116068`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B114,B95,C7
`Chr1:31116105`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B40,C46,D11
`Chr1:31116125`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11
`Chr1:31116127`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11
`Chr1:31116145`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C1
`Chr1:31116180`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C74
`Chr1:31116181`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B35
`Chr1:31116308`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C10,C79

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057804637.1

535 aa

268

535

Rieske

PaO

PF00355 Rieske 89-173 aa PF08417 PaO 298-393 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057804637.1`	Pfam	`PF00355`	Rieske	Domain	89	173	4.9e-24	84.8	Rieske [2Fe-2S] domain
`XP_057804637.1`	Pfam	`PF08417`	PaO	Family	298	393	1.3e-19	70.9	Pheophorbide a oxygenase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057948654.1
TGGTGATAAATTGAGCAAAATTTTCCAAGCAGTCAAACTTTCTCAGGCAATTAAACCAAAATTCAGTCTTTCAGATTATTACTTCTTTTTTTGTGGCCCAAATTTAGTTCTGCAAAAGAAGAAATTTAGAGTACAAAAATATCTGCCGTCACTGTTAAATCAGCAGCAAATTTTGCAGTTAATCCAGCACGAGTAATGGTAGATGATTCCAGAAAAAATACGTACAATTGCAGCCTTGCACGCAAAGATTTCTTCCAAGT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131020025
ATGGTGGTTGTTTCGCTAGCCGCATCTACACCGATATTCGCCTCGACTGCTAGTAGTCTGCCGCGAGATTCCTTTTGCACCCCCCGTGTTTGCGGAAATGCCTCACAGAAAAGGAGAAAAATTCTCAACAACCCGCTGCGTGTGGCTGCGCCGTCGTCTGCTCCCGGCGCCGCCGTTTCTGGAGAGGATCGAGAGAATGTAGACCCCGCGATCGAGATCGAAGATTCCGAAGACAATTCGTCTTCCAAGTTTTCCTGGAG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057804637.1
MVVVSLAASTPIFASTASSLPRDSFCTPRVCGNASQKRRKILNNPLRVAAPSSAPGAAVSGEDRENVDPAIEIEDSEDNSSSKFSWRDHWYPVSLVEDLDPRYPTPFQLLNRDLVLWFDNSASQWVAFDDRCPHRLAPLSEGRIDENGHLQCSYHGWSFDGCGSCSRIPQAASQGPEARAVKSPRACATRFPTMVSQGLLFVWPDEKGWERAQATTPPKLPDDFDKPEFSSVTIQRDLYYGYDTLMENVSDPSHIDFAHH...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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