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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G001730

染色体: Chr01 坐标: 31855926-31860250 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G001730
名称SmilChr01G001730
描述tRNA dimethylallyltransferase 2
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向31855926 - 31860250 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131020430
GeneID131020430
locus_tag-
NCBI NameLOC131020430
原始查询SmilChr01G001730

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述tRNA dimethylallyltransferase 2
产物tRNA dimethylallyltransferase 2
ArabidopsisAT2G27760 (IPT2)
tRNAisopentenyltransferase 2 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817322]
identity=58.1; qcov=0.886; evalue=8.25e-169; confidence=high
RiceOs01g0968700 (OsIPT9)
-
identity=52.3; qcov=0.94; evalue=2.15e-149; confidence=high
GOGO:0005739 (mitochondrion); GO:0006400 (tRNA modification); GO:0052381 (tRNA dimethylallyltransferase activity)
KEGGsmil00908 (Zeatin biosynthesis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01110 (Biosynthesis of secondary metabolites - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF01715 (IPPT); PF01745 (IPT)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131020430

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057805202.1
2 Mitochondrion 线粒体 0.60000 XP_057805210.1
3 Cytoplasm 细胞质 0.40000 XP_057805210.1
4 Peroxisome 过氧化物酶体 0.20000 XP_057805202.1
5 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057805202.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:31856532 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B66
Chr1:31856579 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C16
Chr1:31857393 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C17
Chr1:31857421 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C45
Chr1:31857888 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B117,C54
Chr1:31858331 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr1:31858398 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr1:31858492 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C48
Chr1:31859122 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A23,C71
Chr1:31859135 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A23,B100,B47,C71,D7
Chr1:31859309 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 1 B75
Chr1:31859309 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B75

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057805202.1
484 aa
N
1
242
484
IPT
IPPT
C
PF01745 IPT 25-68 aa PF01715 IPPT 59-348 aa
XP_057805210.1
482 aa
N
1
241
482
IPT
IPPT
C
PF01745 IPT 25-68 aa PF01715 IPPT 59-348 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057805202.1 Pfam PF01745 IPT Domain 25 68 2.3e-05 24.6 Isopentenyl transferase
XP_057805202.1 Pfam PF01715 IPPT Domain 59 348 7e-55 187.0 IPP transferase
XP_057805210.1 Pfam PF01745 IPT Domain 25 68 2.3e-05 24.6 Isopentenyl transferase
XP_057805210.1 Pfam PF01715 IPPT Domain 59 348 6.9e-55 187.1 IPP transferase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057949219.1
ATTTTACCCATCCTTCACTCACAATCTTATCAATTTATCGCCGGCGAATAGCCCTAGCGGCGGCGAGGCCGCGGCGCAATCGCGATAATGGAGGCTACAAGCCCGCCCGAAGAGAAATCATCTGGCCATAATCTGAACAAGGGCCCGAATACAAAGCACAAAATCGTGGTGATAATGGGCGCTACGGGATCAGGCAAATCCAAATTGGCTATAGACCTTGCTTCTCACTTCCCCATTGAAATTATCAGTGCCGATTCCAT...
XM_057949227.1
ATTTTACCCATCCTTCACTCACAATCTTATCAATTTATCGCCGGCGAATAGCCCTAGCGGCGGCGAGGCCGCGGCGCAATCGCGATAATGGAGGCTACAAGCCCGCCCGAAGAGAAATCATCTGGCCATAATCTGAACAAGGGCCCGAATACAAAGCACAAAATCGTGGTGATAATGGGCGCTACGGGATCAGGCAAATCCAAATTGGCTATAGACCTTGCTTCTCACTTCCCCATTGAAATTATCAGTGCCGATTCCAT...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC131020430
ATGGAGGCTACAAGCCCGCCCGAAGAGAAATCATCTGGCCATAATCTGAACAAGGGCCCGAATACAAAGCACAAAATCGTGGTGATAATGGGCGCTACGGGATCAGGCAAATCCAAATTGGCTATAGACCTTGCTTCTCACTTCCCCATTGAAATTATCAGTGCCGATTCCATGCAGGTTTATCAAGGGTTGGATGTTCTTACTAATAAAGTTCCTGCTCATGAGCAAAAAGGAGTTCCGCATCATCTGCTGGGGACAAT...
LOC131020430
ATGGAGGCTACAAGCCCGCCCGAAGAGAAATCATCTGGCCATAATCTGAACAAGGGCCCGAATACAAAGCACAAAATCGTGGTGATAATGGGCGCTACGGGATCAGGCAAATCCAAATTGGCTATAGACCTTGCTTCTCACTTCCCCATTGAAATTATCAGTGCCGATTCCATGCAGGTTTATCAAGGGTTGGATGTTCTTACTAATAAAGTTCCTGCTCATGAGCAAAAAGGAGTTCCGCATCATCTGCTGGGGACAAT...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057805202.1
MEATSPPEEKSSGHNLNKGPNTKHKIVVIMGATGSGKSKLAIDLASHFPIEIISADSMQVYQGLDVLTNKVPAHEQKGVPHHLLGTISPNVEFTAKDFRDSAIPLIDEIWSRNRLPVLVGGTNYYIQALVSRFLLDDHAEDLEANCLMDTHGDNERPDIELEPPGEDCLYTYSRLKDLDPVAANRIHPNDQRKIKQYLTVYSHLGVLPSKLFQGNTMQNWGQADNLRYDCCFICVDASLPAMDLYVNQRVDVMVSTGLLE...
XP_057805210.1
MEATSPPEEKSSGHNLNKGPNTKHKIVVIMGATGSGKSKLAIDLASHFPIEIISADSMQVYQGLDVLTNKVPAHEQKGVPHHLLGTISPNVEFTAKDFRDSAIPLIDEIWSRNRLPVLVGGTNYYIQALVSRFLLDDHAEDLEANCLMDTHGDNERPDIELEPPGEDCLYTYSRLKDLDPVAANRIHPNDQRKIKQYLTVYSHLGVLPSKLFQGNTMQNWGQADNLRYDCCFICVDASLPAMDLYVNQRVDVMVSTGLLE...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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