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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G001734

染色体: Chr01 坐标: 31947087-31947976 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G001734
名称SmilChr01G001734
描述ethylene-responsive transcription factor ERF024-like
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向31947087 - 31947976 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131020675
GeneID131020675
locus_tag-
NCBI NameLOC131020675
原始查询SmilChr01G001734

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述ethylene-responsive transcription factor ERF024-like
产物ethylene-responsive transcription factor ERF024-like
ArabidopsisAT4G25470 (CBF2)
C-repeat/DRE binding factor 2 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828651]
identity=43.5; qcov=0.889; evalue=4.53e-44; confidence=medium
RiceOs01g0968800 (OsERF#027)
-
identity=43.2; qcov=0.906; evalue=2.45e-43; confidence=medium
GOGO:0003677 (DNA binding); GO:0003700 (DNA-binding transcription factor activity); GO:0006355 (regulation of DNA-templated transcription)
KEGG-
PfamPF00847 (AP2)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131020675

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057805636.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057805636.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057805636.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057805636.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057805636.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:31947334 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C45
Chr1:31947355 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr1:31947367 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B130,C51
Chr1:31947380 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr1:31947386 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A11,A2,B126
Chr1:31947396 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B134,B40,B78,C16,C71
Chr1:31947418 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B30
Chr1:31947430 C CT 1bp_insertion frameshift_variant 3 B24,B79,C52
Chr1:31947430 C CT 1bp_insertion CDS_variant 3 B24,B79,C52
Chr1:31947461 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B101,B47
Chr1:31947504 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A23,B104
Chr1:31947505 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B28,B29,B68,C42,D2

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057805636.1
235 aa
N
1
118
235
AP2
C
PF00847 AP2 41-89 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057805636.1 Pfam PF00847 AP2 Domain 41 89 2.2e-12 47.8 AP2 domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057949653.1
GCCTCTCTCCATCTTCATGCATAATCAATATTAAAAAAAACCTCTCTTTAATTAAAACTCTCACAATTCTTCCCATATGTCTCATTAATCCGAATGCACAAAAATGGATCTTGCGCGCCACGAACATCCAAGTTCAGCTCGTTCGCCGCTTCAAATCGCGACATCACCGGCTCCGGCGGGCAAGAAGCGAGCCGGGCGGAAGGTGGTGAACGAGACGCGCCACCCCGTCTACAGAGGAGTGCGGCGGAAGAACGGCGGCA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131020675
ATGGATCTTGCGCGCCACGAACATCCAAGTTCAGCTCGTTCGCCGCTTCAAATCGCGACATCACCGGCTCCGGCGGGCAAGAAGCGAGCCGGGCGGAAGGTGGTGAACGAGACGCGCCACCCCGTCTACAGAGGAGTGCGGCGGAAGAACGGCGGCAAATGGGTGTGCGAGGTCCGCGACAAGAAATCGAGAATATGGCTGGGGACCTTCCCCACCCCGGAGACGGCGGCCGTTGCCCACGACGTGGCGGCCCTGGCGCT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057805636.1
MDLARHEHPSSARSPLQIATSPAPAGKKRAGRKVVNETRHPVYRGVRRKNGGKWVCEVRDKKSRIWLGTFPTPETAAVAHDVAALALHGDRTPLNFPAAAAQLPRPRSGSHHDIQRAASEAARDFCTVWTSSSSRHVSQETKIIINSSDTNLPAKKDDSAERSSAESLDDCWSCDQSPTGGFMDEEAVFNMPTLLDSMAEGMLLTPLAMKKGFNWSQYEVDDDDANAMDLSLWVD

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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