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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G001761

染色体: Chr01 坐标: 32341945-32346332 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G001761
名称SmilChr01G001761
描述uncharacterized SmilChr01G001761
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向32341945 - 32346332 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131020744
GeneID131020744
locus_tag-
NCBI NameLOC131020744
原始查询SmilChr01G001761

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131020744

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 0.60000 XP_057805743.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.40000 XP_057805743.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057805743.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057805743.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057805743.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:32342434 AT A 1bp_deletion frameshift_variant 2 B76,C47
Chr1:32342434 AT A 1bp_deletion CDS_variant 2 B76,C47
Chr1:32342436 GT G 1bp_deletion frameshift_variant 7 B139,B21,B96,C3,C45,C62,D5
Chr1:32342438 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A15,B133,B76,C47
Chr1:32342448 AC A 1bp_deletion frameshift_variant 24 A14,A23,B110,B112,B132,B138,B39,B42,B68,B93,C12,C26,C35,C36,C43,C44,C53,C63,C70,C78,C80,C84,C85,D5
Chr1:32342460 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A11,B79,B86,C47
Chr1:32342468 AC A 1bp_deletion frameshift_variant 9 B14,B32,B5,B54,B57,B80,C23,C30,C44
Chr1:32342476 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A11,B100,B67,B79,D8
Chr1:32342490 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B97,C56,C7,C74,D6
Chr1:32342491 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 55 A16,A19,A20,A4,A5,A7,B102,B103,B104,B119,B12,B15,B16,B21,B24,B3,B30,B34,B37,B40,B41,B47,B49,B51,B53,B54,B60,B61,B65,B69,B75,B77,B78,B86,B89,B99,C10,C16,C17,C19,C25,C27,C30,C33,C38,C41,C43,C47,C48,C53,C59,C71,C76,C81,D11
Chr1:32342493 AC * 1bp_deletion CDS_variant 3 B10,B120,C66
Chr1:32342494 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A7,B97,C43,C62,C74

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057949760.1
AATTTGATTGTGAATTCAAGAACATTAATCAATTATCCAAAATATGTTTCTTTTTCAATCGATCAAATCTCTTTAATAAAATCCACAAATCATCACTAAAAAAAATATTATTCATTTTATTTCTTACAATAACTAAAAATTTTCATTTCAACCAAGCACATGTAATATAAATTTCCAATCACCAACACAAGAAAAAAAAATTGAATCTCTGCTGCTGCCATGGATTCATCGAGTGGAATATCGTCGAATTCATCGGGGCT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131020744
ATGTCGAAGACAACACCCCACCCACCGCCGTCCGACCCCACGCCACCCACCGCCGTCCGACCCCATCCTCTATCGCCTGCGCCAGATCTGCCGTTCAGTGGGCAGCTCACGGCCGCGCCAGATCTGCCCAGCCACCATTGTCGAGCTCCAAAATGTCCAGATCTGTCGATCATTGTCGACGAGATCTCGTTGTTGTTGGCGAAGCTCTCCAAGTCAGAATTGAAAGAGAGAGATAGAAAGAGGCGCCGCGGTGGTGGTGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057805743.1
MSKTTPHPPPSDPTPPTAVRPHPLSPAPDLPFSGQLTAAPDLPSHHCRAPKCPDLSIIVDEISLLLAKLSKSELKERDRKRRRGGGGCAALRRLSGGGAAGVKQEMAEATRRLISDAEREMEQSRLVERRSFWWRGFPTPREMVEAAAEDATRERWWR

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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