当前解析结果
SmilChr01G001782| 统一新 Gene ID | SmilChr01G001782 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr01G001782 |
| 描述 | transcription factor TCP8-like |
| 染色体 / SeqID | Chr01 / NC_080387.1 |
| 坐标与链方向 | 32696432 - 32698283 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131020531 |
|---|---|
| GeneID | 131020531 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131020531 |
| 原始查询 | SmilChr01G001782 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | transcription factor TCP8-like |
| 产物 | transcription factor TCP8-like |
| Arabidopsis | AT1G58100 (TCP8)TCP family transcription factor [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:842177] identity=39; qcov=1.11; evalue=1.52e-65; confidence=medium |
| Rice | Os12g0173300 (OsTCP28)- identity=46.9; qcov=0.771; evalue=2.45e-51; confidence=high |
| GO | GO:0003700 (DNA-binding transcription factor activity); GO:0005634 (nucleus); GO:0043565 (sequence-specific DNA binding) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF03634 (TCP) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131020531 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057805387.1 |
| 2 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057805387.1 |
| 3 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057805387.1 |
| 4 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057805387.1 |
| 5 | Telomere | 端粒 | 0.00000 | XP_057805387.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr1:32696858 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A23,B129 |
Chr1:32696896 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B12,B90,B92 |
Chr1:32696914 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B127,B97,C1,C38,C73 |
Chr1:32696917 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B15,B24,B9,C85,D6 |
Chr1:32697046 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B64 |
Chr1:32697155 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B81 |
Chr1:32697467 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C33 |
Chr1:32697470 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B113,D11 |
Chr1:32697635 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B7,C45 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057805387.1PF03634
TCP 55-153 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057805387.1 |
Pfam | PF03634 |
TCP | Family | 55 | 153 | 3.7e-34 | 119.2 | TCP family transcription factor |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。