Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G001800`

染色体: Chr01 坐标: 32914803-32915480 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G001800`
名称	SmilChr01G001800
描述	uncharacterized SmilChr01G001800
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	32914803 - 32915480 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131006605`
GeneID	`131006605`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131006605`
原始查询	`SmilChr01G001800`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=Os01g0872900; species=rice; confidence=high
产物	hit=Os01g0872900; species=rice; confidence=high
Arabidopsis	`AT2G13770` (AT2G13770) nuclease [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:815861] identity=57.5; qcov=0.471; evalue=5.86e-40; confidence=medium
Rice	`Os01g0872900` - identity=66.7; qcov=0.773; evalue=4.69e-88; confidence=high
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF04827 (Plant_tran); PF13359 (DDE_Tnp_4)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131006605

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057789756.1`
2	Chromosome	染色体	0.40000	`XP_057789756.1`
3	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057789756.1`
4	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057789756.1`
5	Telomere	端粒	0.00000	`XP_057789756.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:32914814`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	2	B100,D7
`Chr1:32914814`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B100,D7
`Chr1:32914827`	`TCG`	`T`	2bp_deletion	frameshift_variant	5	B23,B30,B59,B74,C30
`Chr1:32914827`	`TCG`	`T`	2bp_deletion	CDS_variant	5	B23,B30,B59,B74,C30
`Chr1:32914828`	`CGA`	`C`	2bp_deletion	frameshift_variant	49	A1,A10,A18,A20,A22,A3,A5,B100,B104,B117,B120,B122,B128,B131,B133,B16,B18,B25,B27,B28,B40,B46,B49,B51,B56,B60,B66,B77,B94,B99,C10,C11,C13,C2,C28,C3,C34,C35,C37,C4,C48,C58,C62,C65,C66,C80,D2,D3,D9
`Chr1:32914834`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B100,B104,C17,D7
`Chr1:32914847`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B128,B94,C41
`Chr1:32914850`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C13,C3
`Chr1:32914873`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B30,C66
`Chr1:32914874`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C3
`Chr1:32914932`	`G`	`GT`	1bp_insertion	frameshift_variant	29	A4,B1,B10,B118,B124,B139,B140,B18,B2,B26,B33,B49,B57,B68,B79,B98,C32,C34,C4,C42,C49,C64,C66,C68,C7,C73,C78,C85,D2
`Chr1:32914954`	`C`	`CGT`	2bp_insertion	frameshift_variant	9	A5,B104,B112,B123,B5,B54,B65,C39,C69

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057789756.1

225 aa

112

225

Plant_tran

DDE_Tnp_4

PF04827 Plant_tran 32-205 aa PF13359 DDE_Tnp_4 56-196 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057789756.1`	Pfam	`PF04827`	Plant_tran	Family	32	205	1.9e-90	302.7	Plant transposon protein
`XP_057789756.1`	Pfam	`PF13359`	DDE_Tnp_4	Domain	56	196	4.9e-11	43.2	DDE superfamily endonuclease

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057933773.1
ATGTCTTCATCTTCTTCTGAGCGTGATGTTGAAGAAACAGCTGCATCTGCAGCTGAAGCCTTTATGGAAGAGTACACGCGCCAATACATGGAGGATGATAGTATGCACTGGACATGGAAAAATTGCCCAGTAGCATGGAAAGGCCAATTCACCCGTGGCGATCATGGAGTCCCAACAATTATGCTTGAGGCGGTTGCATCTCAAGATTTGTGGATCTGGCATGCTTTTTTTGGAGTTGCAGGGTCAAACAATGATATAAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131006605
ATGTCTTCATCTTCTTCTGAGCGTGATGTTGAAGAAACAGCTGCATCTGCAGCTGAAGCCTTTATGGAAGAGTACACGCGCCAATACATGGAGGATGATAGTATGCACTGGACATGGAAAAATTGCCCAGTAGCATGGAAAGGCCAATTCACCCGTGGCGATCATGGAGTCCCAACAATTATGCTTGAGGCGGTTGCATCTCAAGATTTGTGGATCTGGCATGCTTTTTTTGGAGTTGCAGGGTCAAACAATGATATAAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057789756.1
MSSSSSERDVEETAASAAEAFMEEYTRQYMEDDSMHWTWKNCPVAWKGQFTRGDHGVPTIMLEAVASQDLWIWHAFFGVAGSNNDINVLNQSTLFNDVLQGQAPSISFTVNGTQYAHGYYLTDGIYPEWATFVKSFQHPQDPKRRKFKEMQEAARKDVERAFGVLQARWAMIRGPSRLWYKENITDIMYACIILHNMIIEDEGEMACQWVEDEPSTSRATILQEK

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器