Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G001808`

染色体: Chr01 坐标: 33010028-33013340 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G001808`
名称	SmilChr01G001808
描述	monooxygenase 2-like
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	33010028 - 33013340 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131020914`
GeneID	`131020914`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131020914`
原始查询	`SmilChr01G001808`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	monooxygenase 2-like
产物	monooxygenase 2-like
Arabidopsis	`AT5G05320` (AT5G05320) FAD/NAD(P)-binding oxidoreductase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830414] identity=46.5; qcov=0.924; evalue=8.4e-80; confidence=high
Rice	`Os03g0154100` - identity=50.6; qcov=0.876; evalue=5.47e-83; confidence=high
GO	GO:0071949 (FAD binding)
KEGG	-
Pfam	PF01494 (FAD_binding_3)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131020914

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytosol	细胞质基质	1.00000	`XP_057805949.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.80000	`XP_057805949.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057805949.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057805949.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057805949.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:33010114`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104
`Chr1:33010118`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A16
`Chr1:33010134`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B67,C46
`Chr1:33010140`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C33
`Chr1:33010312`	`TG`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	3	B6,C39,C56
`Chr1:33010312`	`TG`	`T`	1bp_deletion	CDS_variant	3	B6,C39,C56
`Chr1:33010321`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B140,C5
`Chr1:33010326`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C1
`Chr1:33010377`	`AT`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	21	A6,B101,B114,B127,B135,B29,B45,B56,B60,B88,B89,B96,C10,C40,C64,C66,C7,C70,C73,C80,C86
`Chr1:33010394`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	16	A7,A8,B100,B112,B136,B44,B59,B6,B62,B70,B76,B87,B92,C65,C74,C8
`Chr1:33010398`	`GC`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	2	B95,C10
`Chr1:33010398`	`GC`	`G`	1bp_deletion	CDS_variant	2	B95,C10

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057805949.1

275 aa

138

275

FAD_binding_3

PF01494 FAD_binding_3 22-248 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057805949.1`	Pfam	`PF01494`	FAD_binding_3	Domain	22	248	2.6e-14	53.9	FAD binding domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057949966.1
GGAGCGGATTCAGGTAGTTGGATGAAGGGTAGTTGGATGAAGATTAGAGAAGAGGAAGGAACCAAATTTGGAATGGAAGAGCAAGAGATAGTGATTGTTGGAGCTGGAATTGCAGGTCTCGCAACATCTTTAGGGCTGCACAGATTGGGAATTCGAAGCGTAGTTGTGGAGTCAGCAGATAGCTTGAGAACTTCGGGATTTGCTTTAGGAATTTTAGCAAATGGTTGGAGGGCACTGGATGCTATTGGCGTAGGCGACAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131020914
ATGAAGGGTAGTTGGATGAAGATTAGAGAAGAGGAAGGAACCAAATTTGGAATGGAAGAGCAAGAGATAGTGATTGTTGGAGCTGGAATTGCAGGTCTCGCAACATCTTTAGGGCTGCACAGATTGGGAATTCGAAGCGTAGTTGTGGAGTCAGCAGATAGCTTGAGAACTTCGGGATTTGCTTTAGGAATTTTAGCAAATGGTTGGAGGGCACTGGATGCTATTGGCGTAGGCGACATACTTCGCGCAAAACACCACAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057805949.1
MKGSWMKIREEEGTKFGMEEQEIVIVGAGIAGLATSLGLHRLGIRSVVVESADSLRTSGFALGILANGWRALDAIGVGDILRAKHHKLSRIVTTSVNSGIQTAELPFRASHSQDDLESRCVSRRVLLETLENELPRGTIRYSSKVVHIQIEDRVESIHLSDGTVLKTKVLIGCDGVNSVVSKFLGFSKPAYAGRAAVRGFVYFKDGYAFEPKLMQFFGKGVRFGVIPCDDYTVYWFFTFSPSSQEKEMVEDPAKLKLFML...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器