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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G001821

染色体: Chr01 坐标: 33147058-33149470 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G001821
名称SmilChr01G001821
描述cytochrome P450 94C1
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向33147058 - 33149470 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131021013
GeneID131021013
locus_tag-
NCBI NameLOC131021013
原始查询SmilChr01G001821

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述cytochrome P450 94C1
产物cytochrome P450 94C1
ArabidopsisAT2G27690 (CYP94C1)
cytochrome P450, family 94, subfamily C, polypeptide 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817315]
identity=59.8; qcov=0.963; evalue=0; confidence=high
RiceOs01g0858350
-
identity=59.8; qcov=0.927; evalue=0; confidence=high
GOGO:0004497 (monooxygenase activity); GO:0005506 (iron ion binding); GO:0016705 (oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen); GO:0020037 (heme binding)
KEGG-
PfamPF00067 (p450)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131021013

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Endoplasmic reticulum 内质网 1.00000 XP_057806074.1
2 Endoplasmic reticulum membrane 内质网膜 1.00000 XP_057806074.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057806074.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057806074.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057806074.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:33147340 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C14
Chr1:33147406 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr1:33147494 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B32
Chr1:33147517 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B49
Chr1:33147536 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 C35,C49,C77
Chr1:33147611 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B41
Chr1:33147833 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A16,B28,B68,C42,D2
Chr1:33147958 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B73
Chr1:33148120 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C74
Chr1:33148128 T TC 1bp_insertion frameshift_variant 99 A10,A13,A19,A2,A20,A24,A25,A5,A9,B10,B101,B102,B104,B109,B11,B110,B113,B114,B115,B118,B121,B124,B126,B127,B128,B130,B134,B135,B138,B16,B17,B18,B19,B20,B24,B27,B28,B37,B4,B40,B42,B43,B44,B47,B48,B51,B54,B57,B62,B63,B65,B67,B7,B8,B83,B84,B86,B90,B92,B93,B97,C10,C11,C13,C14,C15,C18,C19,C2,C21,C23,C24,C25,C27,C31,C38,C4,C42,C43,C5,C52,C53,C58,C59,C60,C61,C66,C68,C69,C77,C8,C80,C87,D1,D10,D11,D2,D8,D9
Chr1:33148130 G GA 1bp_insertion frameshift_variant 101 A1,A10,A11,A13,A19,A2,A20,A24,A25,A5,A9,B10,B101,B102,B104,B109,B11,B110,B113,B114,B115,B118,B121,B124,B126,B127,B128,B130,B134,B135,B138,B16,B17,B18,B19,B20,B24,B27,B28,B37,B4,B40,B42,B43,B44,B47,B48,B51,B54,B57,B62,B63,B65,B67,B7,B8,B83,B84,B86,B90,B92,B93,B97,C10,C11,C13,C14,C15,C18,C19,C2,C21,C23,C24,C25,C27,C31,C38,C4,C42,C43,C5,C52,C53,C58,C59,C60,C61,C66,C68,C69,C77,C8,C80,C87,D1,D10,D11,D2,D8,D9
Chr1:33148132 AG A 1bp_deletion frameshift_variant 99 A1,A10,A11,A13,A19,A2,A20,A24,A25,A5,A9,B10,B101,B102,B104,B109,B11,B110,B113,B114,B115,B118,B121,B124,B126,B127,B128,B130,B134,B135,B138,B17,B18,B20,B24,B27,B28,B37,B4,B40,B42,B43,B44,B47,B48,B51,B54,B57,B62,B63,B65,B67,B7,B8,B83,B84,B86,B90,B92,B93,B97,C10,C11,C13,C14,C15,C18,C19,C2,C21,C23,C24,C25,C27,C31,C38,C4,C42,C43,C5,C52,C53,C58,C59,C60,C61,C66,C68,C69,C77,C8,C80,C87,D1,D10,D11,D2,D8,D9

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057806074.1
491 aa
N
1
246
491
p450
C
PF00067 p450 78-471 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057806074.1 Pfam PF00067 p450 Domain 78 471 9.6e-57 193.5 Cytochrome P450

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057950091.1
TTAAAATACTCTTCTTTTTAGAGAAAAAAAAAAGTCAAATAAAATTTCATTACAACATTGTATTTATCATTAGAATCATAAAAAATTGAAAATTATTAGGGCACCCACAGCGAGACTCATCGAGCGGACGCGTGCTTAGTTCCCGCATACGAGCCCGCTACTATTATTTTGGGTATGCGCCTTAAAGCAAAAATGTGTGCTCGGTGTGGAAGAGCAGGGCATACAAATACCACGGTGGAACATGGGACAAGTCGGTCGCG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131021013
ATGGCGCTCGAGCCTCTCTCTCTCTCGTGGCTGCTGCAGCTCGGCCTTGCCTTCTTCCTCCTCCTCTTCTCCGCAGCCATGATTTTCGTCGTGCGCCTCAAGCCTTCGTGCGGCTGCGAGACCTGCCAGACTTTCCTCACTTCGCGGTGGGCTCTAGAGTACAACAATCTATGCGATTGGTACTCCCATCTCCTTGCCAAGTCGCCCACCGGAACGATCCACGTTCACGTTTTGGGGAATGTGATCACGGCGAATCCGGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057806074.1
MALEPLSLSWLLQLGLAFFLLLFSAAMIFVVRLKPSCGCETCQTFLTSRWALEYNNLCDWYSHLLAKSPTGTIHVHVLGNVITANPENVEHMLKTKFENYPKGKQFSAILGDLLGRGIFNVDGDLWRFQRKMACLELGSVSVRSHAFDIVTSEIESRLVPLLRSSSDFDLQDIFRRFSFDSICRFSFGLDPGCLAPSLPACEFAAAFDLASKLSAERAIATSPLVWKVKRFLNLGSERRLKQAIRSVHELAEGVIRHKRE...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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