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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G001832

染色体: Chr01 坐标: 33275711-33280501 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G001832
名称SmilChr01G001832
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At2g27610
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向33275711 - 33280501 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131021091
GeneID131021091
locus_tag-
NCBI NameLOC131021091
原始查询SmilChr01G001832

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At2g27610
产物pentatricopeptide repeat-containing protein At2g27610
ArabidopsisAT2G27610 (AT2G27610)
Tetratricopeptide repeat (TPR)-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817307]
identity=57.1; qcov=1; evalue=0; confidence=high
RiceOs05g0455900
-
identity=53; qcov=0.945; evalue=0; confidence=high
GOGO:0003723 (RNA binding); GO:0005515 (protein binding); GO:0008270 (zinc ion binding); GO:0009451 (RNA modification)
KEGG-
PfamPF01535 (PPR); PF13041 (PPR_2); PF13812 (PPR_3); PF14432 (DYW_deaminase); PF17177 (PPR_long); PF20431 (E_motif)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131021091

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057806171.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057806171.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057806171.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057806171.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057806171.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:33276082 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B91,B94,C3,C30,D6
Chr1:33276177 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B28,C42,D2
Chr1:33276227 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A10,B122,B46,B55,C1
Chr1:33276246 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr1:33276314 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C35
Chr1:33276570 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B55
Chr1:33276702 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C35
Chr1:33276739 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B82
Chr1:33276751 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B82
Chr1:33276789 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C17
Chr1:33276809 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr1:33276911 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A19,B123,B126,C45

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057806171.1
872 aa
N
1
436
872
PPR
PPR_2
PPR_3
PPR
PPR
PPR
PPR
PPR_3
PPR_2
PPR
PPR
PPR_2
PPR_3
PPR
PPR_long
PPR
PPR_2
PPR
PPR
PPR
E_motif
DYW_deaminase
C
PF01535 PPR 137-164 aa PF13041 PPR_2 162-210 aa PF13812 PPR_3 163-210 aa PF01535 PPR 165-195 aa PF01535 PPR 238-258 aa PF01535 PPR 266-296 aa PF01535 PPR 339-361 aa PF13812 PPR_3 366-411 aa PF13041 PPR_2 366-412 aa PF01535 PPR 368-397 aa PF01535 PPR 437-464 aa PF13041 PPR_2 462-510 aa PF13812 PPR_3 463-509 aa PF01535 PPR 465-495 aa PF17177 PPR_long 472-616 aa PF01535 PPR 539-560 aa PF13041 PPR_2 565-611 aa PF01535 PPR 567-596 aa PF01535 PPR 603-629 aa PF01535 PPR 639-663 aa PF20431 E_motif 682-744 aa PF14432 DYW_deaminase 780-872 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057806171.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 137 164 1.4e-65 213.8 PPR repeat
XP_057806171.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 162 210 7.3e-79 260.4 PPR repeat family
XP_057806171.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 163 210 1.9e-37 127.9 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057806171.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 165 195 1.4e-65 213.8 PPR repeat
XP_057806171.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 238 258 1.4e-65 213.8 PPR repeat
XP_057806171.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 266 296 1.4e-65 213.8 PPR repeat
XP_057806171.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 339 361 1.4e-65 213.8 PPR repeat
XP_057806171.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 366 411 1.9e-37 127.9 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057806171.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 366 412 7.3e-79 260.4 PPR repeat family
XP_057806171.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 368 397 1.4e-65 213.8 PPR repeat
XP_057806171.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 437 464 1.4e-65 213.8 PPR repeat
XP_057806171.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 462 510 7.3e-79 260.4 PPR repeat family
XP_057806171.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 463 509 1.9e-37 127.9 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057806171.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 465 495 1.4e-65 213.8 PPR repeat
XP_057806171.1 Pfam PF17177 PPR_long Repeat 472 616 3.6e-18 66.4 Pentacotripeptide-repeat region of PRORP
XP_057806171.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 539 560 1.4e-65 213.8 PPR repeat
XP_057806171.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 565 611 7.3e-79 260.4 PPR repeat family
XP_057806171.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 567 596 1.4e-65 213.8 PPR repeat
XP_057806171.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 603 629 1.4e-65 213.8 PPR repeat
XP_057806171.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 639 663 1.4e-65 213.8 PPR repeat
XP_057806171.1 Pfam PF20431 E_motif Repeat 682 744 4.1e-18 66.1 E motif
XP_057806171.1 Pfam PF14432 DYW_deaminase Domain 780 872 1.3e-43 147.4 DYW family of nucleic acid deaminases

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XR_009100885.1
ATTAGGTTTTCCAATTTCGGTAGGAAAATCCGAAATTCAAAAAGGAAAGAGAGTTCATAAAATCATTTTATGGGCAGAAGAGAGAAATAACAAAAATTGAGGAGGGCAAAATTGGGTTTTCACACTGAACCTCGCGTAAGCATTCATATTTGGCCCCAAATTTTGAAAATTAGTTCAACAGAATTCTTGACTTCCGAGTTCCAGCTACATTAACGATTTTGAGATGTGTTCCGACATAGTCTACCACACCAATCTCTACG...
XM_057950188.1
ATTAGGTTTTCCAATTTCGGTAGGAAAATCCGAAATTCAAAAAGGAAAGAGAGTTCATAAAATCATTTTATGGGCAGAAGAGAGAAATAACAAAAATTGAGGAGGGCAAAATTGGGTTTTCACACTGAACCTCGCGTAAGCATTCATATTTGGCCCCAAATTTTGAAAATTAGTTCAACAGAATTCTTGACTTCCGAGTTCCAGCTACATTAACGATTTTGAGATGTGTTCCGACATAGTCTACCACACCAATCTCTACG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131021091
ATGATAATTCATAGGCCAAGTTCAAGGAACCTCAAGCCTCTTTCCAAATTTTCCTGCACATTTCGATCGTTTGATGTATTCCGCTCTTCTTCAGTTGAAGTGAGTCCAGAAAAATGCGGTGGGCTGTCGAAATTTTCAAATTTCAAGAATGCGCAGAACCCGTTTGATGAACCTCCGCAGAGAGATGTCTCGTATTACAACCATTTGCTGTTCGAGTACTCTCGCGATGGCCTAAATCAAGAAGTGTTGAAAACGTACGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057806171.1
MIIHRPSSRNLKPLSKFSCTFRSFDVFRSSSVEVSPEKCGGLSKFSNFKNAQNPFDEPPQRDVSYYNHLLFEYSRDGLNQEVLKTYAFMNRAGVLVDGSSLSCILKASTRLQDYAFGRQIHCHSLKNGFFEDVSVGTSLVDMHVKNGNLDDGKRVFDEIRVKNVVTWTSLLTGYAIKRMIQKVVEVFSLMKSEGVEPNPFTFATVLGALAGEGAVGIGAQLHGMTVKNGLDSTREVGNALVSLYSKSGMSREARYVFDGT...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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