Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G001843`

染色体: Chr01 坐标: 33369833-33370705 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G001843`
名称	SmilChr01G001843
描述	uncharacterized SmilChr01G001843
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	33369833 - 33370705 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131006656`
GeneID	`131006656`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131006656`
原始查询	`SmilChr01G001843`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=Os03g0643433; species=rice; confidence=low
产物	hit=Os03g0643433; species=rice; confidence=low
Arabidopsis	`AT3G25270` (AT3G25270) Ribonuclease H-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:822121] identity=29; qcov=0.452; evalue=7.74e-08; confidence=low
Rice	`Os03g0643433` - identity=25.3; qcov=0.655; evalue=1.3e-09; confidence=low
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF13966 (zf-RVT)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131006656

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	0.80000	`XP_057789806.1`
2	Cytosol	细胞质基质	0.60000	`XP_057789806.1`
3	Endoplasmic reticulum	内质网	0.20000	`XP_057789806.1`
4	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057789806.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057789806.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:33369962`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	2	B41,D3
`Chr1:33369962`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B41,D3
`Chr1:33370009`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B66,C14,C7
`Chr1:33370030`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B61
`Chr1:33370039`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A13
`Chr1:33370040`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B96,C24,C41
`Chr1:33370047`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A4
`Chr1:33370113`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B104,B127,B92
`Chr1:33370130`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	2	B131,B92
`Chr1:33370130`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B131,B92
`Chr1:33370203`	`T`	`TGC`	2bp_insertion	frameshift_variant	11	A14,B105,B139,B43,B46,B66,C14,C2,C58,C6,C7
`Chr1:33370244`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B12,B35,C61,C86

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057789806.1

290 aa

145

290

zf-RVT

PF13966 zf-RVT 94-186 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057789806.1`	Pfam	`PF13966`	zf-RVT	Domain	94	186	9.6e-16	58.9	zinc-binding in reverse transcriptase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057933823.1
ATGAGGGTGAGGTTTTGGGAGGAGGTTTGGGCTGGGGGTAAACCTTTGAAATTCGTCTTTCAGAGATTATACAATCTATGTCTGGACAAAAGAGGTTTGGTGGGGGAATCGGGCTACTGGGAGAATGGCGAGTGGAAATGGGAGATTGGATGGAGAAGAGAGTTGAGAGAGGAGAGGGATAGAGAGATGTGGGAGGCTATGACGACGTTTATTTCTCAAGTTTTTCCTTGTGCAGGTAAGGAAGATGAATGGAGCTGGAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131006656
ATGAGGGTGAGGTTTTGGGAGGAGGTTTGGGCTGGGGGTAAACCTTTGAAATTCGTCTTTCAGAGATTATACAATCTATGTCTGGACAAAAGAGGTTTGGTGGGGGAATCGGGCTACTGGGAGAATGGCGAGTGGAAATGGGAGATTGGATGGAGAAGAGAGTTGAGAGAGGAGAGGGATAGAGAGATGTGGGAGGCTATGACGACGTTTATTTCTCAAGTTTTTCCTTGTGCAGGTAAGGAAGATGAATGGAGCTGGAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057789806.1
MRVRFWEEVWAGGKPLKFVFQRLYNLCLDKRGLVGESGYWENGEWKWEIGWRRELREERDREMWEAMTTFISQVFPCAGKEDEWSWKSGKDDVFTTKAAYDIIAASNNGQFPEEEVEAAKVWKAKAPHKTIVTAWRGLINRLPTCDNLLKRNVSIGYEERWCNSCVMQEETAEHIFLHCPKVEMVWDQIHQWIDLKTAKPKGILQHFKSFVLGVKRKEGRKLLLALWVGIIWLIWKYRNESRFEGRVWDASQLVLEMKGR...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器