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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G001850

染色体: Chr01 坐标: 33428404-33431711 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G001850
名称SmilChr01G001850
描述glucan endo-1,3-beta-glucosidase 14-like
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向33428404 - 33431711 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131021247
GeneID131021247
locus_tag-
NCBI NameLOC131021247
原始查询SmilChr01G001850

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述glucan endo-1,3-beta-glucosidase 14-like
产物glucan endo-1%2C3-beta-glucosidase 14-like
ArabidopsisAT2G27500 (AT2G27500)
Glycosyl hydrolase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817295]
identity=65.8; qcov=0.903; evalue=7.3e-179; confidence=high
RiceOs04g0412300 (OSJNBa0073L04.8)
-
identity=61.4; qcov=0.944; evalue=9.59e-169; confidence=high
GOGO:0004553 (hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds); GO:0005886 (plasma membrane); GO:0005975 (carbohydrate metabolic process)
KEGG-
PfamPF00332 (Glyco_hydro_17)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131021247

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 0.80000 XP_057806344.1
2 Cell wall 细胞壁 0.20000 XP_057806344.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057806344.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057806344.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057806344.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:33429626 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A24,B84,B94,C30
Chr1:33429746 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B129,B22
Chr1:33429765 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B82
Chr1:33429899 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B21
Chr1:33430604 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C41
Chr1:33430653 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B118

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057806344.1
392 aa
N
1
196
392
Glyco_hydro_17
C
PF00332 Glyco_hydro_17 40-356 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057806344.1 Pfam PF00332 Glyco_hydro_17 Domain 40 356 9.9e-86 288.8 Glycosyl hydrolases family 17

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XR_009100906.1
AGAAACAGATGACTCCAGTTTTCTTACGTGGAAATAAACAACTGGAAAACATGTTCAAAAAAATCTTGGCAACTATGCAGCTTTCTTTCATTTTAATTTAAAAGCTAATTTTGCATCAACTTACTTTCACACATTGTAAAATCTAATTTCTTATTTTAAATTGTTTCCAAATTATTATATTTGTGTGTATATATATACAGACATCGAAAAACAAAGATGTGTCGTGGCAGGAATTTTACAGAGAGTTGGCATATAGCTAT...
XM_057950361.1
ATCTAATTTCTTATTTTAAATTGTTTCCAAATTATTATATTTGTGTGTATATATATACAGACATCGAAAAACAAAGATGTGTCGTGGCAGGAATTTTACAGAGAGTTGGCATATAGCTATGGCCACCCTTTGCAGGGTTCTTCTCCTCCTACTCATTTTTTCAGATTCATTTGTTAGCATCCGTGGGGTCGGAGTGGGAATCAACTACGGGCAGATCGCCAACAATCTCCCCGCCCCATCACGCGTGGCCTTCCTCTTGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131021247
ATGTGTCGTGGCAGGAATTTTACAGAGAGTTGGCATATAGCTATGGCCACCCTTTGCAGGGTTCTTCTCCTCCTACTCATTTTTTCAGATTCATTTGTTAGCATCCGTGGGGTCGGAGTGGGAATCAACTACGGGCAGATCGCCAACAATCTCCCCGCCCCATCACGCGTGGCCTTCCTCTTGAGCTCTCTCAACATAAGCAGAGTGAAGCTCTACGACGCAGATCCAACCGTGCTGTCAGCATTCGCCAACACAGACGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057806344.1
MCRGRNFTESWHIAMATLCRVLLLLLIFSDSFVSIRGVGVGINYGQIANNLPAPSRVAFLLSSLNISRVKLYDADPTVLSAFANTDVEFVIGLGNEYLQKMSDQAQAQAWVEQHVKPYTSQTKIRCITVGNEVLTGNNTQLMSYLLPAMQSVNAAVTNLGLSKEIYVTTAHSFAILSSSFPPSAGAFRQDLAEYIQSILNFHTQTHSPFLINAYPFFAYKDSPDEISLSYALFQPSPGMVDSNTNLHYDNMLYAQIDAVY...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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