Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G001855`

染色体: Chr01 坐标: 33497684-33499007 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G001855`
名称	SmilChr01G001855
描述	uncharacterized SmilChr01G001855
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	33497684 - 33499007 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131006719`
GeneID	`131006719`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131006719`
原始查询	`SmilChr01G001855`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=Os12g0597300; species=rice; confidence=low
产物	hit=Os12g0597300; species=rice; confidence=low
Arabidopsis	`AT1G06740` (MUG3) MuDR family transposase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:3766669] identity=25.7; qcov=1.16; evalue=7.5e-31; confidence=low
Rice	`Os12g0597300` - identity=25.7; qcov=1.2; evalue=2.76e-34; confidence=low
GO	GO:0008270 (zinc ion binding)
KEGG	-
Pfam	PF04434 (SWIM); PF10551 (MULE)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131006719

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057789843.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.20000	`XP_057789843.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057789843.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057789843.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057789843.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:33497694`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	10	A9,B24,B29,C16,C43,C51,C57,C69,C80,D5
`Chr1:33497705`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B131
`Chr1:33497739`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B131
`Chr1:33497764`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	6	B110,B21,B71,B84,C43,C84
`Chr1:33497804`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A1,A8,C55
`Chr1:33497820`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C57
`Chr1:33497842`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B17,C12,C34,C56
`Chr1:33497851`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	1	D11
`Chr1:33497851`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11
`Chr1:33497853`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B140,C22,C44
`Chr1:33497857`	`C`	`CCA`	2bp_insertion	frameshift_variant	6	B14,B29,B41,B78,C50,C66
`Chr1:33497858`	`TTG`	`T`	2bp_deletion	frameshift_variant	6	B14,B29,B41,B78,C50,C66

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057789843.1

347 aa

174

347

MULE

SWIM

PF10551 MULE 32-86 aa PF04434 SWIM 204-236 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057789843.1`	Pfam	`PF10551`	MULE	Domain	32	86	6.8e-09	36.7	MULE transposase domain
`XP_057789843.1`	Pfam	`PF04434`	SWIM	Domain	204	236	1e-06	28.8	SWIM zinc finger

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057933860.1
ATGGATTTGGAAGTAGACGAAAACAACCGATTCAAACATATGTTTCTTGCTCTTGCGGCTTCCATCTCACCTTTCTACTTTTCGCTTCGACCAGTGATTGTGGTCGACGGCACACACTTGAAGGGGAAGAACAATGGTATTTTGTTCGTCGCCGTGACAAAAGACGCAAATAAGCAAGTTTTTCCGTTGGCATTTGGTGTCGGACCGATCGAGAATGATGAGTCATGGAAGTGGTTCCTGTCAAATAACAAAATTAAGGG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131006719
ATGGATTTGGAAGTAGACGAAAACAACCGATTCAAACATATGTTTCTTGCTCTTGCGGCTTCCATCTCACCTTTCTACTTTTCGCTTCGACCAGTGATTGTGGTCGACGGCACACACTTGAAGGGGAAGAACAATGGTATTTTGTTCGTCGCCGTGACAAAAGACGCAAATAAGCAAGTTTTTCCGTTGGCATTTGGTGTCGGACCGATCGAGAATGATGAGTCATGGAAGTGGTTCCTGTCAAATAACAAAATTAAGGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057789843.1
MDLEVDENNRFKHMFLALAASISPFYFSLRPVIVVDGTHLKGKNNGILFVAVTKDANKQVFPLAFGVGPIENDESWKWFLSNNKIKGYRQAVVELFRQAAYAYEDSEFSRAMSAMAQLKPAAYGKLMRVGPEKWARSQSPVTRYSFLTSNAAEALNAHLRLAEESNDLLTPEATQKISAEISKSRRYTAKRTSERKYRVRAGDRRFMVDLQAKSCECNEFDLDGMPCSHAIAAITEAKEPVEDYVEAYYLRSSLVQTYSG...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器