Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G001856`

染色体: Chr01 坐标: 33511321-33512721 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G001856`
名称	SmilChr01G001856
描述	uncharacterized SmilChr01G001856
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	33511321 - 33512721 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131021299`
GeneID	`131021299`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131021299`
原始查询	`SmilChr01G001856`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述	confidence=no_hit
产物	confidence=no_hit
Arabidopsis	`-` -
Rice	`-` -
GO	-
KEGG	-
Pfam	-
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131021299

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	0.80000	`XP_057806414.1`
2	Cytosol	细胞质基质	0.60000	`XP_057806414.1`
3	Nucleus	细胞核	0.20000	`XP_057806414.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057806414.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057806414.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:33511683`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B124,C61
`Chr1:33511699`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A24,B102
`Chr1:33511733`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C8
`Chr1:33511997`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B45,B56,C60
`Chr1:33512290`	`A`	`ATC`	2bp_insertion	frameshift_variant	3	A1,A16,B120
`Chr1:33512290`	`A`	`ATC`	2bp_insertion	CDS_variant	3	A1,A16,B120
`Chr1:33512301`	`G`	`GGA`	2bp_insertion	frameshift_variant	16	A10,A2,B13,B138,B35,B40,B61,B77,B81,B93,C18,C36,C58,C8,C80,D7
`Chr1:33512313`	`TG`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	3	B105,B50,C21
`Chr1:33512313`	`TG`	`T`	1bp_deletion	CDS_variant	3	B105,B50,C21
`Chr1:33512369`	`G`	`GT`	1bp_insertion	frameshift_variant	89	A1,A13,A18,A3,A4,A6,A7,B100,B101,B102,B103,B106,B108,B11,B113,B12,B120,B123,B124,B127,B130,B131,B135,B137,B16,B25,B26,B28,B3,B30,B31,B33,B4,B48,B5,B51,B53,B54,B56,B59,B66,B67,B68,B69,B70,B71,B72,B74,B75,B78,B79,B8,B82,B85,B86,B89,B90,B92,B96,C1,C19,C20,C23,C24,C26,C29,C31,C36,C39,C4,C41,C42,C45,C48,C53,C54,C56,C60,C61,C62,C70,C71,C76,C86,D1,D10,D2,D3,D5
`Chr1:33512373`	`T`	`TC`	1bp_insertion	frameshift_variant	83	A1,A11,A13,A18,A24,A3,A6,A7,B101,B102,B103,B106,B108,B11,B113,B120,B123,B124,B127,B130,B131,B135,B137,B16,B25,B26,B28,B3,B30,B31,B33,B4,B48,B5,B51,B54,B56,B59,B66,B67,B68,B69,B70,B71,B72,B74,B75,B79,B8,B82,B85,B89,B90,B92,B96,C1,C19,C20,C23,C24,C26,C29,C31,C36,C38,C39,C4,C41,C42,C45,C48,C54,C56,C61,C62,C70,C71,C86,D1,D10,D2,D3,D5
`Chr1:33512376`	`AGG`	`A`	2bp_deletion	frameshift_variant	83	A1,A11,A13,A18,A24,A3,A6,A7,B101,B102,B103,B106,B108,B11,B113,B120,B123,B124,B127,B130,B131,B135,B137,B16,B25,B26,B28,B3,B30,B31,B33,B4,B48,B5,B51,B54,B56,B59,B66,B67,B68,B69,B70,B71,B72,B74,B75,B79,B8,B82,B85,B89,B90,B92,B96,C1,C19,C20,C23,C24,C26,C29,C31,C36,C38,C39,C4,C41,C42,C45,C48,C54,C56,C61,C62,C70,C71,C86,D1,D10,D2,D3,D5

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中，此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057950431.1
GAGAGAGCGGAGAAGAAGAGAAGTGTAACAGCATCTGCTTAAGAAAAAAACAGCAGTAGTAGCAGCAATGGTGGCGGAGCTTCCAAATTTCATCGCACTTCAAGGAGTCAGGCCCCCCCGGCTGGAACTTCACAGGCTGGGTCGGCGCCACCGAAGTCAACATTTTCAGCCCACTGGCGCAGATCCAAGTAGAGCAGGCCAAAAGCGACTCCCGCTACGTTCACTTCCGCTTCGTCCACACCAACAACGCCATGCAAATC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131021299
ATGCAAATCATCGCAGTCGCCGACCAGCCTGAGGAAGATTTGTCCAACCCCGCCTGCACGCCCATAATCACGCCCGGCTCCACCAACCTCGCCCTCAACCACGTTCGCCGCATTGATGTCGTGGGTCACGGCATTCCCCCAATTCATTTTCTCCTCCAAGGTGGCACTCCTCACTTCCAGTTCATTGATTACCTTACCCAGGCATGTCGCTTTCAAGGGACACGATGGCAGGTATGTGAGAGGCTTGACGGTCCAGAATT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057806414.1
MQIIAVADQPEEDLSNPACTPIITPGSTNLALNHVRRIDVVGHGIPPIHFLLQGGTPHFQFIDYLTQACRFQGTRWQVCERLDGPEFSVPAAVCGAQETGFEVHTMLDGHVRIKSLHFDRFWRRSPNWIWADANGTHADTLFWPVKIDDNTIALRNAGNNNFIVTLRIDGKTDCLNAQVPNMTLDTRFEVEELVLKREIYHVRYRMEESRIYDEEPSIAGTATAGNFLVGNTITGGKTRRR

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器