Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G001859`

染色体: Chr01 坐标: 33553175-33557522 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G001859`
名称	SmilChr01G001859
描述	rho GTPase-activating protein 5-like
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	33553175 - 33557522 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131021330`
GeneID	`131021330`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131021330`
原始查询	`SmilChr01G001859`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	rho GTPase-activating protein 5-like
产物	rho GTPase-activating protein 5-like
Arabidopsis	`AT5G22400` (AT5G22400) Rho GTPase activating protein with PAK-box/P21-Rho-binding domain-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832301] identity=62.1; qcov=0.881; evalue=2.93e-165; confidence=high
Rice	`Os11g0153400` - identity=59.1; qcov=0.849; evalue=6.54e-154; confidence=high
GO	GO:0005096 (GTPase activator activity); GO:0007165 (signal transduction)
KEGG	-
Pfam	PF00620 (RhoGAP)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131021330

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytosol	细胞质基质	1.00000	`XP_057806466.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.80000	`XP_057806466.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057806466.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057806466.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057806466.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:33553702`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A2,A9,B139,C43,D6
`Chr1:33555705`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11
`Chr1:33557077`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B139,D1
`Chr1:33557104`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C47
`Chr1:33557175`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B114,B139,B17,C83

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057806466.1

470 aa

235

470

RhoGAP

PF00620 RhoGAP 158-292 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057806466.1`	Pfam	`PF00620`	RhoGAP	Domain	158	292	3.4e-22	79.6	RhoGAP domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057950483.1
CACCTTTACTTACAGCATATACATACAAGCTTGGCCCCACCCACCACCGGGTGACGACACAATCCCATTTCCCCCTCTTTACTTTTTCCACTTCAATGCTCTAATTGACAACCAAGAACCATCTGCAGAAAATACAGTGTAACCAAAAACAAGCCAGCTGAATAAATAAATCAGTTCATGATTCCCACGTCTTCTTCCTTTTTCTTTACCATTCCTTCAATCCAACTCCACTCACTCCACTCAGCACAAAATTATTAAAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131021330
ATGACAGAGGTGCTCCACTCCCCCTCTTCCTCCTCCCCCACTTCAATATCCACGCCCACCCACAATGCCACGTTGTTTCACCAGACTGAGTCATATGAGGAGGGATTTGCTGACGAGTTAGAGAGAGAGGTGGAAGAGATTAGAGTGAGGGAGGAGAGAGAGAAAGACAGGAGAGATCAACTGTCTCTTCTAGCACTCTTGCTGACCCTCTTTAGGAAGAGGTTTCGGCTGGCTTGCAAGACGGATAGAGACAATTTTCC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057806466.1
MTEVLHSPSSSSPTSISTPTHNATLFHQTESYEEGFADELEREVEEIRVREEREKDRRDQLSLLALLLTLFRKRFRLACKTDRDNFPSGGGGVMEIGWPTDVQHVNHVTFDRFDGFLGLPVEFEPEVPRRAPSASATVFGVSTESMQLSYDPRGNSIPTILLLLQRHMYSQGGLQAEGIFRITAGNSQEEYVRDQLNRGVIPEGIDVHCLAGLIKAWFRELPRGVLDSLSPEQVMQCQSEEACDELVSLLPPTEAALLDW...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器