Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G001860`

染色体: Chr01 坐标: 33557904-33559029 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G001860`
名称	SmilChr01G001860
描述	uncharacterized SmilChr01G001860
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	33557904 - 33559029 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131021336`
GeneID	`131021336`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131021336`
原始查询	`SmilChr01G001860`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=Os12g0155100; species=rice; confidence=medium
产物	hit=Os12g0155100; species=rice; confidence=medium
Arabidopsis	`AT5G22390` (AT5G22390) FANTASTIC four-like protein (DUF3049) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832300] identity=31.6; qcov=1.06; evalue=1.78e-23; confidence=low
Rice	`Os12g0155100` - identity=36.2; qcov=1.18; evalue=4.44e-25; confidence=medium
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF11250 (FAF)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131021336

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	0.80000	`XP_057806478.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.60000	`XP_057806478.1`
3	Cytosol	细胞质基质	0.40000	`XP_057806478.1`
4	Cell membrane	细胞膜	0.40000	`XP_057806478.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057806478.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:33558398`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A18,B127,B139,B64,C37
`Chr1:33558578`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B55

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057806478.1

203 aa

102

203

FAF

PF11250 FAF 137-190 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057806478.1`	Pfam	`PF11250`	FAF	Family	137	190	1.4e-23	83.5	Fantastic Four meristem regulator

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057950495.1
GAACCACTAAATAAATTAGATTGAATGGACGTGAAATTTGTGATTCATTGTCTTTATAGAAAGTAGTCGTTTACGTGCATATGAATACGTTATAGTCTCATAAATTAAGTAGTATCGATGATCCTAATCGATTCTAAAGGTGAATTTATTTTTACTGAAGGATGAAAAAAAGGTAAGGTGGGGATGAAGAATTTTATAAGTTGAGACCACCAAAAAATCAGAAAAAGGCGTAATAACCACCCATCCTATTTCCACTGTCG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131021336
ATGGCAGCCTGCGGTGGCATAGAACACATCTTCGAGAAGCCATTGTCGGAAGCTCCGAACTTTCTAGAAGCCCTGTCGCCATGGAAGCACATGAAAGCCTTGAACATCGATGACGACTCCTCCTTGACAGAAATGTTCGGCGAATTGCATTTCAAGGAAAATCACAGCAACCCTTGTCTCTCTCCTTCACCATCATCCAATCTAGAGAGAGACAAGGGCTACTACCAGAGAAAGCGCAGCTCCTCCGACAGCCTCTCCCT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057806478.1
MAACGGIEHIFEKPLSEAPNFLEALSPWKHMKALNIDDDSSLTEMFGELHFKENHSNPCLSPSPSSNLERDKGYYQRKRSSSDSLSLCTEGLGFESFDDVEETSSGLCHGDGDGDGERTAVARNQRSSAREAALQLQFPPPISCIGRSGKPWVCFKAYREDGRFILKEIRIPTQEFLHACRHDGRLQLHFVHSDDHQDVDECN

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器