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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G001864

染色体: Chr01 坐标: 33587659-33589279 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G001864
名称SmilChr01G001864
描述protein S40-7-like
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向33587659 - 33589279 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131021361
GeneID131021361
locus_tag-
NCBI NameLOC131021361
原始查询SmilChr01G001864

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述protein S40-7-like
产物protein S40-7-like
ArabidopsisAT3G15040 (AT3G15040)
senescence regulator (Protein of unknown function, DUF584) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820733]
identity=38.1; qcov=0.96; evalue=8.86e-15; confidence=low
RiceOs01g0862600 (OsS40-9)
-
identity=39.5; qcov=1.02; evalue=1.12e-16; confidence=low
GO-
KEGG-
PfamPF04520 (Senescence_reg)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131021361

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057806511.1
2 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057806531.1
3 Cytoplasmic granule 细胞质颗粒 0.20000 XP_057806517.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057806511.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057806511.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:33587825 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C65
Chr1:33587984 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B26,B31,C26
Chr1:33588043 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B127,B139
Chr1:33588051 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A15,B69,B77,C18
Chr1:33588061 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B2,B3,B52,C44,C5
Chr1:33588154 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A10,B56,B99,C55
Chr1:33588170 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A10
Chr1:33588180 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C32
Chr1:33588182 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C15,C38

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057806511.1
232 aa
N
1
116
232
Senescence_reg
C
PF04520 Senescence_reg 41-221 aa
XP_057806517.1
231 aa
N
1
116
231
Senescence_reg
C
PF04520 Senescence_reg 41-221 aa
XP_057806522.1
229 aa
N
1
114
229
Senescence_reg
C
PF04520 Senescence_reg 41-226 aa
XP_057806531.1
224 aa
N
1
112
224
Senescence_reg
C
PF04520 Senescence_reg 41-222 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057806511.1 Pfam PF04520 Senescence_reg Family 41 221 1.1e-26 95.4 Senescence regulator
XP_057806517.1 Pfam PF04520 Senescence_reg Family 41 221 1.7e-26 94.8 Senescence regulator
XP_057806522.1 Pfam PF04520 Senescence_reg Family 41 226 1.8e-27 98.0 Senescence regulator
XP_057806531.1 Pfam PF04520 Senescence_reg Family 41 222 1.9e-27 97.9 Senescence regulator

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

4 records

下载 cDNA FASTA
XM_057950534.1
CCCGGCCTGCCGGCCAATAAATACCGCCCGTACGGAACATTCTCGTGAGCTCTGACACACCAGATTCCTCCCTCACGGGAGCATAATTACACTTGCCTGCCCCCCACTCCCGCACAAATTACCCAATTCCCCAACCGCTGCAATGGAGCAAATTGGCGGCGCCGCGGCCGCCACACGTTTCCGCCGCCAGCACCACCACAAGCCCGCTGAGAGATTCCTCGGGGTGCTGCAGCCTCAATCCCCCTCCGCCGCACCGCCTA...
XM_057950528.1
CTGACACACCAGATTCCTCCCTCACGGGAGCATAATTACACTTGCCTGCCCCCCACTCCCGCACAAATTACCCAATTCCCCAACCGCTGCAATGGAGCAAATTGGCGGCGCCGCGGCCGCCACACGTTTCCGCCGCCAGCACCACCACAAGCCCGCTGAGAGATTCCTCGGGGTGCTGCAGCCTCAATCCCCCTCCGCCGCACCGCCTATCGAGCTCTCCGAAGACGACATCTTCAGCACTCCGTCGGGCTGTTCCTCGC...

CDS

4 records

下载 CDS FASTA
LOC131021361
ATGGAGCAAATTGGCGGCGCCGCGGCCGCCACACGTTTCCGCCGCCAGCACCACCACAAGCCCGCTGAGAGATTCCTCGGGGTGCTGCAGCCTCAATCCCCCTCCGCCGCACCGCCTATCGAGCTCTCCGAAGACGACATCTTCAGCACTCCGTCGGGCTGTTCCTCGCCTCCTCCGCCAACTCACCGGAATCTCAATTCCACCGCCTCCGCCGTCCGTAGCGACCACCGCAATCACTACGGCATCCTGGCGGCTCTGAA...
LOC131021361
ATGGAGCAAATTGGCGGCGCCGCGGCCGCCACACGTTTCCGCCGCCAGCACCACCACAAGCCCGCTGAGAGATTCCTCGGGGTGCTGCAGCCTCAATCCCCCTCCGCCGCACCGCCTATCGAGCTCTCCGAAGACGACATCTTCAGCACTCCGTCGGGCTGTTCCTCGCCTCCTCCGCCAACTCACCGGAATCTCAATTCCACCGCCTCCGCCGTCCGTAGCGACCACCGCAATCACTACGGCATCCTGGCGGCTCTGAA...

Protein

4 records

下载 Protein FASTA
XP_057806511.1
MEQIGGAAAATRFRRQHHHKPAERFLGVLQPQSPSAAPPIELSEDDIFSTPSGCSSPPPPTHRNLNSTASAVRSDHRNHYGILAALNGSIGSRSGSEHGIQPVFNHKASIAASISSSSSASASPATPLSSSRMLIPRPPRPRADRVRVYHQSAPVNIPVMPRALRRRAMEQDDAVSEGEQEEDDGVRLPPHEVVDSRQSPLLACSVLEGAGRTLKGRDLRQFVILIELQVQL
XP_057806517.1
MEQIGGAAAATRFRRQHHHKPAERFLGVLQPQSPSAAPPIELSEDDIFSTPSGCSSPPPPTHRNLNSTASAVRSDHRNHYGILAALNGSIGSRSGSEHGIQPVFNHKASIAASISSSSSASASPATPLSSSRMLIPRPPRPRADRVRVYHQSAPVNIPVMPRALRRRAMEQDDAVSEGEQEEDDGVRLPPHEVVDSRQSPLLACSVLEGAGRTLKGRDLRQEKLILPEISK

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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