Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G001871

染色体: Chr01 坐标: 33733246-33734628 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G001871
名称SmilChr01G001871
描述uncharacterized SmilChr01G001871
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向33733246 - 33734628 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131006760
GeneID131006760
locus_tag-
NCBI NameLOC131006760
原始查询SmilChr01G001871

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131006760

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057789874.1
2 Chromosome 染色体 1.00000 XP_057789874.1
3 Nucleoplasm 核质 1.00000 XP_057789874.1
4 Nuclear body 核内小体 0.20000 XP_057789874.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057789874.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:33733300 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C47,C69
Chr1:33733473 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr1:33733489 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B104,B129
Chr1:33733510 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B112
Chr1:33733552 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B111,B28,C51,C68
Chr1:33733558 C CT 1bp_insertion frameshift_variant 36 A1,A14,A16,A8,B111,B112,B119,B128,B21,B25,B29,B35,B37,B40,B45,B5,B53,B57,B86,B87,B89,B96,C1,C11,C15,C17,C19,C25,C38,C40,C44,C5,C79,C8,D3,D5
Chr1:33733591 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B129
Chr1:33733597 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B81,C74,C81
Chr1:33733675 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B104,B79,C12,C18
Chr1:33733699 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B28,C29
Chr1:33733701 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A21,B26,B85,D10
Chr1:33733718 G GT 1bp_insertion frameshift_variant 3 B84,C16,C43

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057933891.1
ATGGCCAAAACCAAAGGAGGAGCAGGTTCCGGAAGCAACCAACCGCCGAAGAAGAAAGGCGCCAAACTCCCACCTCCAAAGCGTACCACAAGGCAGACCGCTTCGGAGGAGACCTCCACTAAAATCGCCGAAGACCCTTTGCTGGAGATCCAGCCCGAGGACAAGGGGCATGCCGAAGTCCTCCAACAAGAGGAACGAGAAGTAGCAAGAGCAGCCGCCGAGTCGACACAACCGGAAGAGGGGGAGCCCGAGCTCACCCC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131006760
ATGGCCAAAACCAAAGGAGGAGCAGGTTCCGGAAGCAACCAACCGCCGAAGAAGAAAGGCGCCAAACTCCCACCTCCAAAGCGTACCACAAGGCAGACCGCTTCGGAGGAGACCTCCACTAAAATCGCCGAAGACCCTTTGCTGGAGATCCAGCCCGAGGACAAGGGGCATGCCGAAGTCCTCCAACAAGAGGAACGAGAAGTAGCAAGAGCAGCCGCCGAGTCGACACAACCGGAAGAGGGGGAGCCCGAGCTCACCCC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057789874.1
MAKTKGGAGSGSNQPPKKKGAKLPPPKRTTRQTASEETSTKIAEDPLLEIQPEDKGHAEVLQQEEREVARAAAESTQPEEGEPELTPPVKKSKKAQASRATPARSTVASPPVQAQPQPQIPEISVQEGRTASEDTEEEEQEKAEEEKSEEEKVDEEEDDEAEEVEAVQEKEVEIPTPQSKRPGVKRKLDVAKPPLPVKAKPAPAGSKTRTKAEQSKKPRKPTAAEKGKAKEMEEPMEVDPERTETVDSSKSEEVLAPKKT...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器