Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G001878

染色体: Chr01 坐标: 33808303-33811676 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G001878
名称SmilChr01G001878
描述uncharacterized SmilChr01G001878
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向33808303 - 33811676 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131021486
GeneID131021486
locus_tag-
NCBI NameLOC131021486
原始查询SmilChr01G001878

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述golgin family A protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820332]; symbol=AT3G11590; hit=AT3G11590; species=arabidopsis; confidence=high
产物golgin family A protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820332]; symbol=AT3G11590; hit=AT3G11590; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT3G11590 (AT3G11590)
golgin family A protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820332]
identity=45.4; qcov=0.877; evalue=1.01e-113; confidence=high
RiceOs04g0382800
-
identity=36.8; qcov=0.668; evalue=1.08e-60; confidence=medium
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131021486

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057806680.1
2 Nucleus 细胞核 0.60000 XP_057806680.1
3 Nucleus membrane 核膜 0.20000 XP_057806680.1
4 Cytoskeleton 细胞骨架 0.20000 XP_057806680.1
5 Cytosol 细胞质基质 0.20000 XP_057806680.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:33808974 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B77,D7
Chr1:33809267 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D9
Chr1:33809338 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B17,B45,C25
Chr1:33809566 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr1:33810100 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B20
Chr1:33810630 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B112,C47,C63
Chr1:33811380 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B84,C30

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

4 records

下载 cDNA FASTA
XM_057950697.1
CTTCTCTCTCTCTTTCACAAACTTTTCCTTTTCCATGAAAAAGGCTACCAGATTCACTCCTTGAAAGCTCTCTCTCTCTCTCTCACCGCTTTTCCCAACTGCACTTGAAGATGAAGCTTTGACAGTTGCCTCATTCGCAACTACACTGTCACATGTATCTTCTACACTTTTCCTTTCCCTCTCTGGAATTTTGAAAATCAGAGCCCAACTTTTCGCAAAGGGGGCTCAAATTTGCATGCCAAACCCATCTCAACATCATT...
XM_057950701.1
CTTCTCTCTCTCTTTCACAAACTTTTCCTTTTCCATGAAAAAGGCTACCAGATTCACTCCTTGAAAGCTCTCTCTCTCTCTCTCACCGCTTTTCCCAACTGCACTTGAAGATGAAGCTTTGACAGTTGCCTCATTCGCAACTACACTGTCACATGTATCTTCTACACTTTTCCTTTCCCTCTCTGGAATTTTGAAAATCAGAGCCCAACTTTTCGCAAAGGGGGCTCAAATTTGCATGCCAAACCCATCTCAACATCATT...

CDS

4 records

下载 CDS FASTA
LOC131021486
ATGCCAAGGCAGAATTTGATCAATGTTGATGTCAAAATTGGAGGGAGGAAATGCAAAGTGAGGAAGAGGGGTTGTTCATCGTCGTCTTCCTCATCGTTGGTGCAGAATAACCGGTTGAAGCGCGCTTTTTTGGTGGGGAAACGAGTGGGATCGAGCACCCCTGTTCCGAGGTGGAAGATGATGAGCTCCAGATCACCATCAGTGGAGAGTGACAAGGCGGCAACTCTAAAGTATTTGGCGACAAGGGGTGGCGAGAAGGC...
LOC131021486
ATGCCAAGGCAGAATTTGATCAATGTTGATGTCAAAATTGGAGGGAGGAAATGCAAAGTGAGGAAGAGGGGTTGTTCATCGTCGTCTTCCTCATCGTTGGTGCAGAATAACCGGTTGAAGCGCGCTTTTTTGGTGGGGAAACGAGTGGGATCGAGCACCCCTGTTCCGAGGTGGAAGATGATGAGCTCCAGATCACCATCAGTGGAGAGTGACAAGGCGGCAACTCTAAAGTATTTGGCGACAAGGGGTGGCGAGAAGGC...

Protein

4 records

下载 Protein FASTA
XP_057806680.1
MPRQNLINVDVKIGGRKCKVRKRGCSSSSSSSLVQNNRLKRAFLVGKRVGSSTPVPRWKMMSSRSPSVESDKAATLKYLATRGGEKARELSISARKLAATLWEIDGMPSPRVRRDNFDDRRSAVGGVVRLEEAKSGSTALVLSDLFRSPVAEGMEPLPPKMASHRRRASASSQKLLQVDSGLGGTKSPHNCLVETMQVDQVQNHARSPCRQVVGTKNRLQDVYNGLITSKELLKVMSRVSHLEEQNSTRLSLFSALKFEL...
XP_057806684.1
MPRQNLINVDVKIGGRKCKVRKRGCSSSSSSSLVQNNRLKRAFLVGKRVGSSTPVPRWKMMSSRSPSVESDKAATLKYLATRGGEKARELSISARKLAATLWEIDGMPSPRVRRDNFDDRRSAVGGVVRLEEAKSGSTALVLSDLFRSPVAEGMEPLPPKMASHRRRASASSQKLLQVDSGLGGTKSPHNCLVETMQVDQVQNHARSPCRQVVGTKNRLQDVYNGLITSKELLKVMSRVSHLEEQNSTRLSLFSALKFEL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器