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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G001898

染色体: Chr01 坐标: 34089976-34090299 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G001898
名称SmilChr01G001898
描述glycine-rich cell wall structural protein 1.8-like
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向34089976 - 34090299 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131006793
GeneID131006793
locus_tag-
NCBI NameLOC131006793
原始查询SmilChr01G001898

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述glycine-rich cell wall structural protein 1.8-like
产物glycine-rich cell wall structural protein 1.8-like
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131006793

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 0.60000 XP_057789917.1
2 Nucleus 细胞核 0.40000 XP_057789917.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.20000 XP_057789917.1
4 Chloroplast 叶绿体 0.20000 XP_057789917.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057789917.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:34089980 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C82
Chr1:34089988 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B69
Chr1:34089989 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C82
Chr1:34090014 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B69,C74
Chr1:34090043 TG T 1bp_deletion frameshift_variant 1 B47
Chr1:34090043 TG T 1bp_deletion CDS_variant 1 B47
Chr1:34090047 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B64
Chr1:34090057 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr1:34090086 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A21,C74
Chr1:34090090 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B41,C64
Chr1:34090096 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B134
Chr1:34090111 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B36,C62

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057933934.1
ATGGCTGCACTGCCGTTAATGGTGGTGGAGGAGGGCAGCGGAGGGGGCGGCAGATCCGAGAGGTGGTTGGGGGAAGGCAACGGAGAGAGCGGCAGATCTGAGAGGTGGTTGGGGGAAGATGAAGGCGGTGGATCTGGTGTGGTGGTGGGGGAAGGTACGGCGGATCTGGTGATAGTGGTGGGGAAGGGCGATGAAGAGAGAGGTGTGGTGGTGGGGGAAGGCAGCGGAGGGGGCGGCAGATCTAAGAGCTGGTTGGGGGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131006793
ATGGCTGCACTGCCGTTAATGGTGGTGGAGGAGGGCAGCGGAGGGGGCGGCAGATCCGAGAGGTGGTTGGGGGAAGGCAACGGAGAGAGCGGCAGATCTGAGAGGTGGTTGGGGGAAGATGAAGGCGGTGGATCTGGTGTGGTGGTGGGGGAAGGTACGGCGGATCTGGTGATAGTGGTGGGGAAGGGCGATGAAGAGAGAGGTGTGGTGGTGGGGGAAGGCAGCGGAGGGGGCGGCAGATCTAAGAGCTGGTTGGGGGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057789917.1
MAALPLMVVEEGSGGGGRSERWLGEGNGESGRSERWLGEDEGGGSGVVVGEGTADLVIVVGKGDEERGVVVGEGSGGGGRSKSWLGEGRWRKRCGGGEGRRGGGRAD

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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