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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G001899

染色体: Chr01 坐标: 34094374-34094841 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G001899
名称SmilChr01G001899
描述secreted RxLR effector protein 161-like
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向34094374 - 34094841 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131006800
GeneID131006800
locus_tag-
NCBI NameLOC131006800
原始查询SmilChr01G001899

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述secreted RxLR effector protein 161-like
产物secreted RxLR effector protein 161-like
ArabidopsisAT4G23160 (CRK8)
cysteine-rich RECEPTOR-like kinase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828415]
identity=37.8; qcov=0.923; evalue=3.29e-26; confidence=medium
RiceOs11g0656500
-
identity=48.3; qcov=0.961; evalue=1.64e-40; confidence=medium
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131006800

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057789927.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057789927.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057789927.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057789927.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057789927.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:34094438 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B47,B99,C5
Chr1:34094488 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 1 B1
Chr1:34094488 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B1
Chr1:34094501 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B47,B99,C5
Chr1:34094508 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B14,C50,C64,C66,C70
Chr1:34094651 A AT 1bp_insertion stop_gained,frameshift_variant 23 A19,A5,B108,B111,B132,B135,B136,B37,B42,B43,B54,B60,B91,B98,C27,C4,C40,C55,C65,C79,C80,C84,D6
Chr1:34094756 C CA 1bp_insertion frameshift_variant 6 B138,B93,C58,C8,C80,D7
Chr1:34094791 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A18,B127,B139,C37
Chr1:34094797 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B60,B71,C54
Chr1:34094837 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B20,C14

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057933944.1
ATGGAGGACTGTAAAGCAATCAACACACCGGTGGAATGCAGGATTAAGCTATCCAAGAACGATGGAGGAGAAAAAGTTTACCTGAAGCTATACAAGAGCTTGTTTGGAAGCTTGCGATACTTAACTTGCACAAGGCCAGACATAGTTTATGCCACATGGCTCGTAAGTCACTATATGGAGGTTCCAACCATTATGCATATTAAGGCAACAAAGAGAATTCTTCGATGTCTCAAAGGTACGATCAACTATGGCCTGCTCTA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131006800
ATGGAGGACTGTAAAGCAATCAACACACCGGTGGAATGCAGGATTAAGCTATCCAAGAACGATGGAGGAGAAAAAGTTTACCTGAAGCTATACAAGAGCTTGTTTGGAAGCTTGCGATACTTAACTTGCACAAGGCCAGACATAGTTTATGCCACATGGCTCGTAAGTCACTATATGGAGGTTCCAACCATTATGCATATTAAGGCAACAAAGAGAATTCTTCGATGTCTCAAAGGTACGATCAACTATGGCCTGCTCTA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057789927.1
MEDCKAINTPVECRIKLSKNDGGEKVYLKLYKSLFGSLRYLTCTRPDIVYATWLVSHYMEVPTIMHIKATKRILRCLKGTINYGLLYSSLDQYKLVGYSDSDWAGDNDDHKSTSGFVFFMVDTFIWMSKKQPIITLSTCEAEYVAATSSVCMQFG

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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