当前解析结果
SmilChr01G001909| 统一新 Gene ID | SmilChr01G001909 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr01G001909 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr01G001909 |
| 染色体 / SeqID | Chr01 / NC_080387.1 |
| 坐标与链方向 | 34211136 - 34212825 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131006826 |
|---|---|
| GeneID | 131006826 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131006826 |
| 原始查询 | SmilChr01G001909 |
| 来源 | GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | hit=Os10g0351414; species=rice; confidence=low |
| 产物 | hit=Os10g0351414; species=rice; confidence=low |
| Arabidopsis | -- |
| Rice | Os10g0351414- identity=26.9; qcov=0.621; evalue=4.82e-12; confidence=low |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | - |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131006826 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.80000 | XP_057789972.1 |
| 2 | Nucleus | 细胞核 | 0.60000 | XP_057789972.1 |
| 3 | Cytosol | 细胞质基质 | 0.60000 | XP_057789972.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057789972.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057789972.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr1:34211240 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B88 |
Chr1:34211264 |
GC |
G |
1bp_deletion | frameshift_variant | 44 | A1,A11,A13,A16,A3,A6,B106,B109,B123,B137,B138,B16,B25,B29,B3,B30,B4,B48,B50,B55,B56,B59,B62,B74,B79,B83,B85,B91,B92,B96,C10,C20,C24,C26,C36,C38,C4,C40,C48,C57,C59,C61,C82,D1 |
Chr1:34211279 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B129 |
Chr1:34211365 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B139 |
Chr1:34211400 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C71,D11 |
Chr1:34211422 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B129,C43 |
Chr1:34211491 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B104,D10 |
Chr1:34211517 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 63 | A13,A22,A25,B1,B100,B106,B120,B121,B128,B133,B134,B136,B14,B20,B21,B23,B24,B36,B38,B42,B43,B45,B52,B6,B7,B71,B73,B77,B83,B85,B87,B88,B89,B9,B95,B97,C10,C11,C24,C3,C35,C41,C49,C54,C56,C59,C6,C63,C64,C67,C68,C69,C71,C73,C74,C76,C77,C81,C82,C84,C85,D3,D8 |
Chr1:34211571 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A2,C39 |
Chr1:34211652 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B129,C43 |
Chr1:34211677 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B29 |
Chr1:34211875 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B87,C3 |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。