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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G001909

染色体: Chr01 坐标: 34211136-34212825 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G001909
名称SmilChr01G001909
描述uncharacterized SmilChr01G001909
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向34211136 - 34212825 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131006826
GeneID131006826
locus_tag-
NCBI NameLOC131006826
原始查询SmilChr01G001909

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os10g0351414; species=rice; confidence=low
产物hit=Os10g0351414; species=rice; confidence=low
Arabidopsis-
-
RiceOs10g0351414
-
identity=26.9; qcov=0.621; evalue=4.82e-12; confidence=low
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131006826

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057789972.1
2 Nucleus 细胞核 0.60000 XP_057789972.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.60000 XP_057789972.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057789972.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057789972.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:34211240 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B88
Chr1:34211264 GC G 1bp_deletion frameshift_variant 44 A1,A11,A13,A16,A3,A6,B106,B109,B123,B137,B138,B16,B25,B29,B3,B30,B4,B48,B50,B55,B56,B59,B62,B74,B79,B83,B85,B91,B92,B96,C10,C20,C24,C26,C36,C38,C4,C40,C48,C57,C59,C61,C82,D1
Chr1:34211279 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B129
Chr1:34211365 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B139
Chr1:34211400 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C71,D11
Chr1:34211422 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B129,C43
Chr1:34211491 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B104,D10
Chr1:34211517 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 63 A13,A22,A25,B1,B100,B106,B120,B121,B128,B133,B134,B136,B14,B20,B21,B23,B24,B36,B38,B42,B43,B45,B52,B6,B7,B71,B73,B77,B83,B85,B87,B88,B89,B9,B95,B97,C10,C11,C24,C3,C35,C41,C49,C54,C56,C59,C6,C63,C64,C67,C68,C69,C71,C73,C74,C76,C77,C81,C82,C84,C85,D3,D8
Chr1:34211571 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A2,C39
Chr1:34211652 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B129,C43
Chr1:34211677 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B29
Chr1:34211875 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B87,C3

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057933989.1
ATGGAGGGGATGGAGAGACGCATAAAAAGGGGAGGATGGAGAGAGAGTGTGAGAGTGGAGAATGAGGGAGTGGGGGAGGGGATAAGGTCGGTTGGAGTGAGGAAGGGTGTTCTGGAGACTCAGGAGGAGGGAGTGAACGTGGAAAAAGGGGACAACTCGCTATTGGATTTGGAAAGAGACACAAATAAAGAAAGTGGAGATTTACGAGATTTTACGGGAACCCCGATGTGGATCAACGCAGATTTTCTTGGGAGCTTTTA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131006826
ATGGAGGGGATGGAGAGACGCATAAAAAGGGGAGGATGGAGAGAGAGTGTGAGAGTGGAGAATGAGGGAGTGGGGGAGGGGATAAGGTCGGTTGGAGTGAGGAAGGGTGTTCTGGAGACTCAGGAGGAGGGAGTGAACGTGGAAAAAGGGGACAACTCGCTATTGGATTTGGAAAGAGACACAAATAAAGAAAGTGGAGATTTACGAGATTTTACGGGAACCCCGATGTGGATCAACGCAGATTTTCTTGGGAGCTTTTA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057789972.1
MEGMERRIKRGGWRESVRVENEGVGEGIRSVGVRKGVLETQEEGVNVEKGDNSLLDLERDTNKESGDLRDFTGTPMWINADFLGSFYDALVIKCRLRICHAWLVGRDFNEILHDSENIVGNGLWNLEFLNCSMKALDFYGSDHRPVLCSFAPEESKLVRYGKGRFHFEDKWFLEKDFVPNFLCKWASLHSVVEARRRMDECIVFLENWVRKQFNKLGKRIAEMRKERLRKMKRLGGMHNGQEVIELSNRIERAVEAEACH...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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